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FOCUSスパコンご利用前FAQ（PDF版）

December 25, 2014, 6:17 pm
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1.FOCUSスパコンシステムの概要

December 25, 2014, 9:05 pm
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目次　（1. FOCUSスパコンシステムの概要）

1.　　　　FOCUSスパコンシステムの概要
1.1.　　　システム構成
1.1.1.　　システム概念図
1.1.2.　　システム構成要素の特徴
1.2.　　　ハードウェア構成
1.2.1.　　サーバ
1.3.　　　ソフトウェア構成
1.3.1.　　オペレーティングシステム（OS）
1.3.2.　　ソフトウェア
1.3.3.　　アプリケーション
1.3.3.1.　ライセンスが必要なアプリケーション(商用・有償)
1.3.3.2.　フリーソフトウェア
1.3.3.3.　アプリケーションに関するサポート
1.4.　　　製品マニュアル
1.5.　　　ディレクトリ構成
1.5.1.　　共用フロントエンドサーバ
1.5.2.　　演算ノード
1.5.3.　　クォータ確認コマンド（追加ストレージ/home2）

 

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1. FOCUSスパコンシステムの概要

 

1.1. システム構成

 

1.1.1. システム概念図

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1.1.2. システム構成要素の特徴


産業利用加速用計算機システムを構成する要素について、特徴は以下の通りです。

FOCUSスパコンシステムを構成する要素について、特徴は以下の通りです。

・ファイアウォール
インターネットからの不正アクセスを防ぎます。各種ポートを塞いだり一方通行にしたり等のアクセス制御を行います。

・ウェブサーバシステム
FOCUSスパコンシステムの利用に関する情報を提供します。運用情報や予約状況等を表示します。

・ログインサーバシステム
インターネットからのSSHプロトコルを使用したログイン接続、ファイル転送の中継を行います。この計算機に一旦ログインしてから再度、フロントエンドサーバシステムにSSHでログイン、ファイル転送を行います。

・フロントエンドサーバシステム
FOCUSスパコンシステムを利用するための拠点となります。プロジェクト毎の専用のファイルシステムがマウントされ、利用者がログインし、プログラムの開発、ジョブ管理システムの利用、小規模な解析・デバッグ、小規模なプリポスト処理等を行います。

・Ａシステム　　ノード間高並列演算指向
ノード内12コアを利用した共有メモリ並列から、Infiniband-QDR（40Gbit/s）で接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・Ｂシステム　　プリポスト・大容量メモリ処理用
大容量共有メモリ（512GB）を備え、入力データを作成したり、計算した結果をディスク上から大規模共有メモリに読込んで高速にポスト処理を行ったりするためのシステムです。ノード内に16コアを備えております。

・Ｃシステム　　ノード内並列専用
通信ネットワークを除いて性能はＡシステムと同等です。ノード間はGigabit Ethernetで接続されています。このためノード内並列に利用頂けます。

・Ｄシステム　　ノード内並列／ノード間高並列演算兼用
ノード内20コアを利用した共有メモリ並列から、Infiniband-FDR（56Gbit/s）で接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・Ｅシステム　　コプロセッサ搭載システム
インテル製 「Xeon Phi 5110P」（1基あたり60コア）をノード1台あたり4基（60×4=240コア）、合計192基を搭載しております。ノード内20コアを利用した共有メモリ並列から、Infiniband-FDR（56Gbit/s）で接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・Ｇシステム　　コプロセッサ搭載システム（デバッグキュー用）
インテル製 「Xeon Phi 5110P」（1基あたり60コア）をノード1台あたり1基搭載しております。ノード内12コアを利用した共有メモリ並列から、Gigabit Ethernetで接続されたノード間分散メモリ並列、それらを組み合わせたハイブリッド並列に利用頂けます。

・NASストレージシステム　ホーム領域(/home1)
物理容量は360TBです。
/home1としてマウントされております。ユーザーのホーム領域として課題毎に200GBの利用が可能です。通信帯域は全体で500MB/sです。通信帯域はFOCUSスパコン全ユーザにて共有しているため、I/O性能は自身も含めた全ユーザのI/O状況に依存
します。

・大容量分散高速ストレージシステム　ホーム兼ワーク領域(/home2)
物理容量は1640TBです。/home2としてマウントされています。ユーザのホーム兼ワーク領域となり、利用には追加契約が必要となります。通信帯域は全体で11GB/s、プロセスあたり最大1GB/sです。分散ファイルシステムであり、上記NASストレージシステムと比べて22倍の通信帯域となっておりますので、大規模並列計算の複数プロセスによるI/Oに適しております。

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1.2. ハードウェア構成

1.2.1. サーバ

・Aシステム

ハードウェア 富士通 BX922 S2
CPU Intel Xeon L5640(2.26GHz) ×2CPU(計12コア)/ノード
メモリ 48 GB/ノード
インタフェース Infiniband-QDR（40Gbps）×1/ノード

・Bシステム

ハードウェア 富士通製RX600 S5
CPU Intel Xeon X7520(1.86GHz) ×4CPU(計16コア)/ノード
メモリ 512 GB/ノード
インタフェース Infiniband-QDR（40Gbps）×1/ノード

・Cシステム

ハードウェア 富士通製CX122S1
CPU Intel Xeon L5640(2.26GHz)×2CPU(計12コア)/ノード
メモリ 48 GB/ノード

・Ｄシステム

ハードウェア Cray H2312WFFKR (HPC専用 2Uラックマウント型 ブレードサーバ)
CPU Intel Xeon E5-2670 v2 (2.5GHz) ×2CPU(計20コア)/ノード
メモリ 64 GB/ノード
インターフェース Infiniband-FDR（56Gbps）×1/ノード

・Ｅシステム

ハードウェア Cray GreenBlade GB824X (HPC専用 ブレード型サーバ)
CPU Intel Xeon E5-2670 v2 (2.5GHz) ×2CPU(計20コア)/ノード
コプロセッサ Intel Xeon Phi 5110P ×4基(計240コア)/ノード
メモリ 128 GB/ノード
インターフェース Infiniband-FDR（56Gbps）×1/ノード

・Ｇシステム

ハードウェア NEC Express5800/HR120a-1
CPU Intel Xeon E5-2640 (2.5GHz) ×2CPU(計12コア)/ノード
コプロセッサ Intel Xeon Phi 5110P ×1基(計 60コア)/ノード
メモリ 64 GB/ノード

・共用フロントエンドサーバ

ハードウェア Intel R2308GZ4GC (HPC専用 2Uラックマウント型サーバ)
CPU Intel Xeon E5-2680 v2 (2.8GHz) ×2CPU(計20コア)/ノード
コプロセッサ Intel Xeon Phi 5110P x 1基(計60コア)/ノード
メモリ 64 GB/ノード

・インターネット高速転送サーバ
　IBM Sytem x3550M4で構成され、ハードウェアをログインサーバと共用します。

・ログインサーバ
　IBM System x3550M4 2ノードによる構成です。うち一台は、インターネット高速転送サーバとハードウェアを共用します。

 

 

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1.3. ソフトウェア構成

1.3.1. オペレーティングシステム（OS）

各システムで採用するオペレーティングシステム（OS）を示します。

表 1.3.1　オペレーティングシステム（OS）

システム名 オペレーティングシステム（OS）
ログインサーバ CentOS 6.3(64bit版)
フロントエンドサーバ Red Hat Enterprise Linux 6.4(64bit版)
演算ノード CentOS 6.4(64bit版)

 

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1.3.2. ソフトウェア

FOCUSスパコンシステムで利用可能な主なソフトウェアの一覧を示します。

表 1.3.2　ソフトウェア一覧

ソフトウェア フロントエンドサーバ 演算ノード
ジョブスケジューラ
Slurm Workload Manager 2.6.2 ○ ○
開発環境（コンパイラ）
インテル(R) Cluster Studio XE 2012 ○ ○
インテル(R) Cluster Studio XE 2013 ○ ○
インテル(R) Cluster Studio XE 2013 SP1 ○ ○
インテル(R) Cluster Studio XE 2013 SP1 Updae 2 ○ ○
インテル(R) Parallel Studio XE 2015 Cluster Edition Update 1 ○ ○
GNU 4.4.7 ○ ○
GNU 4.8.2 ○ ○
ソフトウェア
Java SDK 1.7.0_45 ○ ○
Emacs 23.1.1 ○ －
vim 7.2 ○ －
OpenMPI 1.4.2 ○ ○
OpenMPI 1.6.5 ○ ○
MPICH2 1.4.1p1 ○ ○
OpenMX 3.7.6 ○ ○
GAMESS 201310 ○ ○
ABINIT-MP 4.1 ○ ○
ABINIT-MP 6.0 ○ ○
ABINIT-MP 7.0 ○ ○
NAMD 2.9 ○ ○
GROMACS 4.6.5 ○ ○
LAMMPS 28Jun14 ○ ○
Quantum ESPRESSO 5.0.2 ○ ○
OpenFOAM 2.2.2 ○ ○
OpenFOAM 2.3.0 ○ ○
ParaView 4.0.1 ○ ○
gnuplot 4.6.4 ○ ○
Octave 3.6.4 ○ ○
Pov-Ray 3.6.1 ○ ○
R 3.0.2 ○ ○
GLview 20131211 ○ ○
AutoDock Vina 1.1.2 ○ ○
NTChem 2013 4.0 ○ ○
GNU Scientific Library 1.16 ○ ○
cmake 2.8.12 ○ ○
Python 2.7.6 ○ ○
Python 3.3.3 ○ ○

 

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1.3.3. アプリケーション

/home1/share/にインストールしたアプリケーション、数値計算ライブラリ等はご自由に利用ください。FOCUSスパコン上で動作検証済みの商用・有償アプリケーション（Gaussian、MIZHO/BioStation、ParallelCONFLEX 以外）は、ソフトウェアベンダーからライセンスを取得して頂きまして利用頂けます。その他フリーソフト等、各利用者がホームディレクトリ配下に独自にインストールしたものが利用可能です。
 

1.3.3.1.ライセンスが必要なアプリケーション(商用・有償)

a）コンパイラ
　Intelコンパイラは、導入済みのライセンスがありますので、使用していただくことができます。　（ただしまれに同時にご使用の方が多いタイミングで、導入しておりますライセンス数を越えてしまい、ご使用のためのライセンスがありませんというエラーが出ることがありますが、そのような場合はしばらく時間を置いてご利用下さい。）

b）Gaussian、MIZUHO/BioStation, ParallelCONFLEX
　Gaussian、MIZUHO/BioStation や ParallelCONFLEX をFOCUSスパコンで利用する場合は、ライセンスを準備する必要はありませんが、演算ノードの利用料とは別にノード時間に応じて利用料がかかります。これらアプリケーションの利用を希望するユーザは、OKBiz（ https://secure.okbiz.okwave.jp/focus/ ）より利用希望する旨連絡してください。

c）上記以外の商用・有償ソフトウェア
　上記以外の商用・有償ソフトウェアをFOCUSスパコンで利用する場合は、各アプリケーションのベンダーに問い合わせて下さい。（FOCUSスパコンに未導入の商用ソフトウェアを利用されたい場合は、各ソフトウェアベンダーにFOCUSスパコンで使用したいとご相談下さい。）
 

