平成25年度　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

日　時：　

　　・【終了】　４月　８日（火）　１４時～１５時

　　・【終了】　４月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月　７日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月　３日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月１７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月　８日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　８月　５日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　８月１９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　９月　９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　９月２４日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】１０月　７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１０月２１日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１１月　４日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１１月１８日（火）　１６時～１７時

　　・ 【終了】１２月　９日（火）　１６時～１７時

　　・ 【終了】１２月２２日（月）　１６時～１７時

　　・ 【終了】   １月　６日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】 　１月２０日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】 　２月　３日（火）　１６時～１７時

　　・【受付中】 　２月１７日（火）　１６時～１７時

　　・　３月　４日（水）　１６時～１７時

　　・　３月１７日（火）　１６時～１７時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

概要：

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会では、スーパーコンピュータ「京」及び
「京」以外のHPCIの産業利用拠点として整備されたHPCIアク セスポイント神戸
の概要紹介と利用手続きの流れ、利用方法について簡潔にご紹介致します。
 1回の講習会での最大定員は１０名とし、可能な限り５名以下の受講者を対象と
した手厚い講習を心がけております。「京」やHPCIのアカウントをお持ちの方に
は2室の作業用個室で実際に10ギガビットイーサネット経由で毎秒1ギガバイトの
データ転送を実現するにはどう言った点に注意すれば良いか等を実習しながら学
んでいただきます。

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会プログラム
１）HPCIアクセスポイント神戸の概要
　1.1 設置目的
　1.2 紹介・申請・予約状況Webページ
　1.3 ネットワークと機器概要
　1.4 データ転送性能例
２）利用の流れ
　2.1 利用者登録申請
　2.2 利用許可申請　
３）ネットワークと機器と利用方法
　3.1 機器の特徴
　3.2 ネットワークの種類と特徴
　3.3 機器とデータ転送方法
　3.4 プリポストソフトウェアの起動方法
　　3.4.1 AVS/Express PCE
　　3.4.2 Pointwise
　　3.4.3 FieldView
　　3.4.3 Ensight DR
４）質疑応答

申し込み方法:

参加ご希望の方は、　request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。

================================

フリガナ ：

お名前 ：　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催2業務日前AM10:00

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・ 【終了】　 6月　2日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 6月30日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 7月28日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 8月  4日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 8月25日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 9月  8日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 9月29日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  10月27日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  11月25日（火）　13時～15時

　　・ 【終了】  12月  8日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  12月26日（金）　10時～12時

　　・ 【終了】    1月26日（月）　10時～12時

　　・ 【終了】    2月　2日（月）　10時～12時

　　・ 【受付終了】  2月23日（月）　10時～12時

　　・ 【受付中】  3月　2日（月）　10時～12時

　　・ 　 3月23日（月）　10時～12時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

概要 :

技術計算におけるチューニング技法の基本的な内容について講義します。

プログラム :

１．      チューニングの基礎

２．      コンパイルオプション

３．      パフォーマンス測定方法

４．      キャッシュチューニング

５．      その他のチューニング

６．      Ｉ／Ｏチューニング

７．      チューニング手順

申し込み方法：

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編」 として、

以下の内容をご通知下さい。 

（中級編のノード内チューニング編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

================================

フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

================================

中級編の開催：

本講習会の内容を踏まえ、実習を行う

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内並列）　を開催しております。

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間並列）　を開催しております。

こちらのご参加も合わせてご検討ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

  　・【終了】　6月　2日（月）　15時～17時

　　・【終了】　6月30日（月）　15時～17時

　　・【終了】  7月28日（月）　15時～17時

　　・【終了】  8月  4日（月）　15時～17時

　　・【終了】  8月25日（月）　15時～17時

　　・【終了】  9月  8日（月）　15時～17時

　　・【終了】  9月29日（月）　15時～17時

　　・【終了】 10月27日（月）　15時～17時

　　・【終了】 11月25日（火）　15時～17時

　　・【終了】 12月  8日（月）　15時～17時

　　・【終了】 12月26日（金）　13時～15時

　　・【終了】   1月26日（月）  13時～15時

　　・【終了】   2月 2日（月）   13時～15時

　　・【受付終了】  2月23日（月）　13時～15時

　　・【受付中】   3月　2日（月）　13時～15時

　　・ 　 3月23日（月）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

１．      アーキテクチャ

２．      並列プログミング

３．      共有メモリプログラミング

４．      ＯｐｅｎＭＰ

５．      スレッドの同期操作

６．      実行時ライブラリー

７．      計算プログラム例

８．      実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)」 として、

以下の内容をご通知下さい。 （初級編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

================================

フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

================================

初級編の開催：　

中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。

初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間)　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・ 【終了】 　6月  3日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 　7月  1日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】　 7月29日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 　8月  5日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 　8月26日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 　9月  9日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】　 9月30日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 10月28日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 11月26日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 12月  9日（火） 13時～16時

　　・ 【終了】 12月26日（金） 15時半～18時

　　・ 【終了】   1月26日（月） 15時～17時半

　　・ 【終了】  2月　2日（月）  15時～17時半

　　・ 【受付終了】  2月23日（月） 15時～17時半　

　　・ 【受付中】  3月　2日（月） 15時～17時半

　　・ 　 3月23日（月） 15時～17時半

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

１．     並列プログラム

２．     メッセージ・パッシング・プログラム

３．     ＭＰＩ

４．     プログラム例

５．     コンパイル･リンク

６．     実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間チューニング編)」 として、

以下の内容をご通知下さい。（初級編、ノード内チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

ご了承の上お申し込みください。

================================

フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

================================

初級編の開催：　

中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。

初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

目次　（1. FOCUSスパコンシステムの概要）

1.　　　　FOCUSスパコンシステムの概要
1.1.　　　システム構成
1.1.1.　　システム概要図
1.1.2.　　システム構成要素の特徴
1.2.　　　ハードウェア構成
1.2.1.　　サーバ
1.3.　　　ソフトウェア構成
1.3.1.　　オペレーティングシステム（OS）
1.3.2.　　ソフトウェア
1.3.3.　　アプリケーション
1.3.3.1.　ライセンスが必要なアプリケーション(商用・有償)
1.3.3.2.　フリーソフトウェア
1.3.3.3.　アプリケーションに関するサポート
1.4.　　　製品マニュアル
1.5.　　　ディレクトリ構成
1.5.1.　　共用フロントエンドサーバ
1.5.2.　　演算ノード
1.5.3.　　クォータ確認コマンド（追加ストレージ/home2）

