BioStation ハンズオンセミナー（東京）

October 24, 2014, 12:40 am

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「FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（東京）」を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

【日時】　11月21日(金）　13時～17時

【場所】　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　〒101-8443　東京都千代田区神田錦町3-1　安田シーケンスタワー

　　　会場案内図　　http://www.mizuho-ir.co.jp/company/info/data/map/honsha.html

【主催】　　公益財団法人　計算科学振興財団

【協賛】　　みずほ情報総研株式会社

【受講料】　無料

【定員】　　10 名

【概要】　

　MIZUHO/BioStationは、フラグメント分子軌道（FMO）法に基づいてタンパク質などの大規模分子

の電子状態計算や相互作用解析を可能にした量子化学計算プログラムパッケージであり、

計算エンジンABINIT-MPと専用可視化プログラムBioStation Viewerから構成されています。

FMO法により計算された電子状態計算結果を可視化して直感的に用いることが可能であり、

リガンド化合物とタンパク質との相互作用を官能基単位で定量的に評価することができるため、

創薬における分子設計に有用な知見を得ることができます。

　FOCUSスパコンではMIZUHO/BioStationを商用アプリケーションとして導入し、2014年6月より

従量制サービスを開始致しました。本セミナーでは、FOCUSスパコンを用いてMIZUHO/BioStaionの

計算条件設定から計算実行、計算結果の評価までの一連の解析を実際に体験していただけます。

【プログラム】　

13:00-14:00 　　　MIZUHO/BioStationの概要説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）MIZUHO/BioStation 機能紹介

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）MIZUHO/BioStation 解析事例紹介

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　塚本　貴志

14:00-17:00　　　MIZUHO/BioStationの操作説明と演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）一連の作業手順、操作方法、計算結果の評価方法についての説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）FOCUSスパコンを用いた演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　　・FMO計算の条件設定から実行、結果解析までの一連の作業手順

　　　　　　　　　　　　　　　　　・タンパク質とリガンド複合体のIFIE解析

　　　　　　　　　　　　　　　　　・ユーザー指定の手動フラグメントの分割方法

　　　　　　　　　　　　　　　　　・PIEDA解析による相互作用エネルギーの分解

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　北川　さや香

【申し込み方法】　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（東京）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

================================

参加申し込み締め切り：

11月18日（火）AM10:00

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平成26年度 FOCUS主催講習会の申込に関して

October 24, 2014, 12:41 am

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計算科学振興財団にて開催の以下の講習会に参加を希望される方は、

request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名に講習会タイトルをご記入いただき、参加者情報をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：　

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１、FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

　　（毎月2回、第1、第3週木曜日開催、無料）

２、FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

　　（毎月2回、第1、第3週木曜日開催、無料）

３、HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

　　（毎月2回、第2、第4火曜日開催、無料）

４、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　初級編

　　　　（年16回、第5週月曜日び６、９、１２、３月第2月曜日開催、無料）

５、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　中級編（ノード内チューニング編）

　　　（年16回、第5週月曜日及び６、９、１２、３月第2月曜日開催、無料）

６、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　中級編（ノード間チューニング編）

　　　　（年16回、第5週火曜日び６、９、１２、３月第2火曜日開催、無料）

７、FOCUSスパコンでのGaussian利用講習会

　　（毎月1回、第４火曜日開催、有料）

８、FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStationハンズオンセミナー（東京）

　　（11月21日（金）13時～17時開催、無料）

開催日は変更になっている場合がございます。詳しい日程については　イベント・セミナーカレンダー　または各講習会のリンクにてご確認ください。

講習会の内容については過去の講習会の開催報告をご覧ください。

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5.3.Webブラウザベースの使用方法

October 30, 2014, 7:08 pm

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目次　（5.3.Webブラウザベースの使用方法）

5.3.　　　Webブラウザベースの使用方法
 5.3.1.　　システムへのログイン
 5.3.2.　　ファイルのアップロード
 5.3.3.　　ファイルのダウンロード
 5.3.4.　　ファイルの削除
 5.3.5.　　Webブラウザーからの専用クライアント起動

▲このページの先頭へ

5.3.Webブラウザベースの使用方法

注)現在セキュリティ上の理由によりWebブラウザベースでのサービス提供を停止しています。再開時期は未定です。停止期間中は専用クライアントをご利用ください。

5.3.1.システムへのログイン

(1)Webブラウザを起動し、以下のURLに接続します。
　　https://ssbp1.j-focus.jp:9090/silver-bullet/admin
　　または、
　　https://ssbp2.j-focus.jp:9090/silver-bullet/admin

(2)セキュリティに関する画面で、それぞれ続行するための操作を行います。
　　【Internet Explorerの例】［このサイトの閲覧を続行する］ボタンをクリックします。

【Chromeの例】[このまま続行]ボタンをクリックします。

【Firefoxの例】［例外を追加］→［セキュリティ例外を承認］を順にクリックします。

(3)『ログイン』画面にて以下を入力し、[ログイン]ボタンをクリックします。
　　・ユーザーID：アカウント名（「u」＋“課題名”＋数字4桁）
　　・パスワード：アカウントのパスワード

(4)『ファイル転送>転送操作』画面が表示されることを確認します。

▲このページの先頭へ

5.3.2.ファイルのアップロード

(1)『ファイル転送>転送操作』画面から「アップロード」を選択します。

(2)起動したエクスプローラーからアップロードしたいファイルを選択し、「開く」を選択します。
　　「開く」を選択するとファイル転送が開始されます。

(3)『ファイル転送>転送操作』画面に戻り、一覧に転送したファイルが表示されることを確認します。

▲このページの先頭へ

5.3.3.ファイルのダウンロード

(1)『ファイル転送>転送操作』画面のホームディレクトリの一覧から、ダウンロードしたいファイル名を選択します。
　　選択するとブラウザで設定したの保存ディレクトリにファイルがダウンロードされます。