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1.3.3.2.フリーソフトウェア

/home1/shareにインストールされているアプリケーション、ライブラリ等は自由に使っていただくことができます。しかしながら当該アプリケーションのご利用にあたってはFOCUSによるサポートはありません。
利用者あるいはグループとしてFOCUSスパコンに未導入のフリーソフトウェアを利用されたい場合は、各アカウントのホームディレクトリやグループ共用のホーム領域(/home1/グループ名/share)に自由にインストールして利用して頂いてかまいません。基本的にFOCUSからのサポートはありません。
 

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1.3.3.3.アプリケーションに関するサポート

FOCUSスパコンに導入した商用ソフトウェアのサポートは各ソフトウェアベンダーが行っており、以下のサポートサービスが提供されております。

　FOCUSスパコンに導入された商用ソフトウェアのサポートは各ソフトウェアベンダーが行います。 ソフトウェアベンダーのサポート以外に、現在、以下のサポートサービスが提供されております。

　　　　　・OpenFOAM利用サポートサービス：（株）CAEソリューションズ
　　　　　・Gaussian/GaussView/GAMESS/AMBER/CONFLEX利用サポートサービス：コンフレックス（株）

 


その他、ISV事業者により様々なサポートが準備されており、ご紹介が可能です。紹介をご希望の方はOKBiz（https://secure.OKBiz.okwave.jp/focus/）でお問合せ下さい。
 

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1.4. 製品マニュアル

センターのネットワーク内で、製品マニュアルを閲覧できます。下記のURLからアクセスしてご覧ください。

　　〔URL〕http://fl01.j-focus.jp/ablog/manual/

表 1.4　マニュアル一覧

関連製品名 マニュアル名称 形式 和 英
インテル® Cluster Studio XE 2013 インテル Cluster Studio XE リリースノート PDF 　 ○
インテル Visual Fortran Composer XE 2013 入門ガイド PDF 　 ○
インテル Parallel Studio XE 2013 入門ガイド PDF 　 ○
インテル® Cluster Studio XE 関連ドキュメント コンパイラー OpenMP 入門 PDF 　 ○
インテル CilkPlus ユーザーズガイド PDF 　 ○
OpenMP 3.0 C/C++構文の概要 PDF 　 ○
インテル OpenMP 互換ライブラリー 利用ガイド PDF 　 ○
コンパイラー最適化 クイック・リファレンス・ガイド PDF 　 ○
SP1Update1リリースノート PDF 　 ○
インテル® C++ Composer XE 2013 Linux 版 インテル C/C++ コンパイラー OpenMP 活用ガイド PDF 　 ○
日本語ユーザー・リファレンス・ガイド PDF ○ 　
インテル® Fortran Composer XE 2013 Linux 版 インテル Fortran コンパイラー OpenMP 活用ガイド PDF 　 ○
日本語ユーザー・リファレンス・ガイド PDF ○ 　
インテル Fortran ライブラリー・リファレンス PDF ○ 　
インテル® MPI ライブラリー Intel MPI 入門ガイド PDF 　 ○
インテル® Inspector XE チュートリアル-メモリーエラーを検出する(C++) PDF 　 ○
チュートリアル-メモリーエラーを検出する(Fortran) PDF 　 ○
チュートリアル-スレッド化エラーを検出する(C++) PDF 　 ○
チュートリアル-スレッド化エラーを検出する(Fortran) PDF 　 ○
インテル® MKL MKL ユーザーズガイド PDF 　 ○
入門チュートリアル C++ 言語向け PDF 　 ○
入門チュートリアル Fortran 言語向け PDF 　 ○
インテル® VTune Amplifier XE チュートリアル-hotspotを見つける(C++) PDF 　 ○
チュートリアル-hotspotを見つける(Fortran) PDF 　 ○
チュートリアル-ハードウェアの問題を特定する PDF 　 ○
チュートリアル-ロックと待機を解析する PDF 　 ○
SLURM 2.6.2 SLURM 2.6.2 Documentation HTML 　 ○
Gaussian09 Gaussian 09 User's Reference HTML 　 ○
IOps Reference HTML 　 ○
電子構造論による化学の探究 製本 ○ 　
Linda Using Gaussian 09 with Linda HTML 　 ○
GaussView GaussView 5 Reference PDF 　 ○

 

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1.5. ディレクトリ構成

ご利用の形態やソフトウェア、ジョブの特性によってディレクトリ（ストレージシステム）を使い分けていただくようお願い致します。

1.5.1.共用フロントエンドサーバ

　共用フロントエンドサーバのディレクトリ構成は下表のとおりです。

表1.5.1　ディレクトリ構成（共用フロントエンドサーバ）

ディレクトリパス 利用目的
/home1/グループ名/アカウント名 ホームディレクトリ
/home1/グループ名 グループ共用のホーム領域。容量は課題（グループ）あたり200GB
/home1/グループ名/share グループで共用するソフトウェアを格納するための領域
/home2/グループ名 グループ共用の追加ストレージ領域
/home1/グループ名/アカウント名/skeed
または
/home2/グループ名/アカウント名/skeed		 インターネット高速転送システムでデータ授受を行う場合に使用。専用ソフトウェアでは”/”と表示される。
/home1/share システム全体で共用するソフトウェアを格納

※グループ名は「g」＋“課題ID”、アカウント名は「u」＋“課題名”＋数字4桁です。
 

（参考）
/home1 NASストレージシステム（書込み性能　全体で500MB/s）
/home2 分散ファイルシステム（書込み性能　全体で11GB/s、1プロセスあたり最大1GB/s）

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1.5.2.演算ノード

　演算ノードのディレクトリ構成は下表のとおりです。

表1.5.2　ディレクトリ構成（演算ノード）

ディレクトリパス 利用目的
/work スクラッチディレクトリ（演算ノードのローカルディスク）

※演算ノードにログインすることはありません。
 

（参考）/workの書込み性能は各システムにより異なります。
実測値は付録A「スパコンシステム各種サーバ及びファイルシステム構成図」をご参照ください。

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1.5.3.クォータ確認コマンド（追加ストレージ/home2）

/home1の容量は課題（グループ）あたり200GBですが、追加ストレージ領域（/home2）の容量についてはご契約内容により異なります。現在の容量（上限値）を確認するには次のlfsコマンドを使用します。
〔コマンド〕

lfs quota -g グループ名 /home2

〔実行結果〕

% lfs quota -g gXXX /home2
Disk quotas for group gXXX (gid XXXX):
Filesystem kbytes quota limit grace files quota limit grace
/home2 4 1059061760 1059061760 - 1 0 0 -

※quota列に上限値（kbytes）が表示されます。

 

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5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法

December 25, 2014, 9:30 pm
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目次　（5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法）

5.2.　　　専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法
5.2.1.　　クライアントのインストール
5.2.2.　　クライアントの環境設定
5.2.3.　　クライアントの起動
5.2.4.　　ファイルのアップロード
5.2.5.　　ファイルのダウンロード
 

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5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法

 

5.2.1.クライアントのインストール

 

(1)次のいずれかの方法でインストールプログラムを入手します。
(方法1)
次の手順を参照し、お手元のマシンでSCP転送の画面を起動します。
・『2.1.1.4.SCPファイル転送』
・『2.1.2.2.SSL-VPN接続によるSCPファイル転送（WinSCP使用）』
フロントエンドサーバの /home1/share/skeed ディレクトリから、次のファイルをお手元のマシンにダウンロードします。

Windowsの場合 SetupSkeedSilverBulletClient_2.3.12.2.exe
MacOS Xの場合 SetupSkeedSilverBullet_2.3.12.2.dmg
※本手順では、MacOS Xのアプリケーションフォルダに保存することを前提に説明します。

(方法2)
SSL-VPN接続でセンター内にあるインストールプログラムをダウンロードできます。下記のURLからアクセスしてください。
〔URL〕http://fl01.j-focus.jp/ablog/client_software/ssb.html

(2)プログラムを起動します。

Windowsの場合 ［SetupSkeedSilverBulletClient_2.3.12.2.exe］をダブルクリックします。
MacOS Xの場合 ［SetupSkeedSilverBullet_2.3.12.2.dmg］をダブルクリックし、
展開された［SkeedSilverBullet］をダブルクリックします。

(3)【Windowsのみ】『SkeedSilverBullet Client Setup』画面で［次へ］ボタンをクリックします。
 

(4)【Windowsのみ】インストール先を確認（または指定）し、［インストール］ボタンをクリックします。
　　※初期値は C:\Users\<アカウント名>\AppData\Local\SkeedSilverBullet\client です。
　　　変更する場合は、参照ボタンからインストール先を指定後、「インストール」をクリックします。
 

(5)【Windowsのみ】「完了しました」が表示されたことを確認し、［完了］ボタンをクリックします。
　　※「SkeedSilverBulletを実行」にチェックが入っている場合はSkeedSilverBullet GUIクライアントが起動されます。
 

※JAVAのインストール
　お使いのPCにJAVAがインストールされていない場合には以下の様なダイアログが表示されます。
　手順にしたがってJAVAをインストールします。
 

 

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5.2.2.クライアントの環境設定

 

(1)SkeedSilverBulletを起動します。

Windowsの場合 ［スタート］→[すべてのプログラム]→[Skeed]→[SilverBulletClient]→[SkeedSilverBulletClient]を順に選択します。
MacOS Xの場合 メニュー[移動]→[アプリケーション]→[SkeedSilverBullet]を順に選択します。

(2)『接続先サーバーを選択してください。』画面で、[新規]ボタンをクリックします。
 

(3)次の項目を入力し、画面中央部にある［自動ネットワーク設定］ボタンをクリックします。
接続先サーバは2つありますので、どちらかに接続してください。

ホスト名 ssbp1.j-focus.jp または ssbp2.j-focus.jp
ポート番号 5100
ユーザー名 アカウント名（「u」＋“課題名”＋数字4桁）
認証方式 パスワード認証
パスワード アカウントのパスワード（変更は『2.2.1.パスワードの変更（センター外）』を参照）

(4)『完了』画面が表示されることを確認し、［OK］ボタンをクリックします。

(5)画面下部の［保存］ボタンをクリックします。
　　（これにより接続先サーバの情報が登録され、一覧画面での選択が可能になります。）
 

(6)「パスワードを保存する」のチェックを外し、［OK］ボタンをクリックします。

(7)『サーバー接続設定』欄に、登録した接続先が表示されることを確認します。

(8)登録した接続先をダブルクリックします。

(9)パスワードを入力し、［OK］ボタンをクリックします。

 

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5.2.3.クライアントの起動

 

(1)SkeedSilverBulletを起動します。

Windowsの場合 [スタート]→[すべてのプログラム]→[Skeed]→[SilverBulletClient]→[SkeedSilverBulletClient]を順に選択します。
MacOS Xの場合 メニュー[移動]→[アプリケーション]→[SkeedSilverBullet]を順に選択します。

(2)登録した接続先を選択し、［ログイン］ボタンをクリックします。
 

(3)パスワードを入力し、［OK］ボタンをクリックします。

(4)正常に接続が完了したら、以下のような画面が表示されます。

 

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5.2.4.ファイルのアップロード

 


