目次 （1.1.Gaussianの実行）
1.1. Gaussianの実行
1.1.1. 環境の設定
1.1.2. ジョブ投入スクリプトの作成
1.1.2.1. 環境変数「GAUSS_SCRDIR」の指定（/work）
1.1.3. ジョブ投入スクリプトの実行
1.1. Gaussian の実行
以下ではフロントエンドサーバにログインし、SLURM を利用したジョブ投入スクリプトとしてGaussian 09の計算を実行する方法を説明します。
1.1.1. 環境の設定
利用したいバージョンのGaussian の環境を設定します。
適切な環境設定ファイルを読み込んでください。下記の通り設定をジョブ投入スクリプトに記述してください。
（シェルの環境設定ファイル $HOME/.bashrc に記述することも可能です）
まず、利用する Gaussian のトップディレクトリを g09root として読み込みます。
利用するバージョンに応じて下記のいずれかの行を指定してください
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利用するGaussianの設定後、プロファイルを読み込みます。
| source $g09root/g09/bsd/g09.profile |
なお、インテルコンパイラ版を利用の場合は、インテルコンパイラの環境も設定する必要があります。
| module load Prg-Env-intel |
1.1.2. ジョブ投入スクリプトの作成
サンプルスクリプトを参考にして、ジョブ投入スクリプトを作成します。
また、/home1/share/g09 にジョブ投入スクリプト例（逐次計算、ノード内並列、ノード間並列(Linda)）を置いておりますので参考にしてください。
・ノード内並列用サンプルスクリプト：g09sample.sh
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#!/bin/bash
#Please use g09d01s, if there is a problem in g09d01s_intel.
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1.1.2.1. 環境変数「GAUSS_SCRDIR」の指定（/work）
環境変数「GAUSS_SCRDIR」ではGaussian の作業ファイル（※）が作成されるスクラッチディレクトリを指定します。/work 配下を指定してください。
※「Gau-プロセスID.拡張子」というファイルで、ジョブが終われば自動的に消されます。
環境変数「GAUSS_SCRDIR」の指定を行わない場合は、Gaussian 環境設定ファイルにて指定されているディレクトリ（ホームディレクトリ内tmp）がスクラッチディレクトリとして設定されます。
演算ノードのローカルディレクトリ（/work）や、分散ファイルシステム（/home2）は、比較的高速に書込みを行いますが、それに対し各アカウントのホームディレクトリ（/home1）は書込みが遅く、他の利用者も含めて同時に多数のGaussianジョブが流れると、この書き込み速度をそれらのジョブで分け合うことになり、書込み速度が低下します。このことから /workや /home2の使用を推奨します。
表 1.1.2.1 ディレクトリ別の書込み速度
| システム | ディレクトリ | 書込み速度 | 容量(※) | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| A,B,C システム | /work | 75MB/s | 400GB 未満 | 環境変数「GAUSS_SCRDIR」推奨 |
| D,E システム | /work |
D:300MB/s E:200MB/s |
D：6TB 未満 E：2TB 未満 |
環境変数「GAUSS_SCRDIR」推奨 |
| NASストレージ | /home1/gxxx | 100MB/s | 課題あたり200GB | xxx は課題名 |
| 分散ファイルシステム | /home2/gxxx | 1GB/s（プロセスあたり） | 別途契約が必要 | xxx は課題名 |
1.1.3. ジョブ投入スクリプトの実行
sbatch コマンドを使ってジョブ投入スクリプト（例：g09sample.sh）を実行します。
| $ sbatch g09sample.sh |