(2)ブラウザの保存ディレクトリを確認し、ファイルがダウンロードされたことを確認します。

▲このページの先頭へ

5.3.4.ファイルの削除

(1)『ファイル転送>転送操作』画面から削除したいファイル名の左にある「チェックボックス」にチェックを入れ、「削除」を選択します。

(2)確認のポップアップ画面がブラウザ内に表示されますので、「OK」を選択し、削除を実行します。

(3)『ファイル転送>転送操作』画面に戻り、一覧から削除したファイルが消えていることを確認します。
　　ブラウザ内右上段には実行した内容が通知されます。

▲このページの先頭へ

5.3.5.Webブラウザーからの専用クライアント起動

(1)『ファイル転送>転送操作』画面から「高速クライアント起動」を選択します。

(2)JNLPファイルのダウンロードを行いますので、保存と実行をしてください。

(3)JAVAからプログラムが実行されます。以下の「セキュリティ警告」がでた場合には「続行」を選択してください。

(4)「専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）」が起動されます。

Webブラウザーから起動する場合は、接続先・ユーザ認証が完了した状態となるため、「5.2.3クライアントの起動」に記載した、下記のログイン後の画面が表示されます。
以降の操作は「5.2専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法」を参照してください。

▲このページの先頭へ

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5.インターネット高速転送システムの使用方法

October 30, 2014, 7:10 pm

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目次　（5.インターネット高速転送システムの使用方法）

5.　　　　インターネット高速転送システムの使用方法
 5.1.　　　利用の事前予約（予約システムの使用）
5.2.　　　専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法
 5.2.1.　　クライアントのインストール
 5.2.2.　　クライアントの環境設定
 5.2.3.　　クライアントの起動
 5.2.4.　　ファイルのアップロード
 5.2.5.　　ファイルのダウンロード
 5.3.　　　Webブラウザベースの使用方法
 5.3.1.　　システムへのログイン
 5.3.2.　　ファイルのアップロード
 5.3.3.　　ファイルのダウンロード
 5.3.4.　　ファイルの削除
 5.3.5.　　Webブラウザーからの専用クライアント起動

▲このページの先頭へ

5.　　　　インターネット高速転送システムの使用方法

TCP/IPを使ったSCPやSFTPより効率の良いSkeed Silver Bulletを導入し、遅延の大きな遠隔地とFOCUSスパコンシステム間で高速なデータ転送を行います。以下の環境のいずれかを利用できます。

表5　クライアント環境

環境

制限

備考

専用クライアント
(SkeedSilverBullet GUI)

容量制限無し

専用のソフトウェアが必要です。センターから専用のソフトウェアを貸与します。ソフトウェアが対応するクライアントOSはWindowsとMacOS Xです。

Webブラウザベース

容量制限無し

お手元のWebブラウザを使います。使用するWebブラウザはChrome、Internet Explorer、Firefoxが利用可能です。
Webブラウザから専用クライアントを起動することも可能です。

図5　接続環境メージ

お手元のマシン（localhost）	→	専用クライアント	→	インターネット	→	ログインサーバ#1 (ssbp1.j-focus.jp)	→	/ホーム領域/グループ名/アカウント名/skeed ※ホーム領域はhome1またはhome2です。ご契約状況により異なります。 ※専用クライアントでは"/"として表示されます。

	→	Webブラウザ	→		→	ログインサーバ#2 (ssbp2.j-focus.jp)	→

▲このページの先頭へ

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PDF版 FOCUSスパコン利用の手引き

October 30, 2014, 7:18 pm

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【次回11/25開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)

November 6, 2014, 9:16 pm

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平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　・【終了】　6月　2日（月）　15時～17時

　　・【終了】　6月30日（月）　15時～17時

　　・【終了】 7月28日（月）　15時～17時

　　・【終了】 8月 4日（月）　15時～17時

　　・【終了】 8月25日（月）　15時～17時

　　・【終了】 9月 8日（月）　15時～17時

　　・【終了】 9月29日（月）　15時～17時

　　・【終了】 10月27日（月）　15時～17時

　　・【受付中】 11月25日（火）　15時～17時

　　・ 12月 8日（月）　15時～17時

　　・ 12月25日（木）　15時～17時

　　・　 1月26日（月）　15時～17時

　　・　 2月23日（月）　15時～17時

　　・　 3月　2日（月）　15時～17時

　　・　 3月　9日（月）　15時～17時

　　・　 3月23日（月）　15時～17時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

FX10実機による実習を通して、京向けのノード内チューニング手法を学習します。

内容

１．アーキテクチャ

２．並列プログミング

３．共有メモリプログラミング

４．ＯｐｅｎＭＰ

５．スレッドの同期操作

６．実行時ライブラリー

７．計算プログラム例

８．実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)」として、

以下の内容をご通知下さい。（初級編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

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フリガナ：

お名前：

ご所属：

ご連絡先：

参加希望講習会開催日：

================================

初級編の開催：　

中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。

初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

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【次回11/25開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編

November 6, 2014, 9:16 pm

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平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・【終了】　 6月　2日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 6月30日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 7月28日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 8月 4日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 8月25日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 9月 8日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 9月29日（月）　13時～15時

　　・【終了】 10月27日（月）　13時～15時

　　・【受付中】 11月25日（火）　13時～15時

　　・ 12月 8日（月）　13時～15時

　　・ 12月25日（木）　13時～15時

　　・　 1月26日（月）　13時～15時

　　・　 2月23日（月）　13時～15時

　　・　 3月　2日（月）　13時～15時

　　・　 3月　9日（月）　13時～15時

　　・　 3月23日（月）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

概要 :

技術計算におけるチューニング技法の基本的な内容について講義します。

プログラム :

１．チューニングの基礎

２．コンパイルオプション

３．パフォーマンス測定方法

４．キャッシュチューニング

５．その他のチューニング

６．Ｉ／Ｏチューニング

７．チューニング手順

申し込み方法：

参加ご希望の方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編」として、

以下の内容をご通知下さい。

（中級編のノード内チューニング編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

================================

フリガナ：

お名前：

ご所属：

ご連絡先：

参加希望講習会開催日：

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中級編の開催：

本講習会の内容を踏まえ、実習を行う

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内並列）　を開催しております。

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間並列）　を開催しております。

こちらのご参加も合わせてご検討ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

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【次回11/18開催】FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