(1)アップロードするファイルをクリックし、［アップロード］アイコン をクリックします。
 

(2)アップロードの確認画面で、[はい]ボタンをクリックします。

※アップロード中の画面イメージ（“アップロード中”という文字とともに進捗がバーで表示される。）

(3)【任意】転送中に「転送レート制御ポリシー」を変更します。
　　ポリシーは、「控えめ」、「公平」 の中から選択できます。
 

(4)【任意】転送中に「上限レート」を変更します。
　　指定した転送帯域を超えないように設定することが可能です。
 

 

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5.2.5.ファイルのダウンロード

 

(1)ダウンロードするファイルをクリックし、［ダウンロード］アイコン をクリックします。
 

(2)ダウンロード確認画面で、［はい］ボタンをクリックします。
　　※アップロード同様、上限レート、転送レート制御ポリシーを変更できます。
 

※ダウンロード中の画面イメージ（“ダウンロード中”という文字とともに進捗がバーで表示される。）

 

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4.4.ジョブ投入スクリプトの作成

December 25, 2014, 11:38 pm
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目次　（4.4.ジョブ投入スクリプトの作成）

4.4.　　　ジョブ投入スクリプトの作成
4.4.1.　　処理方法の指定
4.4.2.　　sbatchオプション
4.4.3.　　環境変数
4.4.4.　　逐次ジョブを実行する場合
4.4.5.　　スレッド並列ジョブを実行する場合
4.4.6.　　MPIプログラム（openMPI）を実行する場合
4.4.7.　　MPIプログラム（Intel MPI）を実行する場合
4.4.8.　　MPIプログラム（mpich2）を実行する場合

 

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4.4. ジョブ投入スクリプトの作成

ジョブ投入のためのジョブ投入スクリプトを作成します。

 

4.4.1. 処理方法の指定

ジョブ投入スクリプトの中で“#SBATCH”で始まる行にsbatch オプションを記述すると、処理方法を指定することができます。

 

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4.4.2. sbatch オプション

主なsbatch オプションを次に示します。
表 4.4.2 sbatch オプション

ジョブ投入スクリプトのディレクティブ #SBATCH
キュー（パーティション）指定 -p [queue]
実行ノード数（並列数の指定） -N [minnodes[-maxnodes]], --nodes=[minnodes[-maxnodes]]
CPU 数の指定（プロセス数の指定） -n [number], --ntasks=[number]
実行時間の上限指定（wall time）

-t [minutes], --time=[minutes]
-t [minutes:seconds], --time=[minutes:seconds]
-t [hours:minutes:seconds], --time=[hours:minutes:seconds]
-t [days-hours], --time=[days-hours]
-t [days-hours:minutes], --time=[days-hours:minutes]
-t [days-hours:minutes:seconds], --time=[days-hours:minutes:seconds]
出力ファイル指定 -o [filename], --output=[filename]
エラー出力指定 -e [filename], --error=[filename]
出力・エラー出力の総合出力 （-e 指定無しで-o を使用）
イベント通知

--mail-type=[type]

※type はBEGIN, END, FAIL, REQUEUE, ALL のいずれか
メールアドレス指定 --mail-user=[address]
ジョブ再投入 --requeue または --no-requeue（未指定時は--no-requeue）
実行ディレクトリ指定 --workdir=[dir_name]
メモリサイズ指定 --mem=[mem][M|G|T] OR --mem-per-cpu=[mem][M|G|T]
ノード当たりのタスク数指定 --tasks-per-node=[count]
タスク当たりのCPU数指定 --cpus-per-task=[count]
依存ジョブ

--dependency=[type:job_id]

type には次の依存タイプを指定できます。
after 指定したジョブが開始された後に、このジョブが実行されます。
afterany 指定したジョブが終了した後に、このジョブが実行されます。
afternotok 指定したジョブが異常終了した後に、このジョブが実行されます。
afterok 指定したジョブが正常終了した後に、このジョブが実行されます。
同じ依存タイプに複数のジョブID を紐付ける場合は、コロン（:）で区切ります。
#SBATCH --dependency=type:job_id: job_id
複数の依存関係（依存タイプとジョブID の組み合わせ）を指定する場合は、依存関係の間をカンマ（,）で区切ります。
#SBATCH --dependency=type:job_id,type:job_id
ジョブのプロジェクト化 --wckey=[name]
ジョブ実行ホストの詳細 --nodelist=[nodes] AND/OR --exclude=[nodes]
アレイジョブ --array=[array_spec]
開始時間指定 --begin=YYYY-MM-DD[THH:MM[:SS]]

 

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4.4.3. 環境変数

sbatch コマンド実行時、ジョブ実行時に環境変数が設定されます。設定される主な環境変数を示します。
表 4.4.3 環境変数

環境変数 内容

SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE

 ジョブ実行に使用されるホストとプロセス数のリスト
SLURM_JOB_ID ジョブID
SLURM_JOB_NAME fjsub –N やsbatch -J で指定したジョブ名。ジョブ名を指定していない場合は、実際に指定されたコマンド列が格納されます。
SLURM_JOB_NODELIST ジョブが実行されるホスト名のリスト
SLURM_NTASKS sbatch –n(または ––ntasks)で指定したプロセス数
SLURM_SUBMIT_DIR ジョブ が投入されたカレントディレクトリ

 

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4.4.4. 逐次ジョブを実行する場合

逐次（並列計算を行わない方式）で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)
#SBATCH -n 1 ･･････････ (2)
#SBATCH -J test_serial ･･････････ (3)
#SBATCH -o stdout.%J ･･････････ (4)
#SBATCH -e stderr.%J ･･････････ (5)
./a.out ･･････････ (6)

(1) パーティション名（キュー名）を指定します。
(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。
逐次ジョブの場合、プロセス数は1 となりますので、指定値は“-n 1”を指定します。
(3) ジョブ名を指定します。
(4) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。
(5) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。
(6) プログラム（a.out）を実行します。

 

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4.4.5. スレッド並列ジョブを実行する場合

スレッド並列（単体ノードで並列計算を行う方式）でジョブを実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)
#SBATCH -n 1 ･･････････ (2)
#SBATCH -c 20 ･･････････ (3)
#SBATCH -J test_openmp ･･････････ (4)
#SBATCH -o stdout.%J ･･････････ (5)
#SBATCH -e stderr.%J ･･････････ (6)
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_NTASKS} ･･････････ (7)
./a.out ･･････････ (8)
RETCODE=$?
exit ${RETCODE} ･･････････ (9)

(1) パーティション名（キュー名）を指定します。
(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。
上記の例では、1 プロセスで実行するために-n 1 を指定しています。
(3) ジョブで使用するCPU数（-cもしくは—cpus-per-task=<number>）を指定します。
上記の例では、20スレッドで実行するために-c 20を指定しています。
(4) ジョブ名を指定します。
(5) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。
(6) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。
(7) 環境変数 OMP_NUM_THREADS にスレッド数を指定します。
(8) プログラム（a.out）を実行します。
(9) プログラムの戻り値をSLURM に戻します。

 

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4.4.6. MPI プログラム（openMPI）を実行する場合

プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式）のジョブをOpenMPI で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

下記スクリプトでは、Dシステムにて2ノード（1ノードあたり2プロセス）のジョブが生成されます。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)
#SBATCH -n 40 ･･････････ (2)
#SBATCH -J test_openmpi ･･････････ (3)
#SBATCH -o stdout.%J.log ･･････････ (4)
#SBATCH -e stderr.%J.log ･･････････ (5)
module load gnu/openmpi165 ･･････････ (6)
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out ･･････････ (7)
RETCODE=$?
exit ${RETCODE} ･･････････ (8)

(1) パーティション名（キュー名）を指定します。
(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。
(3) ジョブ名を指定します。
(4) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。
(5) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。
(6) MPI 環境変数をセットします。
(7) プログラム（a.out）を実行します。
(8) プログラムの戻り値をSLURM に戻します。

 

上記(6)については、次の実行方法があります。

標準GNU コンパイラー
(GNU 4.4.7)		 OpenMPI module load gnu/openmpi165
MPICH2 module load gnu/mpich2141p1
IntelMPI module load impi411
GNU4.8.2 コンパイラー OpenMPI module load PrgEnv-gnu482
module load gnu/openmpi165
MPICH2 module load PrgEnv-gnu482
module load gnu/mpich2141p1
IntelMPI module load PrgEnv-gnu482
module load impi411
Intel コンパイラー OpenMPI module load PrgEnv-intel
module load intel/openmpi165
MPICH2 module load PrgEnv-intel
module load intel/mpich2141p1
IntelMPI module load PrgEnv-intel
module load impi411

 

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4.4.7. MPI プログラム（Intel MPI）を実行する場合

プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式）のジョブをIntelMPI で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h
#SBATCH -n 40
#SBATCH -J test_intelmpi
#SBATCH -o stdout.%J.log
#SBATCH -e stderr.%J.log
module load PrgEnv-intel
module load impi411
NODEFILE=`generate_pbs_nodefile`
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out

 

(注) インテルコンパイラで作成された実行ファイルを実行する場合、ジョブ投入スクリプト内に

module load PrgEnv-intel
module load impi411

の行を記載する必要があります。

 

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4.4.8. MPI プログラム（mpich2）を実行する場合

プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式)のジョブをGNU コンパイラで作成したMPI プログラム(mpich2)で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h
#SBATCH -n 40
#SBATCH -J test_gnu
#SBATCH -o stdout.%J.log
#SBATCH -e stderr.%J.log
module load PrgEnv-gnu482
module load gnu/mpich2141p1
NODEFILE=`generate_pbs_nodefile`
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out

(注) GNU コンパイラが用意するmpich2 環境を利用し、GNU コンパイラで作成された実行ファイルを実行する場合、ジョブ投入スクリプト内に

module load PrgEnv-gnu482
module load gnu/mpich2141p1

の行を記載する必要があります。

 

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2.6.moduleコマンド

December 25, 2014, 11:45 pm
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目次　（2.6.moduleコマンド）

2.6.　　　moduleコマンド

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2.6.moduleコマンド

FOCUSスパコンでは、様々なプログラムの実行環境の設定にmoduleコマンドを用います。
 

(1) 対応している環境の一覧表示

$ module avail

 

【実行例】

$ module avail
--------------------------- /home1/share/modulefiles ---------------------------
MIZUHO_ABINIT-MP3.01      PrgEnv-pgi-13.10-0        impi502
MIZUHO_ABINIT-MP3.0_FOCUS PrgEnv-pgi-14.2-0         intel/mpich2141p1
PrgEnv-gnu482             PrgEnv-pgi-716            intel/openmpi165
PrgEnv-intel              PrgEnv-pgi-725            pgi/mpich2141p1
PrgEnv-intel-12.1.0.233   PrgEnv-pgi-806            pgi/mpich2141p1_DE
PrgEnv-intel-13.0.1.117   PrgEnv-pgi-904            pgi/openmpi165
PrgEnv-intel-14.0.0.080   cmake2812                 pgi/openmpi165_DE
PrgEnv-intel-14.0.2.144   conflex                   python/2.7.6
PrgEnv-intel-15.0.1.133   gnu/mpich2141p1           python/3.3.3
PrgEnv-pgi                gnu/openmpi142            share
PrgEnv-pgi-109            gnu/openmpi165            slurm
PrgEnv-pgi-1110           impi410
PrgEnv-pgi-1210           impi411

 

 

(2) 環境設定の読み込み

$ module load モジュール名

 

【実行例】

$ module load PrgEnv-intel

 