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1. FOCUSスパコンシステムの概要

1.1. システム構成

1.1.1. システム概要図

▲このページの先頭へ

1.1.2. システム構成要素の特徴

産業利用加速用計算機システムを構成する要素について、特徴は以下の通りです。

FOCUSスパコンシステムを構成する要素について、特徴は以下の通りです。

・ファイアウォール
インターネットからの不正アクセスを防ぎます。各種ポートを塞いだり一方通行にしたり等のアクセス制御を行います。

・ウェブサーバシステム
FOCUSスパコンシステムの利用に関する情報を提供します。運用情報や予約状況等を表示します。

・ログインサーバシステム
インターネットからのSSHプロトコルを使用したログイン接続、ファイル転送の中継を行います。この計算機に一旦ログインしてから再度、フロントエンドサーバシステムにSSHでログイン、ファイル転送を行います。

・フロントエンドサーバシステム
FOCUSスパコンシステムを利用するための拠点となります。プロジェクト毎の専用のファイルシステムがマウントされ、利用者がログインし、プログラムの開発、ジョブ管理システムの利用、小規模な解析・デバッグ、小規模なプリポスト処理等を行います。

・Ａシステム　　ノード間高並列演算指向
ノード内12コアを利用した共有メモリ並列から、Infiniband-QDR（40Gbit/s）で接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・Ｂシステム　　プリポスト・大容量メモリ処理用
大容量共有メモリ（512GB）を備え、入力データを作成したり、計算した結果をディスク上から大規模共有メモリに読込んで高速にポスト処理を行ったりするためのシステムです。ノード内に16コアを備えております。

・Ｃシステム　　ノード内並列専用
通信ネットワークを除いて性能はＡシステムと同等です。ノード間はGigabit Ethernetで接続されています。このためノード内並列に利用頂けます。

・Ｄシステム　　ノード内並列／ノード間高並列演算兼用
ノード内20コアを利用した共有メモリ並列から、Infiniband-FDR（56Gbit/s）で接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・Ｅシステム　　コプロセッサ搭載システム
インテル製 「Xeon Phi 5110P」（1基あたり60コア）をノード1台あたり4基（60×4=240コア）、合計192基を搭載しております。ノード内20コアを利用した共有メモリ並列から、Infiniband-FDR（56Gbit/s）で接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・Ｇシステム　　コプロセッサ搭載システム（デバッグキュー用）
インテル製 「Xeon Phi 5110P」（1基あたり60コア）をノード1台あたり1基搭載しております。ノード内12コアを利用した共有メモリ並列から、Gigabit Ethernetで接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・NASストレージシステム　ホーム領域(/home1)
物理容量は360TBです。
/home1としてマウントされております。ユーザーのホーム領域として課題毎に200GBの利用が可能です。通信帯域は全体で500MB/sです。通信帯域はFOCUSスパコン全ユーザにて共有しているため、I/O性能は自身も含めた全ユーザのI/O状況に依存
します。

・大容量分散高速ストレージシステム　ホーム兼ワーク領域(/home2)
物理容量は1640TBです。/home2としてマウントされています。ユーザのホーム兼ワーク領域となり、利用には追加契約が必要となります。通信帯域は全体で11GB/s、プロセスあたり最大1GB/sです。分散ファイルシステムであり、上記NASストレージシステムと比べて22倍の通信帯域となっておりますので、大規模並列計算の複数プロセスによるI/Oに適しております。

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1.2. ハードウェア構成

1.2.1. サーバ

・Aシステム

・Bシステム

・Cシステム

・Ｄシステム

・Ｅシステム

・Ｇシステム

・共用フロントエンドサーバ

・インターネット高速転送サーバ
　IBM Sytem x3550M4で構成され、ハードウェアをログインサーバと共用します。

・ログインサーバ
　IBM System x3550M4 2ノードによる構成です。うち一台は、インターネット高速転送サーバとハードウェアを共用します。

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1.3. ソフトウェア構成

1.3.1. オペレーティングシステム（OS）

各システムで採用するオペレーティングシステム（OS）を示します。

表 1.3.1　オペレーティングシステム（OS）

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1.3.2. ソフトウェア

FOCUSスパコンシステムで利用可能な主なソフトウェアの一覧を示します。

表 1.3.2　ソフトウェア一覧

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1.3.3. アプリケーション

/home1/share/にインストールしたアプリケーション、数値計算ライブラリ等はご自由に利用ください。FOCUSスパコン上で動作検証済みの商用・有償アプリケーション（Gaussian、MIZHO/BioStation、ParallelCONFLEX 以外）は、ソフトウェアベンダーからライセンスを取得して頂きまして利用頂けます。その他フリーソフト等、各利用者がホームディレクトリ配下に独自にインストールしたものが利用可能です。
 

1.3.3.1.ライセンスが必要なアプリケーション(商用・有償)

a）コンパイラ
　Intelコンパイラは、導入済みのライセンスがありますので、使用していただくことができます。　（ただしまれに同時にご使用の方が多いタイミングで、導入しておりますライセンス数を越えてしまい、ご使用のためのライセンスがありませんというエラーが出ることがありますが、そのような場合はしばらく時間を置いてご利用下さい。）

b）Gaussian、MIZUHO/BioStation, ParallelCONFLEX
　Gaussian、MIZUHO/BioStation や ParallelCONFLEX をFOCUSスパコンで利用する場合は、ライセンスを準備する必要はありませんが、演算ノードの利用料とは別にノード時間に応じて利用料がかかります。これらアプリケーションの利用を希望するユーザは、OKBiz（ https://secure.okbiz.okwave.jp/focus/ ）より利用希望する旨連絡してください。

c）上記以外の商用・有償ソフトウェア
　上記以外の商用・有償ソフトウェアをFOCUSスパコンで利用する場合は、各アプリケーションのベンダーに問い合わせて下さい。（FOCUSスパコンに未導入の商用ソフトウェアを利用されたい場合は、各ソフトウェアベンダーにFOCUSスパコンで使用したいとご相談下さい。）
 

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1.3.3.2.フリーソフトウェア

/home1/shareにインストールされているアプリケーション、ライブラリ等は自由に使っていただくことができます。しかしながら当該アプリケーションのご利用にあたってはFOCUSによるサポートはありません。
利用者あるいはグループとしてFOCUSスパコンに未導入のフリーソフトウェアを利用されたい場合は、各アカウントのホームディレクトリやグループ共用のホーム領域(/home1/グループ名/share)に自由にインストールして利用して頂いてかまいません。基本的にFOCUSからのサポートはありません。
 