November 6, 2014, 9:18 pm

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平成26年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・【終了】　４月２２日（火）　１４時～１６時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　６月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　７月２２日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　８月１９日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　９月２４日（水）　１４時～１６時　

　　・【終了】１０月２１日（火）　１４時～１６時　

　　・【受付中】　１１月１８日（火）　１４時～１６時　

　　・１２月２３日（火）　１４時～１６時　

　　・　１月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・　２月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・　３月１７日（火）　１４時～１６時　

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　賛助会員　　　10,800円

　　　　　一般　　　　　　21,600円

※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

1-1 並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

1-2 CacheSizeオプション

1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：

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参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

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平成26年度セミナー・イベントカレンダー

November 11, 2014, 12:09 am

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実習室　：計算科学センタービル２F実習室
セミナー室　：計算科学センタービル２Fセミナー室

アクセスポイント神戸　：計算科学センタービル内アクセスポイント神戸

　　　有料セミナー　　

日付		イベント（FOCUS関係：主催、共催、後援等）
4月
4月8日	水	[第1回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（14時〜15時@アクセスポイント神戸）
4月18日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
4月21日	月	[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月22日	火	[第1回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第2回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
4月24日	木	[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月25日	金	HPCサーバーゲートウェイ『CCNV Suite1 V1.2』無料体験セミナーｂｙヴァイナス（＠実習室）
5月
5月7日	水	[第3回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月8日	木	[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月15日	木	[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月16日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
5月20日	火	[第2回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第4回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月30日	金	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
6月
6月2日	月	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
6月3日	火	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
		[第5回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月5日	木	[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月6日	金	Abaqus無料体験セミナーby CAEソリューションズ（13時〜16時45分@実習室）
6月12日	木	[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月17日	火	[第3回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第6回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月20日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
6月25日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時30分～17時@実習室）
6月27日	金	CONFLEX&Gaussian講習会 by コンフレックス（13時～17時@実習室）
6月30日	月	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月
7月１日	火	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
7月3日	木	[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月8日	火	[第7回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
7月11日	金	OpneFOAM応用講座ｂｙ CAEソリューションズ(９時～１７時＠実習室）
7月17日	木	[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月22日	火	[第4回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第8回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
７月23日	水	XcalableMP利用講習会初級編 by 理研 AICS （10時～16時@実習室）
７月24日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
７月28日	月	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月29日	火	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室
7月31日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
8月
8月1日	金	インテル® Xeon Phi™ コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習　ｂｙ　インテル株式会社（13時～16時45分＠実習室）
8月4日	月	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS　（15時〜17時@実習室）
8月5日	火	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編）by FOCUS　（13時〜16時@実習室）
		[第9回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月6日	水	FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStationハンズオンセミナー（13時～17時＠実習室）
8月7日	木	[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月14日	木	[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月19日	火	[第5回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第10回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月22日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
8月25日	月	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月26日	火	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
9月
9月3日	水	NTChem講習会　ｂｙ　理研（13時～17時＠実習室）
9月4日	木	[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月5日	金	Gaussian講習会(応用編) by コンフレックス（13時～17時@実習室）
9月8日	月	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月9日	火	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第11回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月11日	木	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時半〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
9月12日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
9月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時半～17時@実習室）
9月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
9月19日	金	[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月24日	水	[第6回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第12回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月29日	月	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月30日	火	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
10月
10月2日	木	[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月7日	火	[第13回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月10日	金	2Dから始める構造解析 by CAEソリューションズ（13時半～16時半＠実習室）
10月16日	木	[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月17日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
10月21日	火	[第7回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第14回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月27日	月	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
10月28日	火	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
11月
11月4日	火	[第15回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月5日	水	myPrestoとMF myPrestoを用いたインシリコ・スクリーニング実習会　by　バイオモデリングリサーチ（13時～17時＠実習室）
11月6日	木	[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月7日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
11月12日	水	「第36回設計実務セミナーシリーズクラウドゲートウェイ『CCNV　V1.4』無料体験セミナー」（仮）byヴァイナス（13時～17時45分＠実習室）
11月13日	木	[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月14日	金	Abaqus無料体験セミナーby CAEソリューションズ（13時〜16時45分@実習室）
11月18日	火	[第8回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第16回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月25日	火	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
11月26日	水	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
11月28日	金	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時半〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
12月
12月3日	水	第3回 PHASE/0 利用講習会：基礎編ｂｙ東大生研(10時半～17時@実習室）
12月4日	木	[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月5日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
12月8日	月	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
12月9日	火	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第17回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時半～17時@実習室）
12月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
12月19日	金	[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月22日	月	[第9回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第18回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月26日	金	[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時半～18時@実習室）
1月
1月6日	火	[第19回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月8日	木	[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月20日	火	[第10回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第20回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月22日	木	[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月26日	月	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
1月27日	火	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
2月
2月2日	月	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
2月3日	火	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第21回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月5日	木	[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月17日	火	[第11回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第22回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月19日	木	[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月23日	月	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
2月24日	火	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
3月
3月2日	月	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
3月4日	水	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第23回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月5日	木	[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月17日	火	[第12回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第24回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月19日	木	[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月23日	月	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
3月24日	火	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）

＊スケジュールは変更になる場合があります。　

更新日2014.11.11

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平成26年度セミナー・イベントカレンダー

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【次回12/4開催】FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

November 13, 2014, 12:11 am

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平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」を月2回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