 

(3) 読み込んだ環境設定の表示

$ module list

 

【実行例】

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
  1) PrgEnv-intel   2) impi411

 

 

(4) 環境設定の解除

$ module unload モジュール名

 

【実行例】

$ module unload PrgEnv-intel

 

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【次回1/20開催】HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

January 4, 2015, 8:37 pm
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平成25年度　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

 

日　時：　

　　・【終了】　４月　８日（火）　１４時～１５時

　　・【終了】　４月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月　７日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月　３日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月１７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月　８日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　８月　５日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　８月１９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　９月　９日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　９月２４日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】１０月　７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１０月２１日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１１月　４日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】１１月１８日（火）　１６時～１７時

　　・ 【終了】１２月　９日（火）　１６時～１７時

　　・ 【終了】１２月２２日（月）　１６時～１７時

　　・ 【受付終了】１月　６日（火）　１６時～１７時

　　・【受付中】 　１月２０日（火）　１６時～１７時

　　・　２月　３日（火）　１６時～１７時

　　・　２月１７日（火）　１６時～１７時

　　・　３月　４日（水）　１６時～１７時

　　・　３月１７日（火）　１６時～１７時

 

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html


参加費：　無料

 

概要：

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会では、スーパーコンピュータ「京」及び
「京」以外のHPCIの産業利用拠点として整備されたHPCIアク セスポイント神戸
の概要紹介と利用手続きの流れ、利用方法について簡潔にご紹介致します。
 1回の講習会での最大定員は１０名とし、可能な限り５名以下の受講者を対象と
した手厚い講習を心がけております。「京」やHPCIのアカウントをお持ちの方に
は2室の作業用個室で実際に10ギガビットイーサネット経由で毎秒1ギガバイトの
データ転送を実現するにはどう言った点に注意すれば良いか等を実習しながら学
んでいただきます。

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会プログラム
１）HPCIアクセスポイント神戸の概要
　1.1 設置目的
　1.2 紹介・申請・予約状況Webページ
　1.3 ネットワークと機器概要
　1.4 データ転送性能例
２）利用の流れ
　2.1 利用者登録申請
　2.2 利用許可申請　
３）ネットワークと機器と利用方法
　3.1 機器の特徴
　3.2 ネットワークの種類と特徴
　3.3 機器とデータ転送方法
　3.4 プリポストソフトウェアの起動方法
　　3.4.1 AVS/Express PCE
　　3.4.2 Pointwise
　　3.4.3 FieldView
　　3.4.3 Ensight DR
４）質疑応答

申し込み方法:

参加ご希望の方は、　request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、

件名を 「参加希望　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。

================================

フリガナ ：

お名前 ：　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：　

================================

 

参加申し込み締め切り：

講習会開催2業務日前AM10:00

 

 

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4.2.ジョブの実行方法（SLURMコマンド編）

January 9, 2015, 1:09 am
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目次　（4.2.ジョブの実行方法（SLURMコマンド編））

4.2.　　　ジョブの実行方法（SLURMコマンド編）
4.2.1.　　ジョブ投入コマンド（sbatch）
4.2.2.　　ジョブ情報表示コマンド（squeue）
4.2.3.　　ジョブのキャンセルコマンド（scancel）
4.2.4.　　ジョブステータス情報表示コマンド（sstat）

 

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4.2.ジョブの実行方法（SLURMコマンド編）

　ジョブを実行するには、フロントエンドサーバからコマンドを実行します。
　ジョブ管理のためのコマンドは次のとおりです。

表4.2　ジョブ管理コマンド一覧（SLURMコマンド編）

コマンド コマンド用途 手順
sinfo -s キュー（パーティション）の情報を表示する 4.1.2.キュー情報の確認方法
squeues キューのノード実行状況を表示する
freenodes 空ノード数を表示する 4.1.3. 利用可能なノード数の確認方法
sbatch ジョブを投入する 4.2.1.ジョブ投入コマンド（sbatch）
squeue ジョブの状態を表示する 4.2.2.ジョブ情報表示コマンド（squeue）
scancel ジョブをキャンセルする 4.2.3.ジョブのキャンセルマンド（scancel）

 

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4.2.1.ジョブ投入コマンド（sbatch）

ジョブを実行するために、ジョブ投入スクリプトを事前に作成します。sbatchコマンドにジョブ投入スクリプトを指定することで、ジョブがキューイングされ実行されます。
【sbatchコマンドの書式】

$ sbatch ジョブ投入スクリプト

注）bsubと異なり、リダイレクトではなく、引数でジョブ投入スクリプトを渡します。

【sbatchコマンドの例（スクリプトファイルがrun.shの場合）】

$ sbatch run.sh

ジョブ投入コマンド（sbatch）について、以下に主なオプションを示します。
表 4.2.1　sbatchオプション

オプション 概要
sbatch -J "sample job name" ジョブに任意のジョブ名をつけます。
sbatch -p キュー名 指定したキュー名のキュー（パーティション）にジョブを投入します。
sbatch -N ノード数 ノード数を指定します。
sbatch -n プロセス数 ジョブ全体でのプロセス数を指定します。
sbatch -o ./out_%j.log(※) out_ジョブIDという名前のファイルに標準出力を出力します。-eオプションが指定されていない場合は、標準エラー出力もこのファイルに出力されます。
sbatch -e ./err_%j.log(※) err_ジョブIDという名前のファイルに標準エラー出力を出力します。
※シンボル「%j」はジョブIDに置換されます。

 

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4.2.2.ジョブ情報表示コマンド（squeue）

ジョブの各種情報を表示するときは、squeueコマンドを実行します。

$ squeue

注）他の利用者の情報は表示されません。

【squeueコマンド例】

$ squeue
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
xxxx d024h testrun u***0001 R 4:58 60 d[007-066]
xxxx debug6m testrun u***0001 CG 0:39 1 f001

＜出力説明＞

JOBID ジョブに割り当てられたジョブIDが表示されます。
ジョブの削除(scancel)などで指定する識別子となります。
PARTITION ジョブを投入したキューの名前を表示します。
NAME ジョブ名（未指定の場合はコマンド文字列）を表示します。
USER ジョブ投入リクエスト（ジョブ）の実行者を表示します。
ST ジョブの状態を表示します。主なジョブの状態を以下の表に示します。
TIME ジョブの実行時間（形式：days-hh:mm:ss）
NODES ジョブ実行に使用されるノード数
NODELIST(REASON) ジョブが実行されるホスト名のリスト (ジョブ状態に対する理由があれば表示されます)
ジョブ状態がPD(PENDING)の場合のREASONを下記に示します。
  (Resources) リソースが利用可能になるのを待っています。
  (Priority) パーティション内の優先度の高いジョブが完了するのを待っています。
  (Dependency) このジョブが依存する他のジョブが完了するのを待っています。
  (InvalidQOS) Resources と同義です。

表 4.2.2 ジョブ状態（squeueコマンド－STフィールド）

状態 説明
CA　(CANCELLED) ジョブが明示的にユーザまたはシステム管理者によってキャンセルされました。
CD　(COMPLETED) ジョブは、すべてのノード上のすべてのプロセスを終了しました。
CF　(CONFIGURING) ジョブは、資源が割り当てられた後、資源が使える状態になるのを待っている状態です。
CG　(COMPLETING) ジョブは、終了手続きの過程にあります。
F　(FAILED) ジョブは、ゼロ以外の終了コードまたはその他の障害状態で終了しました。
NF　(NODE_FAIL) ジョブは、割り当てられたノードのいずれかの故障のために終了しました。
PD　(PENDING) ジョブは、資源の割り当てを待っています。保留中です。
PR　(PREEMPTED) ジョブが中断のために終了しました。
R　(RUNNING) ジョブは、現在実行中です。
S　(SUSPENDED) ジョブは、資源の割り当てを持っています（実行が中断されています）。
TO　(TIMEOUT) ジョブは、その制限時間に達して終了しました。

 

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4.2.3.ジョブのキャンセルマンド（scancel）

ジョブをキャンセルするにはscancelコマンドを用います。squeueコマンドなどで確認したジョブIDを指定します。scancelの後に、ジョブIDをスペース区切りで指定すると、複数のジョブを一度にキャンセルすることができます。

$ scancel ジョブID ジョブID ジョブID

 

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4.2.4.ジョブステータス情報表示コマンド（sstat）

ジョブの各種情報（メモリ使用量やディスクI/O量など）を表示するときは、sstatコマンドを実行します。ジョブを実行中に実行する必要があります。

$ sstat –j ジョブID[.ステップID] [-o 項目[,項目]]

注）他の利用者の情報は表示されません。

 

ジョブステータス情報表示コマンド（sstat）について、以下に主なオプションを示します。

表 4.2.4 sstatオプション

オプション 概要
-j ジョブID[.ステップID] ジョブIDを指定します。必須のオプションです。ステップIDは省略可能です。
ステップIDはsqueue -sコマンドで確認することができます。
※逐次処理の場合はステップIDとして「batch」を指定します。
–o 項目[,項目]... 出力する項目をカンマ区切りで指定します。指定しない場合、全ての項目が表示されます。
一部、FOCUS環境では取得できない項目もあります。
-e -oオプションで指定できる項目を表示します。

 

【sstatコマンド例１】

$ sstat -j 45643 -o JobID,MaxVMSize,MaxRSS,MaxPages,MaxDiskRead,MaxDiskWrite
       JobID  MaxVMSize     MaxRSS MaxPages  MaxDiskRead MaxDiskWrite
------------ ---------- ---------- -------- ------------ ------------
45643.0        1332496K     39276K     293K           1M        0.29M

 

【sstatコマンド例２】

$ sstat -j 45638.0
       JobID  MaxVMSize  MaxVMSizeNode  MaxVMSizeTask  AveVMSize     MaxRSS MaxRSSNode MaxRSSTask     AveRSS MaxPages MaxPagesNode   MaxPagesTask   AvePages     MinCPU MinCPUNode MinCPUTask     AveCPU   NTasks AveCPUFreq ReqCPUFreq ConsumedEnergy  MaxDiskRead MaxDiskReadNode MaxDiskReadTask  AveDiskRead MaxDiskWrite MaxDiskWriteNode MaxDiskWriteTask AveDiskWrite
------------ ---------- -------------- -------------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------- ------------ -------------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------- ---------- ---------- -------------- ------------ --------------- --------------- ------------ ------------ ---------------- ---------------- ------------
45638.0        1579688K           g002              1    912640K     38696K       g002          1     26118K     279K         g002              1       214K  00:00.000       g001          0  00:00.000        2      2.50G                         0        0.96M            g002               1        0.68M        0.02M             g002                1        0.02M