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1.3.3.3.アプリケーションに関するサポート

FOCUSスパコンに導入した商用ソフトウェアのサポートは各ソフトウェアベンダーが行っており、以下のサポートサービスが提供されております。

　FOCUSスパコンに導入された商用ソフトウェアのサポートは各ソフトウェアベンダーが行います。 ソフトウェアベンダーのサポート以外に、現在、以下のサポートサービスが提供されております。

　　　　　・OpenFOAM利用サポートサービス：（株）CAEソリューションズ
　　　　　・Gaussian/GaussView/GAMESS/AMBER/CONFLEX利用サポートサービス：コンフレックス（株）

その他、ISV事業者により様々なサポートが準備されており、ご紹介が可能です。紹介をご希望の方はOKBiz（https://secure.OKBiz.okwave.jp/focus/）でお問合せ下さい。
 

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1.4. 製品マニュアル

センターのネットワーク内で、製品マニュアルを閲覧できます。下記のURLからアクセスしてご覧ください。

　　〔URL〕http://fl01.j-focus.jp/ablog/manual/

表 1.4　マニュアル一覧

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1.5. ディレクトリ構成

ご利用の形態やソフトウェア、ジョブの特性によってディレクトリ（ストレージシステム）を使い分けていただくようお願い致します。

1.5.1.共用フロントエンドサーバ

　共用フロントエンドサーバのディレクトリ構成は下表のとおりです。

表1.5.1　ディレクトリ構成（共用フロントエンドサーバ）

※グループ名は「g」＋“課題ID”、アカウント名は「u」＋“課題名”＋数字4桁です。
 

（参考）
/home1 NASストレージシステム（書込み性能　全体で500MB/s）
/home2 分散ファイルシステム（書込み性能　全体で11GB/s、1プロセスあたり最大1GB/s）

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1.5.2.演算ノード

　演算ノードのディレクトリ構成は下表のとおりです。

表1.5.2　ディレクトリ構成（演算ノード）

※演算ノードにログインすることはありません。
 

（参考）/workの書込み性能は各システムにより異なります。
実測値は付録A「スパコンシステム各種サーバ及びファイルシステム構成図」をご参照ください。

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1.5.3.クォータ確認コマンド（追加ストレージ/home2）

/home1の容量は課題（グループ）あたり200GBですが、追加ストレージ領域（/home2）の容量についてはご契約内容により異なります。現在の容量（上限値）を確認するには次のlfsコマンドを使用します。
〔コマンド〕

〔実行結果〕

※quota列に上限値（kbytes）が表示されます。

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1.　FOCUSスパコンシステムの概要

1.　　　　FOCUSスパコンシステムの概要
1.1.　　　システム構成
1.1.1.　　システム概要図
1.1.2.　　システム構成要素の特徴
1.2.　　　ハードウェア構成
1.2.1.　　サーバ
1.3.　　　ソフトウェア構成
1.3.1.　　オペレーティングシステム（OS）
1.3.2.　　ソフトウェア
1.3.3.　　アプリケーション
1.3.3.1.　ライセンスが必要なアプリケーション(商用・有償)
1.3.3.2.　フリーソフトウェア
1.3.3.3.　アプリケーションに関するサポート
1.4.　　　製品マニュアル
1.5.　　　ディレクトリ構成
1.5.1.　　共用フロントエンドサーバ
1.5.2.　　演算ノード

1.5.3.　　クォータ確認コマンド（追加ストレージ/home2）

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2.　システムの利用方法

2.　　　　システムの利用方法
2.1.　　　システムへのログイン
2.1.1.　　インターネットからのSSH接続によるログイン
2.1.1.1.　事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）
2.1.1.2.　ログインサーバへのSSH接続
2.1.1.3.　共用フロントエンドサーバへの接続
2.1.1.4.　SCPファイル転送
　　　　　　　　　①事前準備（秘密鍵の変換）
　　　　　　　　　②SCPによるファイル転送（WinSCP使用）
2.1.1.5.　X Window Systemを利用するアプリケーションの使用方法（Windows環境）
2.1.1.6.　インターネットからのSSH多段接続によるログイン方法
　　　　　　　　　・proxy設定によるSSH多段接続の設定方法
　　　　　　　　　・Tera Termマクロ を使ったSSH多段接続の設定方法
　　　　　　　　　・SCPによるファイル転送（インターネットからのSSH多段接続）
2.1.2.　　インターネットからのSSL-VPN接続による利用方法
2.1.2.1.　SSL-VPN接続によるログイン
2.1.2.2.　SSL-VPN接続によるSCPファイル転送（WinSCP使用）
2.1.2.3.　X Window Systemを利用するアプリケーションの使用
2.1.3.　　高度計算科学研究支援センター内でのログイン方法
2.2.　　　パスワードの変更
2.2.1.　　パスワードの変更（センター外）
2.2.2.　　パスワードの変更（センター内）
2.3.　　　ログインシェル
2.4.　　　Lustre File Systemの利用方法
2.4.1.　　Lustre File System環境構成概要
2.4.2.　　Stripe Size / Stripe Count
2.4.　　　改行コード
2.4.1.　　改行コード
2.4.2.　　エディタ
2.4.3.　　改行コードの変換

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3.　コンパイラ、MPIの使用方法

3.　　　　コンパイラ、MPIの使用方法
3.1.　　　Intel コンパイラ
3.1.1.　　コンパイラ環境の設定（Intelコンパイラ）
3.1.2.　　コンパイルコマンド（Intelコンパイラ）
3.1.3.　　MPI環境の設定（Intelコンパイラ）
3.1.3.1.　Open MPI 1.6.5
3.1.3.2.　MPICH2 1.4.1p1
3.1.3.3.　Intel MPI
3.1.4.　　コンパイラ、MPI環境の切替え
3.1.5.　　コンパイル・オプション（Intelコンパイラ）
3.1.6.　　コンパイル方法（Intelコンパイラ）
3.1.6.1.　逐次プログラム
3.1.6.2.　自動並列プログラム
3.1.6.3.　OpenMPプログラム
3.1.6.4.　MPIプログラム（IntelMPI）
3.1.6.5.　MPIプログラム（OpenMPI、MPICH2）
3.1.6.6.　MKL（Math Kernel Library）
3.1.7.　　コンパイル時の注意点
3.2.　　　GNUコンパイラ
3.2.1.　　コンパイラ環境変数の設定（GNUコンパイラ）
3.2.2.　　コンパイルコマンド（GNUコンパイラ）
3.2.3.　　MPI環境変数の設定（GNUコンパイラ）
3.2.3.1.　Open MPI 1.6.5
3.2.3.2.　MPICH2 1.4.1p1
3.2.4.　　コンパイラ、MPI環境の切替え
3.2.5.　　コンパイル・オプション（GNUコンパイラ）
3.2.6.　　コンパイル方法（GNUコンパイラ）
3.2.6.1.　逐次プログラム
3.2.6.2.　OpenMPプログラム
3.2.6.3.　MPIプログラム（OpenMPI、MPICH2、IntelMPI）