FOCUSスパコンシステムの概要説明し、受講者には
インターネット経由でFOCUSスパコンへログイン、ジョブの投入を実習していただきます。

また、「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を同日開催いたします。

あわせての参加をご検討ください。

日　時：　

　　・【終了】 4月21日（木）　13時～15時

　　・【終了】 4月24日（木）　13時～15時

　　・【終了】 5月 8日（木）　13時～15時

　　・【終了】 5月15日（木）　13時～15時

　　・【終了】 6月 5日（木）　13時～15時

　　・【終了】 6月12日（木）　13時～15時

　　・【終了】 7月 3日（木）　13時～15時

　　・【終了】 7月17日（木）　13時～15時

　　・【終了】 8月 7日（木）　13時～15時

　　・【終了】 8月14日（木）　13時～15時

　　・【終了】 9月 4日（木）　13時～15時

　　・【終了】　9月19日（金）　13時～15時

　　・【終了】 10月 2日（木）　13時～15時

　　・【終了】 10月16日（木）　13時～15時

　　・【終了】 11月 6日（木）　13時～15時

　　・【終了】 11月13日（木）　13時～15時

　　・【受付中】　 12月 4日（木）　13時～15時

　　・12月19日（金）　13時～15時

　　・ 1月 8日（木）　13時～15時

　　・ 1月22日（木）　13時～15時

　　・ 2月 5日（木）　13時～15時

　　・ 2月19日（木）　13時～15時

　　・ 3月 5日（木）　13時～15時

　　・ 3月19日（木）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

定員 :　20名

　　※初参加者を優先とさせていただきます。

プログラム：

1 ご挨拶

2 FOCUSスパコンシステム構成
2.1 各システム(ABCDEGシステム)の特徴
2.2 各システムのノードスペック
2.3 ソフトウェア

3 システムへのログイン（実習）
3.1 鍵交換によるSSH接続
    3.1.1 TeraTermによるSSHログイン
    3.1.2 ディレクトリ構成確認
    3.1.3 クォータ確認コマンド
    3.1.4 WinSCPによるファイル転送
3.2 SSL-VPN接続
    3.2.1 cisco AnyConnect Secure Mobility Client のインストール
    3.2.2 パスワード変更
    3.3.3 TeraTermによるSSHログイン

4 ジョブ実行（実習）
4.1 環境設定
4.2 サンプルソースのコンパイル
4.3 SLURMからの逐次ジョブの投入
4.4 fjコマンドの紹介

5 利用お問合せシステムOKBizの紹介
5.1 ユーザ情報の変更
5.2 質問、作業依頼投稿方法

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催３業務日前AM10:00

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【12/18開催】XcalableMP利用講習会　 by 理研AICS

November 16, 2014, 6:20 pm

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公開ソフト講習会　第10回　「XcalableMP」を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

日　時：　12月18日（木）13：00～16：00

場　所：　公益財団法人　計算科学振興財団　

　　　　　　　　〒650-0047　兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28　計算科学センタービル 2F実習室

　　　 http://www.j-focus.or.jp/access.html　

主　催：　理化学研究所　計算科学研究機構（AICS）

協　賛：　公益財団法人　計算科学振興財団（FOCUS）

参加費：　無料

定　員：　20名

対象者：

　　　　　逐次プログラムから並列プログラムへの移行を検討されている方

　　　　　並列プログラム開発の生産性向上に関心のある方

　　　　　並列プログラミング言語に関心のある方

　　　　　但し、対象者の方は以下の条件を満たす必要あり。

　　　　　FortranもしくはC言語について、ある程度の知識とプログラミング経験を有すること。

　　　　　UNIX環境の利用経験があること。

概　要：　

　　　　　分散並列システム向けの新しい並列プログラミング言語XcalableMPの講習会を行います。

　　　　　XcalableMPは、C、Fortranで書かれた逐次プログラムにコメントによる指示文を加えることにより、

　　　　　プログラムを並列化できる言語です。

　　　　　本講習会では、XcalableMPを使った簡単な並列プログラム作成と実行まで行い、XcalableMPによる

　　　　　並列プログラム開発の容易さを体験していただきます。

　　　　　hands-onの題材には、並列計算で典型的な計算手法であるステンシル計算と、不規則なデータ分散

　　　　　にも対応可能なCoarray機能を使用した計算を扱います。

プログラム：

　　　　　13:00 - 13：50　XcalableMPの概要説明

　　　　　13：50 - 14：00　環境の準備

　　　　　14：00 - 15:00　休憩

　　　　　14:10 - 15：0015　計算機実習1

　　　　　15:00 - 15:10　休憩

　　　　　15:10 - 16:00　計算機実習2

申込方法：

参加ご希望の方は、　aics-soft-seminar ［at］jriken.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「参加希望　XcalableMP利用講習会初級編 by 理研AICS」として、

以下の内容をご通知下さい。

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属・ご身分：　

ご連絡先：　

--以下では該当するものだけ残してください--

利用経験のある言語　：　　C, Fortran, 他

利用経験のある並列プログラミング　：　　MPI, OpenMP, OpenACC, CUDA, 他

Focusスパコンの利用経験　：　有　無

================================　

※　理化学研究所　計算科学研究機構（AICS）の講習会のご案内は、こちらをご覧ください。　

　　申込締切り：2014年12月11日（木）　　

↧

【終了】【11/21開催】FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（東京）

November 26, 2014, 12:52 am

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「FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（東京）」を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

【日時】　11月21日(金）　13時～17時

【場所】　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　〒101-8443　東京都千代田区神田錦町3-1　安田シーケンスタワー

　　　会場案内図　　http://www.mizuho-ir.co.jp/company/info/data/map/honsha.html

【主催】　　公益財団法人　計算科学振興財団

【協賛】　　みずほ情報総研株式会社

【受講料】　無料

【定員】　　10 名

【概要】　

　MIZUHO/BioStationは、フラグメント分子軌道（FMO）法に基づいてタンパク質などの大規模分子

の電子状態計算や相互作用解析を可能にした量子化学計算プログラムパッケージであり、

計算エンジンABINIT-MPと専用可視化プログラムBioStation Viewerから構成されています。

FMO法により計算された電子状態計算結果を可視化して直感的に用いることが可能であり、

リガンド化合物とタンパク質との相互作用を官能基単位で定量的に評価することができるため、

創薬における分子設計に有用な知見を得ることができます。

　FOCUSスパコンではMIZUHO/BioStationを商用アプリケーションとして導入し、2014年6月より

従量制サービスを開始致しました。本セミナーでは、FOCUSスパコンを用いてMIZUHO/BioStaionの

計算条件設定から計算実行、計算結果の評価までの一連の解析を実際に体験していただけます。

【プログラム】　

13:00-14:00 　　　MIZUHO/BioStationの概要説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）MIZUHO/BioStation 機能紹介