＜出力説明＞

JOBID ジョブに割り当てられたジョブIDが表示されます。
MaxVMSize ジョブの全てのタスクでの仮想メモリサイズの最大値です。
MaxVMSizeNode MaxVMSizeが発生しているノードです。
MaxVMSizeTask MaxVMSizeが発生しているタスクのIDです。
AveVMSize ジョブの全てのタスクでの仮想メモリサイズの平均値です。
MaxRSS ジョブの全てのタスクでの物理メモリ消費サイズの最大値です。
MaxRSSNode MaxRSSが発生しているノードです。
MaxRSSTask MaxRSSが発生しているタスクのIDです。
AveRSS ジョブの全てのタスクの物理メモリ消費サイズの平均値です。
MaxPages ジョブの全てのタスクでのページフォールト数の最大値です。
MaxPagesNode MaxPagesが発生しているノードです。
MaxPagesTask MaxPagesが発生しているタスクのIDです。
AvePages ジョブの全てのタスクでのページフォールト数の平均値です。
MinCPU ジョブの全てのタスクでのCPU時間の最小値です。
MinCPUNode MinCPUが発生しているノードです。
MinCPUTask MinCPUが発生しているタスクのIDです。
AveCPU ジョブの全てのタスクでのCPU時間の平均値です。
NTasks ジョブまたはステップの中でのタスクの合計数です。
AveCPUFreq ジョブの全てのタスクでの重み付けをしたCPU周波数の平均値(kHz)です。
ReqCPUFreq ステップに要求されたCPU周波数(kHz)です。
ConsumedEnergy ジョブの全てのタスクでの消費エネルギー(ジュール)です。
MaxDiskRead ジョブの全てのタスクでの読み込み量の最大値(bytes)です。
MaxDiskReadNode MaxDiskReadが発生しているノードです。
MaxDiskReadTask MaxDiskReadが発生しているタスクのIDです。
AveDiskRead ジョブの全てのタスクでの読み込み量の平均値(bytes)です。
MaxDiskWrite ジョブの全てのタスクでの書き込み量の最大値(bytes)です。
MaxDiskWriteNode MaxDiskWriteが発生しているノードです。
MaxDiskWriteTask MaxDiskWriteが発生しているタスクのIDです。
AveDiskWrite ジョブの全てのタスクでの書き込み量の平均値(bytes)です。

 

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4.1.キュー

January 14, 2015, 8:40 pm
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目次　（4.1.キュー）

4.1.　　　キュー
4.1.1.　　キューの一覧
4.1.2.　　キュー情報の確認方法
4.1.3.　　利用可能なノード数の確認方法

 

▲このページの先頭へ

4.1.キュー

 

4.1.1.キューの一覧

フロントエンドサーバから演算ノードに対して、ジョブを投入できるキューの一覧を示します。
表4.1.1　キューの一覧

キュー名 最大ジョブ数 最大ジョブ投入数 最長実行時間 最大ノード数(※) ジョブあたり最大ノード数(※) システム 備考
a024h 未設定 無制限 24時間 224 224 A  
a096h 未設定 5/ユーザ 96時間 100 100 A  
b024h 未設定 無制限 24時間 2 2 B  
b096h 未設定 5/ユーザ 96時間 1 1 B  
c024h 未設定 無制限 24時間 22 22 C  
c096h 未設定 5/ユーザ 96時間 11 11 C  
d006h 未設定 無制限 6時間 112 112 D  
d012h 未設定 無制限 12時間 112 112 D  
d024h 未設定 無制限 24時間 80 80 D  
d072h 未設定 5/ユーザ 72時間 40 40 D  
e024h 未設定 無制限 24時間 48 16 E  
e072h 未設定 5/ユーザ 72時間 24 8 E  
debug6m 未設定 5/ユーザ 6分 4 2 G デフォルトキュー

※最大ノード数は計算資源の予約状況により変動します。

(1)デフォルトキューは「debug6m」となります。ジョブ実行時にキュー名が省略された場合「debug6m」で実行されます。

(2)実際に本システムを利用する際には、sinfo -s コマンドで利用できるキュー名を確認して下さい。

(3)キューのノード実行状況を確認する際には、squeuesコマンドで確認して下さい。

 

▲このページの先頭へ

4.1.2.キュー情報の確認方法

ジョブ投入先のキュー名を確認するには、sinfoコマンドを実行します。

$ sinfo -s

 

【実行例】

$ sinfo -s
PARTITION   AVAIL  TIMELIMIT   NODES(A/I/O/T)  NODELIST
a024h          up 1-00:00:00      84/21/3/108  a[009-116]
a096h          up 4-00:00:00       73/16/3/92  a[009-100]
b024h          up 1-00:00:00          1/1/0/2  b[001-002]
b096h          up 4-00:00:00          1/0/0/1  b001
c024h          up 1-00:00:00         6/8/0/14  c[005-018]
c096h          up 4-00:00:00          5/0/0/5  c[005-009]
d006h          up    6:00:00        72/3/0/75  d[009-075],e[011-017,019]
d012h          up   12:00:00        72/3/0/75  d[009-075],e[011-017,019]
d024h          up 1-00:00:00        64/3/0/67  d[009-075]
d072h          up 3-00:00:00        32/0/0/32  d[009-040]
e024h          up 1-00:00:00          8/0/0/8  e[011-017,019]
e072h          up 3-00:00:00          8/0/0/8  e[011-017,019]
debug6m*       up       6:00          0/4/0/4  g[001-004]

 

＜出力説明＞

PARTITION キュー名（パーティション名）
AVAIL キューの状態（up or inact）
TIMELIMIT 最大実行時間
NODES(A/I/O/T) ノードの状態（allocated/idle/other/total）
NODELIST キュー（パーティション）に割り当てられたノード

 

キューのノード実行状況を確認するには、squeuesコマンドを実行します。

注意：SLURMの標準コマンドのsqueueとは別コマンドです。

$ squeues

 

【実行例】

$ squeues
QUEUE_NAME      TIMELIMIT  STATUS   MAXNODES NNODES PEND RUN
a024h           1-00:00:00 up            105     67    0  67
a096h           4-00:00:00 up             89     17    0  17
b024h           1-00:00:00 up              2      0    0   0
b096h           4-00:00:00 up              1      1    0   1
c024h           1-00:00:00 up             14      1    0   1
c096h           4-00:00:00 up              5      5    0   5
d006h           6:00:00    up             75     64   45  19
d012h           12:00:00   up             75      0    0   0
d024h           1-00:00:00 up             67     53    2  51
d072h           3-00:00:00 up             32      5    0   5
e024h           1-00:00:00 up              8      0    0   0
e072h           3-00:00:00 up              8      0    0   0
debug6m         6:00       up              4      0    0   0

＜出力説明＞

QUEUE_NAME キュー名（パーティション名）
TIMELIMIT 最大実行時間
STATUS キューの状態（up or inact）
MAXNODES 最大ノード数
NNODES 実行中及び実行待ちのジョブが要求しているノード数
PEND 実行待ちのジョブが要求しているノード数
RUN 実行中のノード数

 

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4.1.3.利用可能なノード数の確認方法

空きノード数を確認するfreenodesというコマンドを用意しています。ジョブ投入のための空きノード数の確認の目安にご利用ください。

$ freenodes

【出力形式】

Number of free nodes in A sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.
Number of free nodes in B sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.
Number of free nodes in C sys. with GbE    connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.
Number of free nodes in D sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.
Number of free nodes in E sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.
Number of free nodes in G sys. with GbE    connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

 

【実行例】

$ freenodes
Number of free nodes in A sys. with FDR-IB connected is 108/224 .
Number of free nodes in B sys. with FDR-IB connected is   2/  2 .
Number of free nodes in C sys. with GbE    connected is   8/ 20 .
Number of free nodes in D sys. with FDR-IB connected is  76/ 80 .
Number of free nodes in E sys. with FDR-IB connected is  14/ 14 .
Number of free nodes in G sys. with GbE    connected is   2/  4 .

 

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【次回1/19開催】FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

January 15, 2015, 4:50 pm
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平成26年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」 を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

 

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

 

日　時：　

　　・【終了】　４月２２日（火）　１４時～１６時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　６月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　７月２２日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　 ８月１９日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　 ９月２４日（水）　１４時～１６時　

　　・【終了】 １０月２１日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】 １１月１８日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】 １２月２２日（月）　１４時～１６時　

　　・【受付終了】　１月１９日（月）　１４時～１６時　

　　・【開催中止】　 ２月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・【受付中】　３月１７日（火）　１４時～１６時　

 

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

 

受講料:

　　　　　 賛助会員　　　10,800円

　　　　　 一般　　　　　　21,600円

               ※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

 

定員 :　20 名

 

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

 

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

  1-1  並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

  1-2 CacheSizeオプション

  1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

  2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

  2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

  2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

 

講習会資料サンプル

 

 

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を 「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」 として、

以下の内容をご通知下さい。 　

================================

フリガナ ：

お名前 ： 　

ご所属  ：　

ご連絡先 ：　

参加希望講習会開催日 ：

================================

 

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

 

 

 

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

 


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【次回2/2開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会 初級編

January 18, 2015, 6:37 pm
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平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

 

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

 

日　時：　

　　・ 【終了】　 6月　2日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 6月30日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 7月28日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 8月  4日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 8月25日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 9月  8日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】　 9月29日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  10月27日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  11月25日（火）　13時～15時

　　・ 【終了】  12月  8日（月）　13時～15時

　　・ 【終了】  12月26日（金）　10時～12時

　　・ 【受付終了】 1月26日（月）　10時～12時

　　・ 【受付中】  2月　2日（月）　10時～12時

　　・ 　 2月23日（月）　10時～12時

　　・ 　 3月　2日（月）　10時～12時

　　・ 　 3月23日（月）　10時～12時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

 

参加費 :　無料

 

定員 :　20 名

 

概要 :

技術計算におけるチューニング技法の基本的な内容について講義します。

 

プログラム :

１．      チューニングの基礎

２．      コンパイルオプション

３．      パフォーマンス測定方法

４．      キャッシュチューニング

５．      その他のチューニング

６．      Ｉ／Ｏチューニング

７．      チューニング手順

 




申し込み方法：



参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、



件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編」 として、



以下の内容をご通知下さい。 



（中級編のノード内チューニング編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）



 



================================



フリガナ ：



お名前 ：



ご所属 ：



ご連絡先 ：



参加希望講習会開催日 ：



================================



 



中級編の開催：



本講習会の内容を踏まえ、実習を行う



「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内並列）　を開催しております。



「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間並列）　を開催しております。



こちらのご参加も合わせてご検討ください。



 



参加申し込み締め切り：



講習会開催 5 業務日前 AM10:00



 






                       


                           
                       
                     


                   


                   
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【次回2/2開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編) 

                     

                                              January 18, 2015, 6:43 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)　を

下記の内容にて催しますのでご案内いたします。



 



主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)



 



日　時：　



  　・【終了】　6月　2日（月）　15時～17時



　　・【終了】　6月30日（月）　15時～17時



　　・【終了】  7月28日（月）　15時～17時



　　・【終了】  8月  4日（月）　15時～17時



　　・【終了】  8月25日（月）　15時～17時



　　・【終了】  9月  8日（月）　15時～17時



　　・【終了】  9月29日（月）　15時～17時



　　・【終了】 10月27日（月）　15時～17時



　　・【終了】 11月25日（火）　15時～17時



　　・【終了】 12月  8日（月）　15時～17時



　　・【終了】  12月26日（金）　13時～15時



　　・【受付終了】  1月26日（月）　13時～15時



　　・【受付中】  2月　2日（月）　13時～15時



　　・ 　 2月23日（月）　13時～15時



　　・ 　 3月　2日（月）　13時～15時



　　・ 　 3月23日（月）　13時～15時



　



場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室



　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html



 



参加費 :　無料



 



定員 :　20 名



 



対象者 :



・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者



・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方



 



概要 :



