BioStation ハンズオンセミナー（Iｎ　FOCUSスパコン）

June 19, 2014, 7:29 pm

≫ Next: はじめに

≪ Previous: PDF版OKBiz利用の手引き

「MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナ（In　FOCUSスパコン）」を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

==================================================================

MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナ（In　FOCUSスパコン）

==================================================================

【日時】　８月６日(水）　13時～17時

【場所】　公益財団法人　計算科学振興財団　2F実習室

　　　　　　〒650-0047　兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28　計算科学センタービル1階

　　　 http://www.j-focus.or.jp/access.html　

【受講料】　無料

【定員】　　20 名

【概要】

　MIZUHO/BioStationは、フラグメント分子軌道（FMO）法に基づいてタンパク質などの大規模分子

の電子状態計算や相互作用解析を可能にした量子化学計算プログラムパッケージであり、

計算エンジンABINIT-MPと専用可視化プログラムBioStation Viewerから構成されています。

FMO法により計算された電子状態計算結果を可視化して直感的に用いることが可能であり、

リガンド化合物とタンパク質との相互作用を官能基単位で定量的に評価することができるため、

創薬における分子設計に有用な知見を得ることができます。

　FOCUSスパコンではMIZUHO/BioStationを商用アプリケーションとして導入し、2014年6月より

従量制サービスを開始致しました。本セミナーでは、FOCUSスパコンを用いてMIZUHO/BioStaionの

計算条件設定から計算実行、計算結果の評価までの一連の解析を実際に体験していただけます。

【プログラム】

13:00-14:00 　　　MIZUHO/BioStationの概要説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）MIZUHO/BioStation 機能紹介

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）MIZUHO/BioStation 解析事例紹介

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　塚本　貴志

14:00-17:00　　　MIZUHO/BioStationの操作説明と演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）一連の作業手順、操作方法、計算結果の評価方法についての説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）FOCUSスパコンを用いた演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　　・FMO計算の条件設定から実行、結果解析までの一連の作業手順

　　　　　　　　　　　　　　　　　・タンパク質とリガンド複合体のIFIE解析

　　　　　　　　　　　　　　　　　・ユーザー指定の手動フラグメントの分割方法

　　　　　　　　　　　　　　　　　・PIEDA解析による相互作用エネルギーの分解

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　北川　さや香

【申し込み方法】　

参加を希望される方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナ（In　FOCUSスパコン）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

↧

はじめに

June 25, 2014, 8:54 pm

≫ Next: 4.質問・問合せ（Q&A）の操作手順

≪ Previous: 【8/6開催】MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（Iｎ　FOCUSスパコン）

はじめに

FOCUSスパコンお問い合わせシステムOKBizとは

　FOCUSスパコンお問い合わせシステムはOKwave社の製品 OKBiz を使って構成しております。
　FOCUSスパコンの利用におけるご質問・お問い合わせを当システムで受け付け、管理することで、回答時間の向上や質問のナレッジ化を行います。
　また、蓄積されたナレッジ情報を基に「よくある質問」（ＦＡＱ形式）を公開し、利用者自身による問題解消の手助けとなるように整備を進めてまいります。

　FOCUSスパコンの利用におけるご質問・お問い合わせがございましたら、当システムよりご依頼をお願いします。

↧

4.質問・問合せ（Q&A）の操作手順

June 25, 2014, 9:02 pm

≫ Next: 【次回7/28開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)

≪ Previous: はじめに

目次
　4.1.新規お問合せ
　　　 4.1.1.回答の受取り
　　　 4.1.2.補足記事の追加
　 4.2.公開鍵の登録依頼
　 4.3.ストレージ容量の変更申請
　 4.4.計算資源の予約
　 4.5.過去の質問・問合せの検索

4.質問・依頼（Q&A）の操作手順

「質問・依頼（Q&A）」には4種類のカテゴリーを用意しております。各カテゴリーの入力操作については、各項を参照してください。

表4　質問・問合せ（Q&A）カテゴリー

カテゴリー	利用場面	参照項
問合せ	FOCUSスパコンのご質問・お問合せを行う際に利用する。	『4.1.新規お問合せ』
公開鍵登録	公開鍵の登録依頼を行う際に利用する。	『4.2.公開鍵の登録依頼』
ストレージ容量変更	ストレージ容量の変更依頼を行う際に利用する。	『4.3.ストレージ容量の変更申請』
計算資源予約	計算資源の予約を行う際に利用する。	『4.4.計算資源の予約』