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）MIZUHO/BioStation 解析事例紹介

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　塚本　貴志

14:00-17:00　　　MIZUHO/BioStationの操作説明と演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）一連の作業手順、操作方法、計算結果の評価方法についての説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）FOCUSスパコンを用いた演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　　・FMO計算の条件設定から実行、結果解析までの一連の作業手順

　　　　　　　　　　　　　　　　　・タンパク質とリガンド複合体のIFIE解析

　　　　　　　　　　　　　　　　　・ユーザー指定の手動フラグメントの分割方法

　　　　　　　　　　　　　　　　　・PIEDA解析による相互作用エネルギーの分解

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　北川　さや香

【申し込み方法】　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（東京）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

================================

参加申し込み締め切り：

11月18日（火）AM10:00

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平成26年度 FOCUS主催講習会の申込に関して

December 4, 2014, 4:25 pm

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≪ Previous: 【終了】【11/21開催】FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（東京）

計算科学振興財団にて開催の以下の講習会に参加を希望される方は、

request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名に講習会タイトルをご記入いただき、参加者情報をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：　

================================

１、FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

　　（毎月2回、第1、第3週木曜日開催、無料）

２、FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

　　（毎月2回、第1、第3週木曜日開催、無料）

３、HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

　　（毎月2回、第2、第4火曜日開催、無料）

４、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　初級編

　　　　（年16回、第1、第4月曜日開催、無料）

５、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　中級編（ノード内チューニング編）

　　　（年16回、第1、第4月曜日開催、無料）

６、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　中級編（ノード間チューニング編）

　　　　（年16回、第1、第4月曜日開催、無料）

７、FOCUSスパコンでのGaussian利用講習会

　　（毎月1回、第４火曜日開催、有料）

８、FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStationハンズオンセミナー

　「終了」　（11月21日（金）13時～17時開催、無料）

講習会の内容については過去の講習会の開催報告をご覧ください。

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【次回12/22開催】FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

December 7, 2014, 4:59 pm

≫ Next: 4.1.キュー

≪ Previous: 平成26年度 FOCUS主催講習会の申込に関して

平成26年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・【終了】　４月２２日（火）　１４時～１６時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　６月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　７月２２日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　８月１９日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　９月２４日（水）　１４時～１６時　

　　・【終了】１０月２１日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】１１月１８日（火）　１４時～１６時　

　　・【受付中】　１２月２２日（月）　１４時～１６時　

　　・　１月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・【開催中止】　２月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・　３月１７日（火）　１４時～１６時　

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　賛助会員　　　10,800円

　　　　　一般　　　　　　21,600円

※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座に振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

1-1 並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

1-2 CacheSizeオプション

1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

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4.1.キュー

December 7, 2014, 11:46 pm

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目次　（4.1.キュー）

4.1.　　　キュー
 4.1.1.　　キューの一覧
 4.1.2.　　キュー情報の確認方法
 4.1.3.　　利用可能なノード数の確認方法

▲このページの先頭へ

4.1.キュー

4.1.1.キューの一覧

フロントエンドサーバから演算ノードに対して、ジョブを投入できるキューの一覧を示します。
表4.1.1　キューの一覧

キュー名	最大ジョブ数	最大ジョブ投入数	最長実行時間	最大ノード数(※)	ジョブあたり最大ノード数(※)	システム	備考
a024h	未設定	無制限	24時間	224	224	A
a096h	未設定	5/ユーザ	96時間	100	100	A
b024h	未設定	無制限	24時間	2	2	B
b096h	未設定	5/ユーザ	96時間	1	1	B
c024h	未設定	無制限	24時間	22	22	C
c096h	未設定	5/ユーザ	96時間	11	11	C
d024h	未設定	無制限	24時間	80	80	D
d072h	未設定	5/ユーザ	72時間	40	40	D
e024h	未設定	無制限	24時間	48	16	E
e072h	未設定	5/ユーザ	72時間	24	8	E
debug6m	未設定	5/ユーザ	6分	4	2	G	デフォルトキュー

※最大ノード数は計算資源の予約状況により変動します。

(1)デフォルトキューは「debug6m」となります。ジョブ実行時にキュー名が省略された場合「debug6m」で実行されます。

(2)実際に本システムを利用する際には、sinfo -s コマンドで利用できるキュー名を確認して下さい。

(3)キューのノード実行状況を確認する際には、squeuesコマンドで確認して下さい。

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4.1.2.キュー情報の確認方法

ジョブ投入先のキュー名を確認するには、sinfoコマンドを実行します。

$ sinfo -s

【実行例】

$ sinfo -s PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES(A/I/O/T) NODELIST a024h up 1-00:00:00 0/224/0/224 a[001-224] a096h up 3-00:00:00 0/100/0/100 a[001-100] b024h up 1-00:00:00 0/2/0/2 b[001-002] b096h up 3-00:00:00 0/1/0/1 b001 c024h up 1-00:00:00 0/20/0/20 c[001-020] c096h up 3-00:00:00 0/10/0/10 c[001-010] d024h up 1-00:00:00 0/80/0/80 d[001-080] d096h up 3-00:00:00 0/40/0/40 d[001-040] e024h up 1-00:00:00 0/48/0/48 e[001-048] e096h up 3-00:00:00 0/24/0/24 e[001-024] debug6m up 6:00 0/4/0/4 g[001-004]

＜出力説明＞

PARTITION	キュー名（パーティション名）
AVAIL	キューの状態（up or inact）
TIMELIMIT	最大実行時間
NODES(A/I/O/T)	ノードの状態（allocated/idle/other/total）
NODELIST	キュー（パーティション）に割り当てられたノード