FX10実機による実習を通して、京向けのノード内チューニング手法を学習します。



 



内容



１．      アーキテクチャ



２．      並列プログミング



３．      共有メモリプログラミング



４．      ＯｐｅｎＭＰ



５．      スレッドの同期操作



６．      実行時ライブラリー



７．      計算プログラム例



８．      実行方法





 



申し込み方法：　



参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、



件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)」 として、



以下の内容をご通知下さい。 （初級編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）



また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。



 



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フリガナ ：



お名前 ：



ご所属 ：



ご連絡先 ：



参加希望講習会開催日 ：



================================



 



初級編の開催：　



中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。



初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。



 



参加申し込み締め切り：



講習会開催 5 業務日前 AM10:00



 



 






                       


                           
                       
                     


                   


                   
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【次回2/2開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会 中級編(ノード間チューニング編) 

                     

                                              January 18, 2015, 6:46 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間)　を

下記の内容にて催しますのでご案内いたします。



 



主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)



 



日　時：　



　　・ 【終了】 6月  3日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 7月  1日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 7月29日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 8月  5日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 8月26日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 9月  9日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 9月30日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 10月28日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 11月26日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】 12月  9日（火） 13時～16時



　　・ 【終了】12月26日（金）  15時半～18時



　　・ 【受付終了】  1月26日（月） 15時～17時半



　　・ 【受付中】  2月　2日（月） 15時～17時半



　　・ 　 2月23日（月） 15時～17時半　



　　・ 　 3月　2日（月） 15時～17時半



　　・ 　 3月23日（月） 15時～17時半



 



場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室



　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html



 



参加費 :　無料



 



定員 :　20 名



 



対象者 :



・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者



・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方



 



概要 :



FX10実機による実習を通して、京向けのノード間チューニング手法を学習します。



 



内容



１．     並列プログラム



２．     メッセージ・パッシング・プログラム



３．     ＭＰＩ



４．     プログラム例



５．     コンパイル･リンク



６．     実行方法





 



申し込み方法：　



参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい） まで、



件名を 「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間チューニング編)」 として、



以下の内容をご通知下さい。（初級編、ノード内チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）



また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。



ご了承の上お申し込みください。



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フリガナ ：



お名前 ：



ご所属 ：



ご連絡先 ：



参加希望講習会開催日 ：



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初級編の開催：　



中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。



初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。



 



参加申し込み締め切り：



講習会開催 5 業務日前 AM10:00



 



 



 






                       


                           
                       
                     


                   


                   
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【3/12開催】インテル®Xeon　Phi™コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習

                     

                                              January 25, 2015, 9:56 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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2014年度　「インテル®Xeon　Phi™コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習」を

下記の内容にて催しますのでご案内いたします。



 



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インテル® Xeon Phi™コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習




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【日　時】2015年3月12日(木) 13:20 - 16:30 (13:00 受付開始)



 



【場　所】公益財団法人　計算科学振興財団



　      　　〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28   計算科学センタービル　 2F実習室




 



【主　催】インテル株式会社



 



【後　援】公益財団法人　計算科学振興財団（FOCUS）



 



【参加費】一般：34,800円（税抜）、FOCUS賛助会員 17,400円（税抜）、学生：5,000円（税抜）、



               高校生：無償（先着８名まで、ただし、実習無し）



 



【定　員】16名



 



【問合せ】TEL : 03-5440-7875 (梶田) 



 



【要旨】 インテル® Xeon Phi™コプロセッサーの概要紹介に加え、インテル コンパイラーを使った



  インテル MIC アーキテクチャー向けプログラミングおよび実行方法をご紹介します。



   また、パフォーマンス分析ツールのインテル VTune Amplifier XE を使ったアプリケーションの



   チューニング手法を実機で学習頂けます。



 



【申込み方法】



下記のURLからお申込み下さい。



http://www.xlsoft.com/jp/products/intel/tech/seminar/xeon_phi_focus.html?s=xl_i_event



 



 



 



 






                       


                           
                       
                     


                   


                   
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【2/25開催】第４回　先進科学技術活力養成講座 by 神戸大学連携創造本部

                     

                                              January 22, 2015, 4:41 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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入門ワークショップ　”FMO 計算法によるタンパク質～リガンド相互作用エネルギー解析”



を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。



 



日 　時： 2月25日（水） 10:00～17:00



 



場　 所： 公益財団法人 計算科学振興財団　



　　　　　　　　〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル 2F実習室



　      　　    http://www.j-focus.or.jp/access.html　



 



主 　催： 神戸大学連携創造本部



 



共　 催： 公益財団法人 計算科学振興財団



 



後 　援： CBI学会 　みずほ情報総研株式会社　株式会社菱化システム



 



参加費： 無料



 



定　 員： 10名程度



 



対象者： 構造ベース創薬に関心をお持ちの大学院生、企業・アカデミアの研究者、創薬プロジェクト関係者等





 



概 　要： セミナー「FMO計算法の創薬への応用」（H27.2.10開催）に引き続き、



http://www.innov.kobe-u.ac.jp/innov-hum-dev/life/ist/pdf/senshin3rd20150210.pdf



計算科学振興財団との共催により、“PDB・電子密度データの入手”から



“FMOによる配位エネルギー解析”までの手順の実際に興味をお持ちの方を対象にハンズオン・ワークショップです。



プログラム使用経験のない方も含め、“タンパク質～リガンド相互作用エネルギー解析”に関心をお持ちの研究者



（計算化学、創薬・合成化学者、構造生物科学者等）を対象にしていますので、FMO計算法利用の一連の手順を学ぶ



入門ワークショップとしてお気軽にご参加下さい。



 



 



プログラム：



10：00～12：30　実習　 1.MOEの概要説明



　　　　　　　　　　　　　　　2.PDBデータと電子密度データの取得



　　　　　　　　　　　　　　　3.構造データの確認と修正



　　　　　　　　　　　　　　　4.水素原子付加作業



　　　　　　　　　　　　　　　5.FMO用構造データ作成



 



 



13：30～17：00　実習 　1.MIZUHO/BioStation の概要説明



　　　　　　　　　　　　　　　2.FMO計算入力データの作成



　　　　　　　　　　　　　　　3.FOCUSスパコンで計算



　　　　　　　　　　　　　　　4.FMO解析結果の評価



　　　　　　　　　　　　　　　5.VISCANAによる化合物クラスタリング（講義）



申込方法：



参加ご希望の方は、hicd-tiiki-life[at]office.kobe-u.ac.jp （［at］を@に変更して下さい）



神戸大学連携創造本部　冨井まで、件名を 「参加希望 第４回　先進科学技術活用力養成講座」 として、



以下の内容をご通知下さい。



先着順にて事務局よりご連絡いたします。



==========================================================



フリガナ:



お名前:



ご所属:



メールアドレス:



電話番号：



専門分野：計算化学、創薬・合成化学、構造生物学　等 から該当する分野すべて



===========================================================



リンク先



http://www.innov.kobe-u.ac.jp/innov-hum-dev/life/ist/pdf/senshin4th20150225.pdf



申込締切: 2015 年2 月20 日（金）



 



 



これに関連して２月１０日に開催されます「第３回　先進科学技術活用力養成講座」へのご参加も同様に受け付けております。



リンク先



http://www.innov.kobe-u.ac.jp/innov-hum-dev/life/ist/pdf/senshin3rd20150210.pdf






                       


                           
                       
                     


                   


                   
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PDF版 FOCUSスパコン利用の手引き

                     

                                              January 28, 2015, 10:33 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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4.6.課金確認コマンド

                     

                                              January 28, 2015, 10:38 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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目次　（4.6.課金確認コマンド）



4.6.　　　課金確認コマンド

4.6.1.　　プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth

4.6.2.　　利用者単位従量課金確認コマンド uacct

4.6.3.　　利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl

4.6.4.　　課金確認コマンドの情報反映タイミング



 



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4.6. 課金確認コマンド







4.6.1. プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth



基本サービスでの当月初めからの終了ジョブに対する従量課金額等の情報が得られます。

thismonth（引数無し）で当月の情報が、thismonth YYYYMM で西暦と月を与えると該当年月の情報が得られます。



【実行例１】







$ thismonth

Charge information of *** in this month.

system   njob    avg_et avg_nodes avg_procs  et_nodes    charge               et_max et_np_max    np_max

A          62       0.0       5.0      60.6       9.1     641.5                  0.5      54.3      1200

B          44       0.0       1.6      20.0       1.5     152.8                  0.3       4.7        32

C          37       0.0       1.9      22.4       1.1      89.1                  0.2       5.1        48

D          44       0.1       4.4      87.7      17.2    5154.8                  2.5     202.3      1200

E          38       0.0       1.3      26.8       0.7    1806.8(    401.5)       0.2       3.1        40



TOTAL: 7845 yen		









【実行例２】







$ thismonth 201404

Charge information of *** in this month.

system   njob    avg_et avg_nodes avg_procs  et_nodes    charge               et_max et_np_max    np_max

A          62       0.0       5.0      60.6       9.1     641.5                  0.5      54.3      1200

B          44       0.0       1.6      20.0       1.5     152.8                  0.3       4.7        32

C          37       0.0       1.9      22.4       1.1      89.1                  0.2       5.1        48

D          44       0.1       4.4      87.7      17.2    5154.8                  2.5     202.3      1200

E          38       0.0       1.3      26.8       0.7    1806.8(    401.5)       0.2       3.1        40



TOTAL: 7845 yen		











＜出力説明＞







system

システム名





njob

ジョブ数





avg_et

平均経過時間（h）





avg_nodes

平均ノード数





avg_procs

平均プロセス数





et_nodes

ノード時間（h）





charge

課金額（円）           ※カッコ内はFOCUS賛助会員の価格





et_max

最大経過時間（h）





et_np_max

最大プロセスノード時間（h）





np_max

最大プロセス数









＜注意＞

トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。



 



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4.6.2. 利用者単位従量課金確認コマンド uacct



基本サービスでの終了ジョブに対する従量課金額等の情報が得られます。

uacct（引数無し）で当月の情報が、uacct YYYYMM で西暦と月を与えると該当年月の情報が得られます。



【実行例１】







$ uacct

Charge information of afse0025 in 201404 :

Computational: 7842 (Rack rate: 7842)

  Items

               A:       9 nodehours, 641 yen

               B:       1 nodehours, 152 yen

               C:       1 nodehours, 89 yen

               D:      17 nodehours, 5154 yen

               E:       0 nodehours, 1806 yen (401 yen)

=====================================================

Total charge : 7842		







【実行例２】







$ uacct 201404

Charge information of afse0025 in 201404 :

Computational: 7842 (Rack rate: 7842)

  Items

               A:       9 nodehours, 641 yen

               B:       1 nodehours, 152 yen

               C:       1 nodehours, 89 yen

               D:      17 nodehours, 5154 yen

               E:       0 nodehours, 1806 yen (401 yen)

=====================================================

Total charge : 7842		









＜出力説明＞







Computational:

演算ノード課金額





Rack rate:

演算ノード割引前課金





Items

内訳





A :

A システム ノード時間、課金額





B :

B システム ノード時間、課金額





C :

C システム ノード時間、課金額





D :

D システム ノード時間、課金額





E :

E システム ノード時間、課金額　 ※カッコ内はFOCUS賛助会員の価格





Total charge

合計課金額









＜注意＞

トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。



 