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4.　プログラムの実行方法

4.　　　　プログラムの実行方法
4.1.　　　キュー
4.1.1.　　キューの一覧
4.1.2.　　キュー情報の確認方法
4.1.3.　　利用可能なノード数の確認方法
4.2.　　　ジョブの実行方法（SLURMコマンド編）
4.2.1.　　ジョブ投入コマンド（sbatch）
4.2.2.　　ジョブ情報表示コマンド（squeue）
4.2.3.　　ジョブのキャンセルマンド（scancel）
4.3.　　　ジョブの実行方法（fjコマンド編）
4.3.1.　　ジョブ投入コマンド（fjsub）
4.3.2.　　ジョブ情報表示コマンド（fjstat）
4.3.3.　　ジョブのキャンセルコマンド（fjdel）
4.4.　　　ジョブ投入スクリプトの作成
4.4.1.　　処理方法の指定
4.4.2.　　sbatchオプション
4.4.3.　　環境変数
4.4.4.　　逐次ジョブを実行する場合
4.4.5.　　スレッド並列ジョブを実行する場合
4.4.6.　　MPIプログラム（openMPI）を実行する場合
4.4.7.　　MPIプログラム（Intel MPI）を実行する場合
4.4.8.　　MPIプログラム（mpich2）を実行する場合
4.5.　　　Xeon Phi コプロセッサの使用
4.6.　　　課金確認コマンド
4.6.1.　　プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth
4.6.2.　　利用者単位従量課金確認コマンド uacct

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5.　インターネット高速転送システムの使用方法

5.　　　　インターネット高速転送システムの使用方法
5.1.　　　利用の事前予約（予約システムの使用）
5.2.　　　専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法
5.2.1.　　クライアントのインストール
5.2.2.　　クライアントの環境設定
5.2.3.　　クライアントの起動
5.2.4.　　ファイルのアップロード
5.2.5.　　ファイルのダウンロード
5.3.　　　Webブラウザベースの使用方法
5.3.1.　　システムへのログイン
5.3.2.　　ファイルのアップロード
5.3.3.　　ファイルのダウンロード
5.3.4.　　ファイルの削除
5.3.5.　　Webブラウザーからの専用クライアント起動

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付録

付録A.スパコンシステム各種サーバ及びファイルシステム構成図
付録B.コマンド比較表（SLURMとLSF）

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目次　（2.1.システムへのログイン）

2.1.　　　システムへのログイン
2.1.1.　　インターネットからのSSH接続によるログイン
2.1.1.1.　事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）
2.1.1.2.　ログインサーバへのSSH接続
2.1.1.3.　共用フロントエンドサーバへの接続
2.1.1.4.　SCPファイル転送
　　　　　　　　　①事前準備（秘密鍵の変換）
　　　　　　　　　②SCPによるファイル転送（WinSCP使用）
2.1.1.5.　X Window Systemを利用するアプリケーションの使用方法（Windows環境）
2.1.1.6.　インターネットからのSSH多段接続によるログイン方法
　　　　　　　　　・proxy設定によるSSH多段接続の設定方法
　　　　　　　　　・Tera Termマクロ を使ったSSH多段接続の設定方法
　　　　　　　　　・SCPによるファイル転送（インターネットからのSSH多段接続）
2.1.2.　　インターネットからのSSL-VPN接続による利用方法
2.1.2.1.　SSL-VPN接続によるログイン
2.1.2.2.　SSL-VPN接続によるSCPファイル転送（WinSCP使用）
2.1.2.3.　X Window Systemを利用するアプリケーションの使用
2.1.3.　　高度計算科学研究支援センター内でのログイン方法

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2.1.システムへのログイン

インターネットから、FOCUSスパコンシステムにログインするには、SSH鍵交換による接続法とSSL-VPNによる接続法の２経路があります。接続サーバ名等は、「付録A.スパコンシステム各種サーバ及びファイルシステム構成図」をご参照ください。

以下では、ログインの詳細な方法を記述します。

2.1.1.インターネットからのSSH接続によるログイン

お手元のマシンがインターネットに対してSSH接続できる環境であれば、SSH接続によりセンター内のシステムにアクセスすることができます。
以下の『2.1.1.1　事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）』を実施して、公開鍵の登録が完了した後、ログインサーバ経由で共用フロントエンドサーバに接続できます。
 

図2.1.1　SSH接続イメージ

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2.1.1.1.事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）

(1) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［Tera Term］を順に選択します。
(2) Tera Term『新しい接続』画面で［キャンセル］ボタンをクリックします。
　　（『新しい接続』画面を閉じます。）
(3) Tera Termメニュー［設定］→［SSH鍵生成］を順に選択します。

 

(4)『TTSSH: 鍵生成』画面で、鍵の種類「RSA」(RSA2)を選択し、［生成］ボタンをクリックします。
　　(注)鍵の種類「RSA1、RSA、DSA」の中央に位置する“RSA”がRSA2です。

 

(5)「鍵のパスフレーズ」と「パスフレーズの確認」に同じフレーズを入力し、［公開鍵の保存］ボタンと［秘密鍵の保存］ボタンを押し、公開鍵と秘密鍵を保存します。

 

(6) OKBiz（https://secure.okbiz.okwave.jp/focus/）で公開鍵（id_rsa.pub）の登録を依頼します。
　　※ファイル名の初期値は次のとおりです。
　　　・公開鍵：id_rsa.pub　　　←OKBizに添付するのは“.pub”の方です。
　　　・秘密鍵：id_rsa　　　　　←お手元で管理してください（添付しないでください）。
　　※秘密鍵はSSH接続する際に使用します。
　　※秘密鍵はお手元で厳重に管理をお願いします（絶対に公開鍵と一緒に送付しないで下さい）。
　　※OKBizが使用不可の場合はメールで運用課 unyo@j-focus.or.jpに送付してください。
 

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2.1.1.2.ログインサーバへのSSH接続

　前述の手順『2.1.1.1.　事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）』で作成した秘密鍵を使って、インターネットからログインサーバに対してSSH接続を行います。SSH接続に関わる各種情報は次のとおりです。

ご使用の環境によってはプロキシを設定する必要があります。そのような場合は、ご所属のネットワーク管理者にご確認ください。
手順は次のとおりです。

(1) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［Tera Term］を選択します。
(2) TeraTerm『新しい接続』画面で以下の指定を行い、［OK］ボタンを押します。