キューのノード実行状況を確認するには、squeuesコマンドを実行します。

注意：SLURMの標準コマンドのsqueueとは別コマンドです。

$ squeues

【実行例】

$ squeues QUEUE_NAME TIMELIMIT STATUS MAXNODES NNODES PEND RUN a024h 1-00:00:00 up 222 2 0 2 a096h 4-00:00:00 up 100 0 0 0 b024h 1-00:00:00 up 2 0 0 0 b096h 4-00:00:00 up 2 0 0 0 c024h 1-00:00:00 up 18 0 0 0 c096h 4-00:00:00 up 9 0 0 0 d024h 1-00:00:00 up 80 3 0 3 d072h 3-00:00:00 up 40 0 0 0 e024h 1-00:00:00 up 32 21 0 21 e072h 3-00:00:00 up 16 0 0 0 debug6m* 6:00 up 4 0 0 0

＜出力説明＞

QUEUE_NAME	キュー名（パーティション名）
TIMELIMIT	最大実行時間
STATUS	キューの状態（up or inact）
MAXNODES	最大ノード数
NNODES	実行中及び実行待ちのジョブが要求しているノード数
PEND	実行待ちのジョブが要求しているノード数
RUN	実行中のノード数

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4.1.3.利用可能なノード数の確認方法

空きノード数を確認するfreenodesというコマンドを用意しています。ジョブ投入のための空きノード数の確認の目安にご利用ください。

$ freenodes

【出力形式】

Number of free nodes in A sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数. Number of free nodes in B sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数. Number of free nodes in C sys. with GbE connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数. Number of free nodes in D sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数. Number of free nodes in E sys. with FDR-IB connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数. Number of free nodes in G sys. with GbE connected is 空きノード数 / 提供最大ノード数.

【実行例】

$ freenodes Number of free nodes in A sys. with FDR-IB connected is 108/224 . Number of free nodes in B sys. with FDR-IB connected is 2/ 2 . Number of free nodes in C sys. with GbE connected is 8/ 20 . Number of free nodes in D sys. with FDR-IB connected is 76/ 80 . Number of free nodes in E sys. with FDR-IB connected is 14/ 14 . Number of free nodes in G sys. with GbE connected is 2/ 4 .

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PDF版 FOCUSスパコン利用の手引き

December 8, 2014, 12:07 am

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5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法

December 8, 2014, 5:57 pm

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目次　（5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法）

5.2.　　　専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法
 5.2.1.　　クライアントのインストール
 5.2.2.　　クライアントの環境設定
 5.2.3.　　クライアントの起動
 5.2.4.　　ファイルのアップロード
 5.2.5.　　ファイルのダウンロード

▲このページの先頭へ

5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法

5.2.1.クライアントのインストール

(1)次の手順を参照し、お手元のマシンでSCP転送の画面を起動します。
・『2.1.1.4.SCPファイル転送』・『2.1.2.2.SSL-VPN接続によるSCPファイル転送（WinSCP使用）』
(2)フロントエンドサーバの /home1/share/skeed ディレクトリから、次のファイルをお手元のマシンにダウンロードします。

Windowsの場合	SetupSkeedSilverBulletClient_2.3.12.2.exe
MacOS Xの場合	SetupSkeedSilverBullet_2.3.12.2.dmg ※本手順では、MacOS Xのアプリケーションフォルダに保存することを前提に説明します。

(3)プログラムを起動します。

Windowsの場合	［SetupSkeedSilverBulletClient_2.3.12.2.exe］をダブルクリックします。
MacOS Xの場合	［SetupSkeedSilverBullet_2.3.12.2.dmg］をダブルクリックし、展開された［SkeedSilverBullet］をダブルクリックします。

(4)【Windowsのみ】『SkeedSilverBullet Client Setup』画面で［次へ］ボタンをクリックします。

(5)【Windowsのみ】インストール先を確認（または指定）し、［インストール］ボタンをクリックします。
　　※初期値は C:\Users\<アカウント名>\AppData\Local\SkeedSilverBullet\client です。
　　　変更する場合は、参照ボタンからインストール先を指定後、「インストール」をクリックします。

(6)【Windowsのみ】「完了しました」が表示されたことを確認し、［完了］ボタンをクリックします。
　　※「SkeedSilverBulletを実行」にチェックが入っている場合はSkeedSilverBullet GUIクライアントが起動されます。

※JAVAのインストール
　お使いのPCにJAVAがインストールされていない場合には以下の様なダイアログが表示されます。
　手順にしたがってJAVAをインストールします。

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5.2.2.クライアントの環境設定

(1)SkeedSilverBulletを起動します。

Windowsの場合	［スタート］→[すべてのプログラム]→[Skeed]→[SilverBulletClient]→[SkeedSilverBulletClient]を順に選択します。
MacOS Xの場合	メニュー[移動]→[アプリケーション]→[SkeedSilverBullet]を順に選択します。

(2)『接続先サーバーを選択してください。』画面で、[新規]ボタンをクリックします。

(3)次の項目を入力し、画面中央部にある［自動ネットワーク設定］ボタンをクリックします。
接続先サーバは2つありますので、どちらかに接続してください。

ホスト名	ssbp1.j-focus.jp または ssbp2.j-focus.jp
ポート番号	5100
ユーザー名	アカウント名（「u」＋“課題名”＋数字4桁）
認証方式	パスワード認証
パスワード	アカウントのパスワード（変更は『2.2.1.パスワードの変更（センター外）』を参照）

(4)『完了』画面が表示されることを確認し、［OK］ボタンをクリックします。

(5)画面下部の［保存］ボタンをクリックします。
　　（これにより接続先サーバの情報が登録され、一覧画面での選択が可能になります。）

(6)「パスワードを保存する」のチェックを外し、［OK］ボタンをクリックします。

(7)『サーバー接続設定』欄に、登録した接続先が表示されることを確認します。

(8)登録した接続先をダブルクリックします。

(9)パスワードを入力し、［OK］ボタンをクリックします。

▲このページの先頭へ

5.2.3.クライアントの起動

(1)SkeedSilverBulletを起動します。

Windowsの場合	[スタート]→[すべてのプログラム]→[Skeed]→[SilverBulletClient]→[SkeedSilverBulletClient]を順に選択します。
MacOS Xの場合	メニュー[移動]→[アプリケーション]→[SkeedSilverBullet]を順に選択します。