 



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4.6.3. 利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl



Gaussian 09, MIZUHO/BioStation, Parallel CONFLEXの従量課金額等の情報が得られます。

uacct_apl（引数無し）で当月の情報が、uacct_apl YYYYMMで西暦と月を与えると該当年月の情報が得られます。



【実行例１】







$ uacct_apl

Charge information of uits0022 in 201407 :

Computational: 340 (Rack rate: 340)

  Items

        Gaussian 09:       2 nodehours, 337 yen

  MIZUHO/BioStation:       0 nodehours, 3 yen

   Parallel CONFLEX:       0 nodehours, 0 yen

=====================================================

Total charge : 340		







【実行例２】







$ uacct_apl 201406

Charge information of uits0022 in 201406 :

Computational: 54 (Rack rate: 54)

  Items

        Gaussian 09:       0 nodehours, 51 yen

  MIZUHO/BioStation:       0 nodehours, 1 yen

   Parallel CONFLEX:       0 nodehours, 2 yen

=====================================================

Total charge : 54		









＜出力説明＞







Computational:

課金額





Rack rate:

割引前課金





Items

内訳





Gaussian 09 :

Gaussian 09 ノード時間、課金額





MIZUHO/BioStation :

MIZUHO/BioStation ノード時間、課金額





Parallel CONFLEX :

Parallel CONFLEX ノード時間、課金額





Total charge

合計課金額









＜注意＞

トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。



 



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4.6.4. 課金利用コマンドの情報反映タイミング



課金確認コマンドは、ジョブ実行履歴データを利用して課金計算を行っています。

ジョブ実行履歴データは毎日0時の時点で終了しているジョブを反映します。

その為、課金コマンドを実行するタイミングにより課金計算に含まれないジョブが存在する場合があります。



（例1）7月9日14:00に終了したジョブは、7月10日0:00以降に課金確認コマンドに反映されます。

（例2）7月10日0:00時点で実行中のジョブは7月10日の課金確認コマンドには未反映となります。



課金コマンドで利用するジョブ実行履歴データは、下記のディレクトリに保存されます。

/home1/[利用グループ]/AccountingLog



アカウント毎に日付、実行システムのファイルが存在します。

[日付(YYYYMMDD)]_[ユーザーアカウント]_[システム名]_acct.log



【実行例１】







$ cat /home1/gxxx/AccountingLog/20140721_uxxx0001_ABC_acct.log

   JobId   YYYYMMDDhhmmss       WaitTime    ElapsedTime       NumNodes       NumProcs       UserName          Queue

   38422   20140721103930             29              5              1             12       uxxx0001          a024h

   38492   20140721155016             21             31              3             36       uxxx0001          a024h

   38493   20140721155148              5             33              3             36       uxxx0001          a024h

   38507   20140721161147              7             32              2             24       uxxx0001          a024h		







【実行例２】







$ cat /home1/gxxx/AccountingLog/20140721_uxxx0001_DEG_acct.log

   JobId   YYYYMMDDhhmmss       WaitTime    ElapsedTime       NumNodes       NumProcs       UserName          Queue

   38662   20140721080010              0              9              1             12       uxxx0001        debug6m

   38667   20140721120010              0              9              1             12       uxxx0001        debug6m

   38687   20140721160010              0              9              1             12       uxxx0001        debug6m

   38699   20140721200010              0              9              1             12       uxxx0001        debug6m		









＜ファイル内容説明＞







JobId

: ジョブID





YYYYMMDDhhmmss

: ジョブ完了日時





WaitTime

: CPU待ち時間（秒）





ElapsedTime

: 実行時間（秒）





NumNodes

: ノード数





NumProcs

: プロセス数





UserName

: ユーザーアカウント





Queue

: 利用キュー名







 



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FOCUSスパコンシステムに関するお知らせ

                     

                                              January 29, 2015, 7:03 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   

                   
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【次回2/5開催】FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

                     

                                              February 1, 2015, 5:19 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
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平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」 を月2回

下記の内容にて催しますのでご案内いたします。



 



FOCUSスパコンシステムの概要説明し、受講者には

インターネット経由でFOCUSスパコンへログイン、ジョブの投入を実習していただきます。



また、「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を同日開催いたします。



あわせての参加をご検討ください。



 



 



日　時：　



　　・【終了】  4月21日（木）　13時～15時



　　・【終了】  4月24日（木）　13時～15時



　　・【終了】  5月  8日（木）　13時～15時



　　・【終了】  5月15日（木）　13時～15時



　　・【終了】  6月  5日（木）　13時～15時



　　・【終了】  6月12日（木）　13時～15時



　　・【終了】  7月  3日（木）　13時～15時



　　・【終了】  7月17日（木）　13時～15時



　　・【終了】  8月  7日（木）　13時～15時



　　・【終了】  8月14日（木）　13時～15時



　　・【終了】  9月  4日（木）　13時～15時



　　・【終了】　9月19日（金）　13時～15時



　　・【終了】 10月  2日（木）　13時～15時



　　・【終了】 10月16日（木）　13時～15時



　　・【終了】 11月  6日（木）　13時～15時



　　・【終了】 11月13日（木）　13時～15時



　　・【終了】 12月  4日（木）　13時～15時



　　・【終了】 12月19日（金）　13時～15時



　　・【終了】　 1月  8日（木）　13時～15時



　　・【終了】   1月22日（木）　13時～15時



　　・【受付終了】  2月  5日（木）　13時～15時



　　・【受付中】  2月19日（木）　13時～15時



　　・  3月  5日（木）　13時～15時



　　・  3月19日（木）　13時～15時



 



場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html



 



参加費：　無料

 



定員 :　20名



　　※初参加者を優先とさせていただきます。



 



 



プログラム：





1 ご挨拶



2 FOCUSスパコンシステム構成

  2.1 各システム(ABCDEGシステム)の特徴

  2.2 各システムのノードスペック

  2.3 ソフトウェア



3 システムへのログイン（実習）

  3.1 鍵交換によるSSH接続

    3.1.1 TeraTermによるSSHログイン

    3.1.2 ディレクトリ構成確認

    3.1.3 クォータ確認コマンド

    3.1.4 WinSCPによるファイル転送

  3.2 SSL-VPN接続

    3.2.1 cisco AnyConnect Secure Mobility Client のインストール

    3.2.2 パスワード変更

    3.3.3 TeraTermによるSSHログイン



4 ジョブ実行（実習）

  4.1 環境設定

  4.2 サンプルソースのコンパイル

  4.3 SLURMからの逐次ジョブの投入

  4.4 fjコマンドの紹介



5 利用お問合せシステムOKBizの紹介

  5.1 ユーザ情報の変更

  5.2 質問、作業依頼投稿方法



 



 



申し込み方法：　



参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、



件名を 「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」 として、



以下の内容をご通知下さい。 　



================================



フリガナ ：



お名前 ： 　



ご所属 ： 　



ご連絡先 ：　



参加希望講習会開催日 ：　



================================



 



参加申し込み締め切り：



講習会開催３業務日前AM10:00



 



 



 






                       


                           
                       
                     


                   


                   
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4.1.キュー

                     

                                              February 2, 2015, 6:15 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
                           $
                         

                         

                            
                               
                           
                           0
                         


                         

                            
                               
                           
                           0
                         


                         
                               
                         

                         
                                
                         
                       

                     

    
                                                               
                     
                     

                       

                         








目次　（4.1.キュー）



4.1.　　　キュー

4.1.1.　　キューの一覧

4.1.2.　　キュー情報の確認方法

4.1.3.　　利用可能なノード数の確認方法



 



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4.1.キュー



 







4.1.1.キューの一覧



フロントエンドサーバから演算ノードに対して、ジョブを投入できるキューの一覧を示します。

表4.1.1　キューの一覧







キュー名

最大ジョブ数

最大ジョブ投入数

最長実行時間

最大ノード数(※)

ジョブあたり最大ノード数(※)

システム

備考





a024h

未設定

無制限

24時間

224

224

A

 





a096h

未設定

5/ユーザ

96時間

50

50

A

 





b024h

未設定

無制限

24時間

2

2

B

 





b096h

未設定

5/ユーザ

96時間

1

1

B

 





c024h

未設定

無制限

24時間

22

22

C

 





c096h

未設定

5/ユーザ

96時間

11

11

C

 





d006h

未設定

無制限

6時間

112

112

D

 





d012h

未設定

無制限

12時間

112

112

D

 





d024h

未設定

無制限

24時間

80

80

D

 





d072h

未設定

5/ユーザ

72時間

32

32

D

 





e024h

未設定

無制限

24時間

48

16

E

 





e072h

未設定

5/ユーザ

72時間

24

8

E

 





debug6m

未設定

5/ユーザ

6分

4

2

G

デフォルトキュー







※最大ノード数は計算資源の予約状況により変動します。



(1)デフォルトキューは「debug6m」となります。ジョブ実行時にキュー名が省略された場合「debug6m」で実行されます。



(2)実際に本システムを利用する際には、sinfo -s コマンドで利用できるキュー名を確認して下さい。



(3)キューのノード実行状況を確認する際には、squeuesコマンドで確認して下さい。



 



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4.1.2.キュー情報の確認方法



ジョブ投入先のキュー名を確認するには、sinfoコマンドを実行します。







$ sinfo -s







 



【実行例】









$ sinfo -s

PARTITION   AVAIL  TIMELIMIT   NODES(A/I/O/T)  NODELIST

a024h          up 1-00:00:00      84/21/3/108  a[009-116]

a096h          up 4-00:00:00       23/16/3/42  a[009-050]

b024h          up 1-00:00:00          1/1/0/2  b[001-002]

b096h          up 4-00:00:00          1/0/0/1  b001

c024h          up 1-00:00:00         6/8/0/14  c[005-018]

c096h          up 4-00:00:00          5/0/0/5  c[005-009]

d006h          up    6:00:00        72/3/0/75  d[009-075],e[011-017,019]

d012h          up   12:00:00        72/3/0/75  d[009-075],e[011-017,019]

d024h          up 1-00:00:00        64/3/0/67  d[009-075]

d072h          up 3-00:00:00        24/0/0/24  d[009-040]

e024h          up 1-00:00:00          8/0/0/8  e[011-017,019]

e072h          up 3-00:00:00          8/0/0/8  e[011-017,019]

debug6m*       up       6:00          0/4/0/4  g[001-004]









 



＜出力説明＞







PARTITION

キュー名（パーティション名）





AVAIL

キューの状態（up or inact）





TIMELIMIT

最大実行時間





NODES(A/I/O/T)

ノードの状態（allocated/idle/other/total）





NODELIST

キュー（パーティション）に割り当てられたノード







 



キューのノード実行状況を確認するには、squeuesコマンドを実行します。



注意：SLURMの標準コマンドのsqueueとは別コマンドです。







$ squeues







 



【実行例】









$ squeues

QUEUE_NAME      TIMELIMIT  STATUS   MAXNODES NNODES PEND RUN

a024h           1-00:00:00 up            105     67    0  67

a096h           4-00:00:00 up             39     17    0  17

b024h           1-00:00:00 up              2      0    0   0

b096h           4-00:00:00 up              1      1    0   1

c024h           1-00:00:00 up             14      1    0   1

c096h           4-00:00:00 up              5      5    0   5

d006h           6:00:00    up             75     64   45  19

d012h           12:00:00   up             75      0    0   0

d024h           1-00:00:00 up             67     53    2  51

d072h           3-00:00:00 up             32      5    0   5

e024h           1-00:00:00 up              8      0    0   0

e072h           3-00:00:00 up              8      0    0   0

debug6m         6:00       up              4      0    0   0









＜出力説明＞







QUEUE_NAME

キュー名（パーティション名）





TIMELIMIT

最大実行時間





STATUS

キューの状態（up or inact）





MAXNODES

最大ノード数





NNODES

実行中及び実行待ちのジョブが要求しているノード数





PEND

実行待ちのジョブが要求しているノード数





RUN

実行中のノード数







 



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4.1.3.利用可能なノード数の確認方法



空きノード数を確認するfreenodesというコマンドを用意しています。ジョブ投入のための空きノード数の確認の目安にご利用ください。







$ freenodes







【出力形式】







Number of free nodes in A sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

Number of free nodes in B sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

Number of free nodes in C sys. with GbE    connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

Number of free nodes in D sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

Number of free nodes in E sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

Number of free nodes in G sys. with GbE    connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.		