(3) 『SSH認証』画面で以下の指定を行い、［OK］ボタンを押します。
　なお、セキュリティ警告ウィンドウが現れた場合は、［続行］ボタンを押します。

(4) プロンプト（[アカウント名@login1~]$ もしくは[アカウント名@login2~]$）が表示されることを確認します。

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2.1.1.3.共用フロントエンドサーバへの接続

sshコマンドにより共用フロントエンドサーバff.j-focus.jp（ff）に接続します。

【ffへの接続】

なお、初回接続時は確認メッセージが表示されるので、「yes」を入力します。
 

また、異なるアカウント名で接続する場合は、sshコマンドの -lオプションを使ってアカウント名を指定します。

【ffへの接続（アカウント指定あり）】

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2.1.1.4.SCPファイル転送

インターネットからログインサーバに対して、SCPファイル転送を行います。事前準備として秘密鍵の変換操作が必要となりますので、次の①、②の順で操作を行います。
①事前準備（秘密鍵の変換）・・・ PuTTY Key Generator（PuTTYgen）使用
②SCPファイル転送・・・ WinSCP
 

　ホーム領域（/home1）は、ログインサーバと共用フロントエンドサーバが同じファイルシステムをマウントしているため、ファイルの転送操作はログインサーバに対してのみ実施します。

図2.1.1.4.1　ホーム領域（/home1）接続イメージ

　追加ストレージ領域（/home2）は、初期状態では共用フロントエンドサーバのみがマウントしています。ログインサーバからのマウントには、ユーザ単位での申請が必要となります。

図2.1.1.4.2　追加ストレージ領域（/home2）接続イメージ

なお、ご使用の環境によってはプロキシを設定する必要があります。そのような場合は、ご所属のネットワーク管理者にご確認ください。

①事前準備（秘密鍵の変換）

WinSCP用に秘密鍵をPuTTY形式に変換します。前述『2.1.1.1　事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）』の手順で作成した秘密鍵（id_rsa）を使います。

(1) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［WinSCP］→［鍵関連ツール］→［PuTTYgen］を順に選択します。
　　（PuTTY Key Generatorを起動します。）
(2) PuTTY Key Generatorメニュー［Conversions］→［Import Key］を順に選択します。

 

(3)前述『2.1.1.1　事前準備（秘密鍵・公開鍵の作成と登録）』の手順で作成した秘密鍵を選択します。
　　※Windows環境の画面例

 

(4) 公開鍵・秘密鍵を作成した際のパスフレーズを入力し、［OK］ボタンをクリックします。
 

(5) ［Save private key］ボタンをクリックします（変換した鍵が保存されます）。
 

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②SCPによるファイル転送（WinSCP使用）

前述の手順『①事前準備（秘密鍵の変換）』でPuTTY形式に変換した秘密鍵を使用します。

(1)スタートメニュー［すべてのプログラム］→［WinSCP］→［WinSCP］を順に選択します。
(2)『WinSCPログイン』画面で以下の指定を行い、［ログイン］ボタンをクリックします。
 

(3) 『警告』画面が表示された場合は内容を確認し、[はい]ボタンをクリックします。

 

(4) 公開鍵・秘密鍵を作成した際のパスフレーズを入力し、［OK］ボタンをクリックします。
 

(5) 以下のような画面が表示され、お手元のマシンとログインサーバ間でファイル転送が出来るようになります。
 

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2.1.1.5.X Window Systemを利用するアプリケーションの使用方法（Windows環境）

(1) お手元のマシン（localhost）にCygwin/X　、Xming等のXサーバソフトウェアをあらかじめインストールしておき、お手元のマシン（localhost）でXサーバを起動します。
(2) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［Tera Term］を順に選択します。
(3) Tera Term『新しい接続』画面で［キャンセル］ボタンをクリックします。（『新しい接続』画面を閉じます。）
(4) Tera Termメニュー［設定］→［SSH転送］を選択します。

 

(5) ［リモートの(X)アプリケーションをローカルのXサーバに表示する］にチェックを入れ、［OK］をクリックします。

 

(6) Tera Termメニュー［ファイル］→［新しい接続］を順にクリックします。
　　（『新しい接続』画面を開きます。）

 

(7) ログインサーバにSSH接続します。（参照：『2.1.1.2　ログインサーバへのSSH接続』）
(8) ログインサーバから共用フロントエンドサーバ（ff01またはff02）にssh接続する際に、
　　-X (大文字エックス)オプションを付けます。
 

(9) 以上で、X Window Systemを利用するアプリケーションをお手元のマシンで利用出来るようになります。
 

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2.1.1.6.インターネットからのSSH多段接続によるログイン方法

前述2.1.1ではお手元のマシン（localhost）からログインサーバに接続し、そこから共用フロントエンドサーバに接続する方法を示しました。本節では、SSH多段接続によりlocalhostから直接フロントエンドサーバにログインする方法について示します。
 

・proxy設定によるSSH多段接続の設定方法

　cygwin（Windows環境）, MacOS X, Linux等のlocalhostで、$HOME/.ssh/config ファイルを以下のように設定します。ログインする共用フロントエンドサーバはff01.j-focus.jp、アカウント名はuser0001の場合の設定例になります。

【$HOME/.ssh/config 設定例】

configファイルでの設定終了後、フロントエンドへの接続を実行します。

【多段SSH接続実行例】

　コマンドを使ってlocalhostから直接フロントエンドサーバへファイルのコピーを行うことも可能です。

【多段SSH接続を使ったscp実行例】

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・Tera Termマクロ を使ったSSH多段接続の設定方法

　Tera Term マクロを使い、ログインサーバへのSSH接続を自動化します。

(1) テキストエディタを使ってマクロを作成します。
　　以下では「FOCUS_FF.ttl」という名前でファイルを作成しています。
　　(接尾語は「.ttl」にしてください。)

(2) エクスプローラを開き、該当ファイル（例「FOCUS_FF.ttl」）を右クリックし［プロパティ］を選択します。

 

(3)［ファイルの種類］→［変更］→［このファイルの種類を開くプログラムを選択］→［ttpmacro.exe］を選択します。

 

(4) 接尾語「.ttl」をもつファイル（例「FOCUS_FF.ttl」）をダブルクリックするとTera Termが起動します。

(5)「SSH認証」画面でパスワードを入力し、［OK］ボタンをクリックします。

 

(6) 以上の手順でフロントエンドサーバにログインできます。(「アカウント名@ff」コマンドは自動的に入力されます。)

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・SCPによるファイル転送（インターネットからのSSH多段接続）

ここでは前述の『2.1.1.4.　SCPファイル転送』①事前準備で変換した秘密鍵を使用します。

(1) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［WinSCP] → [WinSCP] を順に選択します。