(2)登録した接続先を選択し、［ログイン］ボタンをクリックします。

(3)パスワードを入力し、［OK］ボタンをクリックします。

(4)正常に接続が完了したら、以下のような画面が表示されます。

▲このページの先頭へ

5.2.4.ファイルのアップロード

(1)アップロードするファイルをクリックし、［アップロード］アイコンをクリックします。

(2)アップロードの確認画面で、[はい]ボタンをクリックします。

※アップロード中の画面イメージ（“アップロード中”という文字とともに進捗がバーで表示される。）

(3)【任意】転送中に「転送レート制御ポリシー」を変更します。
　　ポリシーは、「控えめ」、「公平」の中から選択できます。

(4)【任意】転送中に「上限レート」を変更します。
　　指定した転送帯域を超えないように設定することが可能です。

▲このページの先頭へ

5.2.5.ファイルのダウンロード

(1)ダウンロードするファイルをクリックし、［ダウンロード］アイコンをクリックします。

(2)ダウンロード確認画面で、［はい］ボタンをクリックします。
　　※アップロード同様、上限レート、転送レート制御ポリシーを変更できます。

※ダウンロード中の画面イメージ（“ダウンロード中”という文字とともに進捗がバーで表示される。）

▲このページの先頭へ

↧

平成26年度セミナー・イベントカレンダー

December 11, 2014, 4:25 pm

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実習室　：計算科学センタービル２F実習室
セミナー室　：計算科学センタービル２Fセミナー室

アクセスポイント神戸　：計算科学センタービル内アクセスポイント神戸

　　　有料セミナー　　

日付		イベント（FOCUS関係：主催、共催、後援等）
4月
4月8日	水	[第1回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（14時〜15時@アクセスポイント神戸）
4月18日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
4月21日	月	[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月22日	火	[第1回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第2回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
4月24日	木	[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月25日	金	HPCサーバーゲートウェイ『CCNV Suite1 V1.2』無料体験セミナーｂｙヴァイナス（＠実習室）
5月
5月7日	水	[第3回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月8日	木	[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月15日	木	[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月16日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
5月20日	火	[第2回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第4回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月30日	金	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
6月
6月2日	月	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
6月3日	火	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
		[第5回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月5日	木	[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月6日	金	Abaqus無料体験セミナーby CAEソリューションズ（13時〜16時45分@実習室）
6月12日	木	[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月17日	火	[第3回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第6回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月20日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
6月25日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時30分～17時@実習室）
6月27日	金	CONFLEX&Gaussian講習会 by コンフレックス（13時～17時@実習室）
6月30日	月	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月
7月１日	火	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
7月3日	木	[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月8日	火	[第7回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
7月11日	金	OpneFOAM応用講座ｂｙ CAEソリューションズ(９時～１７時＠実習室）
7月17日	木	[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月22日	火	[第4回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第8回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
７月23日	水	XcalableMP利用講習会初級編 by 理研 AICS （10時～16時@実習室）
７月24日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
７月28日	月	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月29日	火	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室
7月31日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
8月
8月1日	金	インテル® Xeon Phi™ コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習　ｂｙ　インテル株式会社（13時～16時45分＠実習室）
8月4日	月	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS　（15時〜17時@実習室）
8月5日	火	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編）by FOCUS　（13時〜16時@実習室）
		[第9回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月6日	水	FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStationハンズオンセミナー（13時～17時＠実習室）
8月7日	木	[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月14日	木	[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月19日	火	[第5回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第10回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月22日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
8月25日	月	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月26日	火	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
9月
9月3日	水	NTChem講習会　ｂｙ　理研（13時～17時＠実習室）
9月4日	木	[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月5日	金	Gaussian講習会(応用編) by コンフレックス（13時～17時@実習室）
9月8日	月	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月9日	火	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第11回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月11日	木	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時半〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
9月12日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
9月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時半～17時@実習室）
9月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
9月19日	金	[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月24日	水	[第6回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第12回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月29日	月	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月30日	火	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
10月
10月2日	木	[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月7日	火	[第13回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月10日	金	2Dから始める構造解析 by CAEソリューションズ（13時半～16時半＠実習室）
10月16日	木	[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月17日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
10月21日	火	[第7回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第14回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月27日	月	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
10月28日	火	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
11月
11月4日	火	[第15回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月5日	水	myPrestoとMF myPrestoを用いたインシリコ・スクリーニング実習会　by　バイオモデリングリサーチ（13時～17時＠実習室）
11月6日	木	[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月7日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
11月12日	水	「第36回設計実務セミナーシリーズクラウドゲートウェイ『CCNV　V1.4』無料体験セミナー」（仮）byヴァイナス（13時～17時45分＠実習室）
11月13日	木	[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月14日	金	Abaqus無料体験セミナーby CAEソリューションズ（13時〜16時45分@実習室）
11月18日	火	[第8回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第16回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月25日	火	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
11月26日	水	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
11月28日	金	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時半〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
12月
12月3日	水	第3回 PHASE/0 利用講習会：基礎編ｂｙ東大生研(10時半～17時@実習室）
12月4日	木	[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月5日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
12月8日	月	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
12月9日	火	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第17回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時半～17時@実習室）
12月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（13時～16時@実習室）
12月19日	金	[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月22日	月	[第9回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第18回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月26日	金	[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時半～18時@実習室）
1月
1月6日	火	[第19回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月8日	木	[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月20日	火	[第10回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第20回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月22日	木	[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月26日	月	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時～17時半@実習室）
2月
2月2日	月	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時～17時半@実習室）
2月3日	火	[第21回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月5日	木	[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月17日	火	[第11回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第22回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月19日	木	[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月23日	月	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時～17時半@実習室）
3月
3月2日	月	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時～17時半@実習室）
3月4日	水	[第23回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月5日	木	[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月17日	火	[第12回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第24回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月19日	木	[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月23日	月	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(10時～12時@実習室）
		[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(15時～17時半@実習室）