 



【実行例】









$ freenodes

Number of free nodes in A sys. with FDR-IB connected is 108/224 .

Number of free nodes in B sys. with FDR-IB connected is   2/  2 .

Number of free nodes in C sys. with GbE    connected is   8/ 20 .

Number of free nodes in D sys. with FDR-IB connected is  76/ 80 .

Number of free nodes in E sys. with FDR-IB connected is  14/ 14 .

Number of free nodes in G sys. with GbE    connected is   2/  4 .









 



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4.4.ジョブ投入スクリプトの作成

                     

                                              February 5, 2015, 9:16 pm
                     


                     
                     

                     
                     
                                          
                     
                                          
                     
                   


                   
                   


                     
                     

                       
                       

                         
                              
                         

                          
                           $
                         

                         

                            
                               
                           
                           0
                         


                         

                            
                               
                           
                           0
                         


                         
                               
                         

                         
                                
                         
                       

                     

    
                                                               
                     
                     

                       

                         








目次　（4.4.ジョブ投入スクリプトの作成）



4.4.　　　ジョブ投入スクリプトの作成

4.4.1.　　処理方法の指定

4.4.2.　　sbatchオプション

4.4.3.　　環境変数

4.4.4.　　逐次ジョブを実行する場合

4.4.5.　　スレッド並列ジョブを実行する場合

4.4.6.　　MPIプログラム（openMPI）を実行する場合

4.4.7.　　MPIプログラム（Intel MPI）を実行する場合

4.4.8.　　MPIプログラム（mpich2）を実行する場合



 



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4.4. ジョブ投入スクリプトの作成



ジョブ投入のためのジョブ投入スクリプトを作成します。



 







4.4.1. 処理方法の指定



ジョブ投入スクリプトの中で“#SBATCH”で始まる行にsbatch オプションを記述すると、処理方法を指定することができます。



 



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4.4.2. sbatch オプション



主なsbatch オプションを次に示します。

表 4.4.2 sbatch オプション







ジョブ投入スクリプトのディレクティブ

#SBATCH





キュー（パーティション）指定

-p [queue]





実行ノード数（並列数の指定）

-N [minnodes[-maxnodes]], --nodes=[minnodes[-maxnodes]]





CPU 数の指定（プロセス数の指定）

-n [number], --ntasks=[number]





実行時間の上限指定（wall time）



-t [minutes], --time=[minutes]

-t [minutes:seconds], --time=[minutes:seconds]

-t [hours:minutes:seconds], --time=[hours:minutes:seconds]

-t [days-hours], --time=[days-hours]

-t [days-hours:minutes], --time=[days-hours:minutes]

-t [days-hours:minutes:seconds], --time=[days-hours:minutes:seconds]







出力ファイル指定

-o [filename], --output=[filename]





エラー出力指定

-e [filename], --error=[filename]





出力・エラー出力の総合出力

（-e 指定無しで-o を使用）





イベント通知



--mail-type=[type]



※type はBEGIN, END, FAIL, REQUEUE, ALL のいずれか







メールアドレス指定

--mail-user=[address]





ジョブ再投入

--requeue または --no-requeue（未指定時は--no-requeue）





実行ディレクトリ指定

--workdir=[dir_name]





メモリサイズ指定

--mem=[mem][M|G|T] OR --mem-per-cpu=[mem][M|G|T]





ノード当たりのタスク数指定

--tasks-per-node=[count]





タスク当たりのCPU数指定

--cpus-per-task=[count]





依存ジョブ



--dependency=[type:job_id]



type には次の依存タイプを指定できます。

after 指定したジョブが開始された後に、このジョブが実行されます。

afterany 指定したジョブが終了した後に、このジョブが実行されます。

afternotok 指定したジョブが異常終了した後に、このジョブが実行されます。

afterok 指定したジョブが正常終了した後に、このジョブが実行されます。

同じ依存タイプに複数のジョブID を紐付ける場合は、コロン（:）で区切ります。

#SBATCH --dependency=type:job_id: job_id

複数の依存関係（依存タイプとジョブID の組み合わせ）を指定する場合は、依存関係の間をカンマ（,）で区切ります。

#SBATCH --dependency=type:job_id,type:job_id







ジョブのプロジェクト化

--wckey=[name]





ジョブ実行ホストの詳細

--nodelist=[nodes] AND/OR --exclude=[nodes]





アレイジョブ

--array=[array_spec]





開始時間指定

--begin=YYYY-MM-DD[THH:MM[:SS]]







 



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4.4.3. 環境変数



sbatch コマンド実行時、ジョブ実行時に環境変数が設定されます。設定される主な環境変数を示します。

表 4.4.3 環境変数







環境変数

内容









SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE



ジョブ実行に使用されるホストとプロセス数のリスト





SLURM_JOB_ID

ジョブID





SLURM_JOB_NAME

fjsub –N やsbatch -J で指定したジョブ名。ジョブ名を指定していない場合は、実際に指定されたコマンド列が格納されます。





SLURM_JOB_NODELIST

ジョブが実行されるホスト名のリスト





SLURM_NTASKS

sbatch –n(または ––ntasks)で指定したプロセス数





SLURM_SUBMIT_DIR

ジョブ が投入されたカレントディレクトリ







 



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4.4.4. 逐次ジョブを実行する場合



逐次（並列計算を行わない方式）で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。







#!/bin/bash

#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)

#SBATCH -n 1 ･･････････ (2)

#SBATCH -J test_serial ･･････････ (3)

#SBATCH -o stdout.%J ･･････････ (4)

#SBATCH -e stderr.%J ･･････････ (5)

./a.out ･･････････ (6) 		







(1) パーティション名（キュー名）を指定します。

(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。

逐次ジョブの場合、プロセス数は1 となりますので、指定値は“-n 1”を指定します。

(3) ジョブ名を指定します。

(4) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。

(5) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。

(6) プログラム（a.out）を実行します。



 



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4.4.5. スレッド並列ジョブを実行する場合



スレッド並列（単体ノードで並列計算を行う方式）でジョブを実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。







#!/bin/bash

#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)

#SBATCH -n 1 ･･････････ (2)

#SBATCH -c 20 ･･････････ (3)

#SBATCH -J test_openmp ･･････････ (4)

#SBATCH -o stdout.%J ･･････････ (5)

#SBATCH -e stderr.%J ･･････････ (6)

export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK} ･･････････ (7)

./a.out ･･････････ (8)

RETCODE=$?

exit ${RETCODE} ･･････････ (9) 		







(1) パーティション名（キュー名）を指定します。

(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。

上記の例では、1 プロセスで実行するために-n 1 を指定しています。

(3) ジョブで使用するCPU数（-cもしくは—cpus-per-task=<number>）を指定します。

上記の例では、20スレッドで実行するために-c 20を指定しています。

(4) ジョブ名を指定します。

(5) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。

(6) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。

(7) 環境変数 OMP_NUM_THREADS にスレッド数を指定します。

(8) プログラム（a.out）を実行します。

(9) プログラムの戻り値をSLURM に戻します。



 



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4.4.6. MPI プログラム（openMPI）を実行する場合



プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式）のジョブをOpenMPI で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。



下記スクリプトでは、Dシステムにて2ノード（1ノードあたり2プロセス）のジョブが生成されます。







#!/bin/bash

#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)

#SBATCH -n 40 ･･････････ (2)

#SBATCH -J test_openmpi ･･････････ (3)

#SBATCH -o stdout.%J.log ･･････････ (4)

#SBATCH -e stderr.%J.log ･･････････ (5)

module load gnu/openmpi165 ･･････････ (6)

mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out ･･････････ (7)

RETCODE=$?

exit ${RETCODE} ･･････････ (8)		







(1) パーティション名（キュー名）を指定します。

(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。

(3) ジョブ名を指定します。

(4) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。

(5) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。

(6) MPI 環境変数をセットします。

(7) プログラム（a.out）を実行します。

(8) プログラムの戻り値をSLURM に戻します。



 



上記(6)については、次の実行方法があります。







標準GNU コンパイラー

(GNU 4.4.7)		

OpenMPI

module load gnu/openmpi165





MPICH2

module load gnu/mpich2141p1





IntelMPI

module load impi411





GNU4.8.2 コンパイラー

OpenMPI

module load PrgEnv-gnu482

module load gnu/openmpi165		





MPICH2

module load PrgEnv-gnu482

module load gnu/mpich2141p1		





IntelMPI

module load PrgEnv-gnu482

module load impi411		





Intel コンパイラー

OpenMPI

module load PrgEnv-intel

module load intel/openmpi165		





MPICH2

module load PrgEnv-intel

module load intel/mpich2141p1		





IntelMPI

module load PrgEnv-intel

module load impi411		







 



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4.4.7. MPI プログラム（Intel MPI）を実行する場合



プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式）のジョブをIntelMPI で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。







#!/bin/bash

#SBATCH -p d024h

#SBATCH -n 40

#SBATCH -J test_intelmpi

#SBATCH -o stdout.%J.log

#SBATCH -e stderr.%J.log

module load PrgEnv-intel

module load impi411

NODEFILE=`generate_pbs_nodefile`

mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out 		







 



(注) インテルコンパイラで作成された実行ファイルを実行する場合、ジョブ投入スクリプト内に







module load PrgEnv-intel

module load impi411		







の行を記載する必要があります。



 



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4.4.8. MPI プログラム（mpich2）を実行する場合



プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式)のジョブをGNU コンパイラで作成したMPI プログラム(mpich2)で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。







#!/bin/bash

#SBATCH -p d024h

#SBATCH -n 40

#SBATCH -J test_gnu

#SBATCH -o stdout.%J.log

#SBATCH -e stderr.%J.log

module load PrgEnv-gnu482

module load gnu/mpich2141p1

NODEFILE=`generate_pbs_nodefile`

mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out		







(注) GNU コンパイラが用意するmpich2 環境を利用し、GNU コンパイラで作成された実行ファイルを実行する場合、ジョブ投入スクリプト内に







module load PrgEnv-gnu482

module load gnu/mpich2141p1		







の行を記載する必要があります。



 



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↧


                   
                   
                   
                   
                 
               


            
            
                              



               
               





                                   
                     

                     
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