(2)『WinSCPログイン』画面で「詳細設定」をチェックします。

 

(3)［接続］→［トンネル］を順に選択し、以下の指定を行います。
 

(4) 「セッション」を選択し、以下を指定し、［保存］ボタンをクリックします。
 

(5) 『セッションの保存名』画面で保存名（例：FOCUSフロントエンド接続）を入力し、［OK］ボタンをクリックします。

 

(6) 『警告』画面（初回アクセス時のみ表示されます）が表示されたら、内容を確認したうえで、[はい]ボタンをクリックします。

 

(7) 『パスフレーズの入力』画面で公開鍵・秘密鍵のパスフレーズを入力し、［OK］ボタンをクリックします。

 

(8)アカウントのパスワードを入力します。
 

(9) 以上でお手元のマシン(localhost)とフロントエンドサーバ間でファイル転送が出来るようになります。
 

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2.1.2.インターネットからのSSL-VPN接続による利用方法

お手元のマシンがインターネットに対してSSL-VPN接続できる環境であれば、SSL-VPN接続でアクセスすることができます。また、ログインするときのホスト名、接続プロトコルは下表のとおりです。
 

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2.1.2.1.SSL-VPN接続によるログイン

SSL-VPN接続を使ってログインすることができます。

図2.1.2.1　SSH接続イメージ

手順は次のとおりです。

(1)SSL-VPN接続を開始します。接続方法は『SSL-VPN利用者マニュアル』(http://www.j-focus.jp/sslvpn/)を参照します。

(2)スタートメニュー［すべてのプログラム］→［Tera Term］→［Tera Term］を順に選択します。（Tera Termを起動します。）

(3)Tera Term『新しい接続』画面で以下を指定し、［OK］ボタンをクリックします。
 

(4)『SSH認証』画面で以下を指定し、［OK］ボタンをクリックします。
 

操作の途中で『セキュリティ警告』画面が表示された場合は［続行］ボタンをクリックして手順を続けます。

 

(5)以上の手順で共用フロントエンドサーバへのssh接続に成功すると、以下のような画面が表示されます。

 

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2.1.2.2.SSL-VPN接続によるSCPファイル転送（WinSCP使用）

SSL-VPN接続を使って、システムにSCPによるファイル転送を行います。

図2.1.2.2　 SCPファイル転送

手順は次のとおりです。

(1)SSL-VPN接続を開始します。接続方法は『SSL-VPN利用者マニュアル』(http://www.j-focus.jp/sslvpn/)を参照します。

(2)スタートメニュー［すべてのプログラム］→［WinSCP］→［WinSCP］を順に選択します。

(3)『WinSCPログイン』画面で以下の指定を行い、［ログイン］ボタンをクリックします。
 

(4) 下図のような画面でファイルを転送できるようになります。
 

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2.1.2.3.X Window Systemを利用するアプリケーションの使用

X Window Systemを利用するアプリケーションを使用する場合は事前に本手順を実行します。

(1)SSL-VPN接続を開始します。接続方法は『SSL-VPN利用者マニュアル』(http://www.j-focus.jp/sslvpn/)を参照します。

(2) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［Cygwin-X］→［XWin Server］を順に選択します。

(3) スタートメニュー［すべてのプログラム］→［Tera Term］を順に選択します。

(4) Tera Term『新しい接続の設定』画面で、［キャンセル］ボタンをクリックします。

(5) Tera Termメニュー［設定］→［SSH転送］を順に選択します。

 

(6)『SSHポート転送』画面で、［リモートの(x)アプリケーションをローカルのXサーバに表示する］にチェックを入れ、［OK］ボタンをクリックします。

 

(7) Tera Termメニュー［ファイル］→［新しい接続］を順に選択します。

 

(8)前述の手順『2.1.1.2. ログインサーバへのSSH接続』、『2.1.1.3. 共用フロントエンドサーバへの接続』を使って、共用フロントエンドサーバにSSH接続を行い、続けてアプリケーション固有の操作を行うことで、X Window Systemを利用するアプリケーションを使用できます。

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2.1.3.高度計算科学研究支援センター内でのログイン方法

前述『2.1.2. インターネットからのSSL-VPN接続による利用方法』の各小節(2)以降の手順を使って、センター内からFOCUSスパコンシステムにログインできます。なお、講習用端末のハードディスクは、再起動すると初期化されますのでご注意ください。

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実習室　：計算科学センタービル２F実習室
セミナー室　：計算科学センタービル２Fセミナー室

アクセスポイント神戸　：計算科学センタービル内アクセスポイント神戸

　　　有料セミナー　　

＊スケジュールは変更になる場合があります。　

更新日2015.2.27

ＰＤＦファイル

平成26年度 セミナー・イベントカレンダー

ダウンロードはこちらから

平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」 を月2回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

FOCUSスパコンシステムの概要説明し、受講者には
インターネット経由でFOCUSスパコンへログイン、ジョブの投入を実習していただきます。

また、「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を同日開催いたします。

あわせての参加をご検討ください。

日　時：　

　　・【終了】  4月21日（木）　13時～15時

　　・【終了】  4月24日（木）　13時～15時

　　・【終了】  5月  8日（木）　13時～15時

　　・【終了】  5月15日（木）　13時～15時

　　・【終了】  6月  5日（木）　13時～15時

　　・【終了】  6月12日（木）　13時～15時

　　・【終了】  7月  3日（木）　13時～15時

　　・【終了】  7月17日（木）　13時～15時

　　・【終了】  8月  7日（木）　13時～15時

　　・【終了】  8月14日（木）　13時～15時

　　・【終了】  9月  4日（木）　13時～15時

　　・【終了】　9月19日（金）　13時～15時

　　・【終了】 10月  2日（木）　13時～15時

　　・【終了】 10月16日（木）　13時～15時

　　・【終了】 11月  6日（木）　13時～15時

　　・【終了】 11月13日（木）　13時～15時

　　・【終了】 12月  4日（木）　13時～15時

　　・【終了】 12月19日（金）　13時～15時

　　・【終了】　 1月  8日（木）　13時～15時

　　・【終了】   1月22日（木）　13時～15時

　　・【終了】   2月  5日（木）　13時～15時

　　・【終了】  2月19日（木）　13時～15時

　　・【受付終了】  3月  5日（木）　13時～15時

　　・【受付中】  3月19日（木）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料
 

定員 :　20名

　　※初参加者を優先とさせていただきます。

プログラム：

1 ご挨拶

2 FOCUSスパコンシステム構成
  2.1 各システム(ABCDEGシステム)の特徴
  2.2 各システムのノードスペック
  2.3 ソフトウェア

3 システムへのログイン（実習）
  3.1 鍵交換によるSSH接続
    3.1.1 TeraTermによるSSHログイン
    3.1.2 ディレクトリ構成確認
    3.1.3 クォータ確認コマンド
    3.1.4 WinSCPによるファイル転送
  3.2 SSL-VPN接続
    3.2.1 cisco AnyConnect Secure Mobility Client のインストール
    3.2.2 パスワード変更
    3.3.3 TeraTermによるSSHログイン