＊スケジュールは変更になる場合があります。　

更新日2014.12.4

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平成26年度セミナー・イベントカレンダー

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【次回1/8開催】FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

December 19, 2014, 12:40 am

≫ Next: 【次回1/8開催】FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

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平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」を月2回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

FOCUSスパコンシステムの概要説明し、受講者には
インターネット経由でFOCUSスパコンへログイン、ジョブの投入を実習していただきます。

また、「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を同日開催いたします。

あわせての参加をご検討ください。

日　時：　

　　・【終了】 4月21日（木）　13時～15時

　　・【終了】 4月24日（木）　13時～15時

　　・【終了】 5月 8日（木）　13時～15時

　　・【終了】 5月15日（木）　13時～15時

　　・【終了】 6月 5日（木）　13時～15時

　　・【終了】 6月12日（木）　13時～15時

　　・【終了】 7月 3日（木）　13時～15時

　　・【終了】 7月17日（木）　13時～15時

　　・【終了】 8月 7日（木）　13時～15時

　　・【終了】 8月14日（木）　13時～15時

　　・【終了】 9月 4日（木）　13時～15時

　　・【終了】　9月19日（金）　13時～15時

　　・【終了】 10月 2日（木）　13時～15時

　　・【終了】 10月16日（木）　13時～15時

　　・【終了】 11月 6日（木）　13時～15時

　　・【終了】 11月13日（木）　13時～15時

　　・【終了】 12月 4日（木）　13時～15時

　　・【終了】 12月19日（金）　13時～15時

　　・【受付中】　 1月 8日（木）　13時～15時

　　・ 1月22日（木）　13時～15時

　　・ 2月 5日（木）　13時～15時

　　・ 2月19日（木）　13時～15時

　　・ 3月 5日（木）　13時～15時

　　・ 3月19日（木）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

定員 :　20名

　　※初参加者を優先とさせていただきます。

プログラム：

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催３業務日前AM10:00

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【次回1/8開催】FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

December 19, 2014, 12:41 am

≫ Next: FOCUSスパコンご利用前FAQ（PDF版）

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平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を月2回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

応用コースでは、FOCUSスパコン上での並列ジョブの実行や

FOCUSスパコンとクライアント間のデータ転送について実習していただきます。

「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」を同日開催しております。

あわせての参加をご検討ください。

日　時：　

　　・【終了】 4月21日（木）　15時～17時

　　・【終了】 4月24日（木）　15時～17時

　　・【終了】 5月 8日（木）　15時～17時

　　・【終了】 5月15日（木）　15時～17時

　　・【終了】 6月 5日（木）　15時～17時

　　・【終了】 6月12日（木）　15時～17時

　　・【終了】 7月 3日（木）　15時～17時

　　・【終了】 7月17日（木）　15時～17時

　　・【終了】 8月 7日（木）　15時～17時

　　・【終了】 8月14日（木）　15時～17時

　　・【終了】 9月 4日（木）　15時～17時

　　・【終了】 9月19日（木）　15時～17時

　　・【終了】 10月 2日（木）　15時～17時

　　・【終了】 10月16日（木）　15時～17時

　　・【終了】 11月 6日（木）　15時～17時

　　・【終了】 11月13日（木）　15時～17時

　　・【終了】 12月 4日（木）　15時～17時

　　・【終了】 12月19日（金）　15時～17時

　　・【受付中】　1月 8日（木）　15時～17時

　　・ 1月22日（木）　15時～17時

　　・ 2月 5日（木）　15時～17時

　　・ 2月19日（木）　15時～17時

　　・ 3月 5日（木）　15時～17時

　　・ 3月19日（木）　15時～17時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

定員 :　20名

　　※初参加者を優先とさせていただきます。

プログラム：

1 ジョブ実行までの流れ(実習)
1.1 ノード内並列ジョブの実行
    1.1.1 環境設定
    1.1.2 サンプルソースのコンパイル
    1.1.3 ジョブ投入するキューの選択
    1.1.4 SLURMからのノード内並列ジョブの投入
1.2 ノード間並列ジョブの実行
    1.2.1 環境設定
    1.2.2 サンプルソースのコンパイル
    1.2.3 ジョブ投入するキューの選択
    1.2.4 SLURMからのノード内並列ジョブの投入
    1.2.5 課金確認コマンド(uacct, thismonth)

2. ディスク性能の測定(実習)
2.1 /home1, /home2, /work(演算ノード)の性能比較

3. インターネット高速転送システム
3.1 SKEED Silver Bullet の利用方法
3.2 WinSCPとの転送速度比較

4. 予約システムの利用方法

5. FOCUSスパコン利用のための各種マニュアルの紹介

6. マシンルーム見学

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request［at］j-focus.or.jp （［at］を@に変更して下さい）まで、

件名を「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

↧

目次 （5.3.Webブラウザベースの使用方法）

5.3.Webブラウザベースの使用方法

5.3.1.システムへのログイン

5.3.2.ファイルのアップロード

5.3.3.ファイルのダウンロード

5.3.4.ファイルの削除

5.3.5.Webブラウザーからの専用クライアント起動

目次 （5.インターネット高速転送システムの使用方法）

5. インターネット高速転送システムの使用方法

H24年度の講習会開催報告

H24年度の講習会開催報告

目次 （4.1.キュー）

4.1.キュー

4.1.1.キューの一覧

4.1.2.キュー情報の確認方法

4.1.3.利用可能なノード数の確認方法

目次 （5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法）

5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法

5.2.1.クライアントのインストール

5.2.2.クライアントの環境設定

5.2.3.クライアントの起動

5.2.4.ファイルのアップロード

5.2.5.ファイルのダウンロード

目次　（5.3.Webブラウザベースの使用方法）

目次　（5.インターネット高速転送システムの使用方法）

5.　　　　インターネット高速転送システムの使用方法

目次　（4.1.キュー）

目次　（5.2.専用クライアント（SkeedSilverBullet GUI）の使用方法）