4 ジョブ実行（実習）
  4.1 環境設定
  4.2 サンプルソースのコンパイル
  4.3 SLURMからの逐次ジョブの投入
  4.4 fjコマンドの紹介

5 利用お問合せシステムOKBizの紹介
  5.1 ユーザ情報の変更
  5.2 質問、作業依頼投稿方法

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」 として、

以下の内容をご通知下さい。 　

================================

フリガナ ：

お名前 ： 　

ご所属 ： 　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催３業務日前AM10:00

平成26年度　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

日　時：　

　　・【終了】　４月　８日（火）　１４時～１５時

　　・【終了】　４月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月　７日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月　３日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月１７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月　８日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　８月　５日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　８月１９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　９月　９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　９月２４日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】１０月　７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１０月２１日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１１月　４日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１１月１８日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１２月　９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１２月２２日（月）　１６時～１７時

　　・【終了】   １月　６日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】 　１月２０日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】 　２月　３日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　 ２月１７日（火）　１６時～１７時

　　・【受付終了】　３月　４日（水）　１６時～１７時

　　・【受付中】　３月１７日（火）　１６時～１７時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

概要：

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会では、スーパーコンピュータ「京」及び
「京」以外のHPCIの産業利用拠点として整備されたHPCIアク セスポイント神戸
の概要紹介と利用手続きの流れ、利用方法について簡潔にご紹介致します。
 1回の講習会での最大定員は１０名とし、可能な限り５名以下の受講者を対象と
した手厚い講習を心がけております。「京」やHPCIのアカウントをお持ちの方に
は2室の作業用個室で実際に10ギガビットイーサネット経由で毎秒1ギガバイトの
データ転送を実現するにはどう言った点に注意すれば良いか等を実習しながら学
んでいただきます。

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会プログラム
１）HPCIアクセスポイント神戸の概要
　1.1 設置目的
　1.2 紹介・申請・予約状況Webページ
　1.3 ネットワークと機器概要
　1.4 データ転送性能例
２）利用の流れ
　2.1 利用者登録申請
　2.2 利用許可申請　
３）ネットワークと機器と利用方法
　3.1 機器の特徴
　3.2 ネットワークの種類と特徴
　3.3 機器とデータ転送方法
　3.4 プリポストソフトウェアの起動方法
　　3.4.1 AVS/Express PCE
　　3.4.2 Pointwise
　　3.4.3 FieldView
　　3.4.3 Ensight DR
４）質疑応答

申し込み方法:

参加ご希望の方は、　request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。

================================

フリガナ ：

お名前 ：　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催2業務日前AM10:00

入門ワークショップ　”FMO 計算法によるタンパク質～リガンド相互作用エネルギー解析”

を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

日 　時： 2月25日（水） 10:00～17:00

場　 所： 公益財団法人 計算科学振興財団　

　　　　　　　　〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル 2F実習室

　      　　    http://www.j-focus.or.jp/access.html　

主 　催： 神戸大学連携創造本部

共　 催： 公益財団法人 計算科学振興財団

後 　援： CBI学会 　みずほ情報総研株式会社　株式会社菱化システム

参加費： 無料

定　 員： 10名程度

対象者： 構造ベース創薬に関心をお持ちの大学院生、企業・アカデミアの研究者、創薬プロジェクト関係者等

概 　要： セミナー「FMO計算法の創薬への応用」（H27.2.10開催）に引き続き、

http://www.innov.kobe-u.ac.jp/innov-hum-dev/life/ist/pdf/senshin3rd20150210.pdf

計算科学振興財団との共催により、“PDB・電子密度データの入手”から

“FMOによる配位エネルギー解析”までの手順の実際に興味をお持ちの方を対象にハンズオン・ワークショップです。

プログラム使用経験のない方も含め、“タンパク質～リガンド相互作用エネルギー解析”に関心をお持ちの研究者

（計算化学、創薬・合成化学者、構造生物科学者等）を対象にしていますので、FMO計算法利用の一連の手順を学ぶ

入門ワークショップとしてお気軽にご参加下さい。

プログラム：

10：00～12：30　実習　 1.MOEの概要説明

　　　　　　　　　　　　　　　2.PDBデータと電子密度データの取得

　　　　　　　　　　　　　　　3.構造データの確認と修正

　　　　　　　　　　　　　　　4.水素原子付加作業

　　　　　　　　　　　　　　　5.FMO用構造データ作成

13：30～17：00　実習 　1.MIZUHO/BioStation の概要説明

　　　　　　　　　　　　　　　2.FMO計算入力データの作成

　　　　　　　　　　　　　　　3.FOCUSスパコンで計算

　　　　　　　　　　　　　　　4.FMO解析結果の評価

　　　　　　　　　　　　　　　5.VISCANAによる化合物クラスタリング（講義）

申込方法：

参加ご希望の方は、hicd-tiiki-life[at]office.kobe-u.ac.jp （［at］を@に変更して下さい）

神戸大学連携創造本部　冨井まで、件名を 「参加希望 第４回　先進科学技術活用力養成講座」 として、

以下の内容をご通知下さい。

先着順にて事務局よりご連絡いたします。

==========================================================

フリガナ:

お名前:

ご所属:

メールアドレス:

電話番号：

専門分野：計算化学、創薬・合成化学、構造生物学　等 から該当する分野すべて

===========================================================

リンク先

http://www.innov.kobe-u.ac.jp/innov-hum-dev/life/ist/pdf/senshin4th20150225.pdf

申込締切: 2015 年2 月20 日（金）

これに関連して２月１０日に開催されます「第３回　先進科学技術活用力養成講座」へのご参加も同様に受け付けております。

リンク先

http://www.innov.kobe-u.ac.jp/innov-hum-dev/life/ist/pdf/senshin3rd20150210.pdf

平成27年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用法 基本講習会」 を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日時：　

・  4月23日(木)13時～15時

・  5月21日(木)13時～15時

・  6月25日(木)13時～15時

・  7月23日(木)13時～15時

・  8月20日(木)13時～15時

・  9月24日(木)13時～15時

・10月22日(木)13時～15時

・11月19日(木)13時～15時

・12月24日(木)13時～15時

・  1月21日(木)13時～15時

場所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　 賛助会員　　　10,800円

　　　　　 一般　　　　　　21,600円

               ※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

  1-1  並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

  1-2 CacheSizeオプション

  1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

  2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

  2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

  2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用法 基本講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。 　

================================

フリガナ ：

お名前 ： 　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

平成27年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用法応用講習会」 を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日時：　

・  7月23日(木)15時～17時

・  8月20日(木)15時～17時

・  9月24日(木)15時～17時

・10月22日(木)15時～17時

・11月19日(木)15時～17時

・12月24日(木)15時～17時

・  1月21日(木)15時～17時

場所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　 賛助会員　　　10,800円

　　　　　 一般　　　　　　21,600円

               ※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

  1-1  並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

  1-2 CacheSizeオプション

  1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

  2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

  2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

  2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「FOCUSスパコンでのGaussian09 利用法応用講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。 　

================================

フリガナ ：

お名前 ： 　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・ 【終了】　 6月　2日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 6月30日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 7月28日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 8月  4日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 8月25日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 9月  8日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 9月29日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  10月27日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  11月25日（火）　13時～15時

　　・ 【終了】  12月  8日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  12月26日（金）　10時～12時

　　・ 【終了】    1月26日（月）　10時～12時

　　・ 【終了】    2月　2日（月）　10時～12時

　　・ 【終了】    2月23日（月）　10時～12時

　　・ 【受付終了】  3月　2日（月）　10時～12時

　　・ 【受付中】 3月23日（月）　10時～12時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

概要 :

技術計算におけるチューニング技法の基本的な内容について講義します。

プログラム :

１．      チューニングの基礎

２．      コンパイルオプション

３．      パフォーマンス測定方法

４．      キャッシュチューニング

５．      その他のチューニング

６．      Ｉ／Ｏチューニング

７．      チューニング手順

申し込み方法：

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編」 として、

以下の内容をご通知下さい。 

（中級編のノード内チューニング編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

================================

フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

================================

中級編の開催：

本講習会の内容を踏まえ、実習を行う

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内並列）　を開催しております。

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間並列）　を開催しております。

こちらのご参加も合わせてご検討ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

  　・【終了】　6月　2日（月）　15時～17時

　　・【終了】　6月30日（月）　15時～17時

　　・【終了】  7月28日（月）　15時～17時

　　・【終了】  8月  4日（月）　15時～17時

　　・【終了】  8月25日（月）　15時～17時

　　・【終了】  9月  8日（月）　15時～17時

　　・【終了】  9月29日（月）　15時～17時

　　・【終了】 10月27日（月）　15時～17時

　　・【終了】 11月25日（火）　15時～17時

　　・【終了】 12月  8日（月）　15時～17時

　　・【終了】 12月26日（金）　13時～15時

　　・【終了】   1月26日（月）  13時～15時

　　・【終了】   2月 2日（月）   13時～15時

　　・【終了】  2月23日（月）　13時～15時

　　・【受付終了】   3月　2日（月）　13時～15時

　　・【受付中】   3月23日（月）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

１．      アーキテクチャ

２．      並列プログミング

３．      共有メモリプログラミング

４．      ＯｐｅｎＭＰ

５．      スレッドの同期操作

６．      実行時ライブラリー

７．      計算プログラム例

８．      実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)」 として、

以下の内容をご通知下さい。 （初級編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

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フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

================================

初級編の開催：　

中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。

初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

平成27年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用法 基本講習会」 を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日時：　

・  4月23日(木)13時～15時

・  5月21日(木)13時～15時

・  6月25日(木)13時～15時

・  7月23日(木)13時～15時

・  8月20日(木)13時～15時

・  9月24日(木)13時～15時

・10月22日(木)13時～15時

・11月19日(木)13時～15時

・12月24日(木)13時～15時

・  1月21日(木)13時～15時

場所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　 賛助会員　　　10,800円

　　　　　 一般　　　　　　21,600円

               ※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

  1-1  並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

  1-2 CacheSizeオプション

  1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

  2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

  2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

  2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用法 基本講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。 　

================================

フリガナ ：

お名前 ： 　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

実習室　：計算科学センタービル２F実習室
セミナー室　：計算科学センタービル２Fセミナー室

アクセスポイント神戸　：計算科学センタービル内アクセスポイント神戸

　　　有料セミナー　　

＊スケジュールは変更になる場合があります。　

更新日2015. 3.5

ＰＤＦファイル

平成27年度 セミナー・イベントカレンダー

ダウンロードはこちらから

平成27年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用法応用講習会」 を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日時：　

・  7月23日(木)15時～17時

・  8月20日(木)15時～17時

・  9月24日(木)15時～17時

・10月22日(木)15時～17時

・11月19日(木)15時～17時

・12月24日(木)15時～17時

・  1月21日(木)15時～17時

場所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　 賛助会員　　　10,800円

　　　　　 一般　　　　　　21,600円

               ※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

  1-1  並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

  1-2 CacheSizeオプション

  1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

  2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

  2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

  2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「FOCUSスパコンでのGaussian09 利用法応用講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。 　

================================

フリガナ ：

お名前 ： 　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：

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参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

平成27年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級単体CPUチューニングを
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日時：　

・ 【受付中】　6月　9日（火）10時～11時半

・  　7月  7日（火）10時～11時半

・  10月　6日（火）10時～11時半

・  11月　4日（水）10時～11時半

場所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F　実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

概要 :

技術計算におけるチューニング技法の基本的な内容について講義します。

プログラム :

１．      チューニングの基礎

２．      コンパイルオプション

３．      パフォーマンス測定方法

４．      キャッシュチューニング

５．      その他のチューニング

６．      Ｉ／Ｏチューニング

７．      チューニング手順

申し込み方法：

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級単体CPUチューニング」 として、

以下の内容をご通知下さい。 

（初級OpenMP編、初級MPI編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

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フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

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参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

平成27年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会 初級OpenMP編　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日時：　

・【受付中】 　6月　9日（火）12時半～15時

・  　7月  7日（火）12時半～15時

・  10月　6日（火）12時半～15時

・  11月　4日（水）12時半～15時

場所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級単体CPUチューニング受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

１．      アーキテクチャ

２．      並列プログミング

３．      共有メモリプログラミング

４．      ＯｐｅｎＭＰ

５．      スレッドの同期操作

６．      実行時ライブラリー

７．      計算プログラム例

８．      実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会 初級OpenMP編」 として、

以下の内容をご通知下さい。 （初級単体CPUチューニング、初級MPI編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

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フリガナ ：

お名前 ：

ご所属 ：

ご連絡先 ：

参加希望講習会開催日 ：

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参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00