▲このページの先頭へ

4.1.新規お問合せ

(1) 「質問・問合せ（Q&A）」画面にて、［質問・依頼の登録］ボタンをクリックします。

(2) カテゴリー「問合せ」を選択します。

(3) 「タイトル（要点）」「内容・備考」（お問い合わせ内容の詳細）を入力し、ファイルを添付する場合は「参照」ボタンから選択のうえ、［次へ］ボタンをクリックします。

(4) 入力内容を確認し、［登録］ボタンをクリックします。

(5) ［閲覧画面へ］ボタンをクリックします。

(6)お問い合わせ内容が表示されます。

▲このページの先頭へ

4.1.1.回答の受取り

『3.通知先メールアドレスの登録・変更』にて通知先メールアドレスを登録されている場合、下記のとおり、メールでの回答通知が受信できます。

ｘｘｘｘｘ様　(お問合せ番号：n)

このたびは、お問合せいただきまして誠にありがとうございます。

下記のとおり回答させていただきましたので、ご確認ください。

※なお、本メールにそのままご返信された場合のお問い合わせは、受け付けておりません。

この回答について、さらにお問合せ・ご意見などをお寄せいただく場合は、下記URLよりご返信くださいますようお願い申し上げます。

→ https://secure.okbiz.okwave.jp/focus/EokpControl?site=default&event=~

※お使いのメーラーの設定によっては、URLが自動改行されて正しく入力されていない可能性があります。

　アクセスできない場合は、すべての文字列をブラウザのアドレスバーに入力の上、アクセスいただけますようお願い申し上げます。

----------回答内容ここから

●回答日時

　　2014-02-05 15:28:51

●回答者

　　オペレーター管理ユーザー

●回答

．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．

----------回答内容ここまで

また、メール回答本文内のURLにアクセスすると、次の画面イメージのように回答内容をご確認いただけます。

▲このページの先頭へ

4.1.2. 補足記事の追加

登録済みの問合せ・質問内容に追記や補足を行う場合に、本手順を使います。

(1) 登録済みの問合せ・質問をクリックします。検索方法は『4.5.過去の質問・問合せの検索』を参照してください。

(2)「補足質問作成」をクリックします。

(3) 「本文」を入力し、ファイルを添付する場合は「参照」ボタンから選択のうえ、［次へ］ボタンをクリックします。

(4) 補足質問内容を確認し、［登録］ボタンをクリックします。

登録した内容が表示されます。

▲このページの先頭へ

4.2. 公開鍵の登録依頼

(1) 「質問・問合せ（Q&A）」画面にて、［質問・依頼の登録］ボタンをクリックします。

(2) カテゴリー「公開鍵登録」を選択します。

(3) 各項目を入力および選択し、［次へ］ボタンをクリックします。

タイトル（要点）	公開鍵登録依頼
アカウント	アカウント名（「u」＋“課題名”＋数字4桁）を必ず記載
公開鍵ファイル名	登録する公開鍵ファイル名（例：id_rsa.pub）
登録内容	新規登録、追加登録、上書き登録から選択
添付ファイル	公開鍵ファイルを添付する（例：id_rsa.pub）
内容・備考	一回の依頼で、複数のアカウントをまとめて登録依頼する場合は、アカウント名とファイル名を対応させた内容をこの欄へ記載してください。可能であれば一括での依頼ではなく、アカウント毎に依頼を提出してください。

(4) 登録内容を確認し、［登録］ボタンをクリックします。

(5) ［閲覧画面へ］をクリックします。

　登録した内容が表示されます。

▲このページの先頭へ

4.3. ストレージ容量の変更申請

(1) 「質問・問合せ（Q&A）」画面にて、［質問・依頼の登録］ボタンをクリックします。

(2) カテゴリー「ストレージ容量変更」を選択します。

(3) 各項目を入力および選択し、［次へ］ボタンをクリックします。

タイトル（要点）	（例）20140128ストレージ容量変更
プロジェクト	課題名
変更内容	ストレージ容量引き上げ　または　ストレージ容量引き下げ
変更希望日	（例）2014/01/30
変更後の容量	10　　※容量の単位（GB）は記載不要です。
内容・備考	（例）20140128ストレージ容量変更

(4)登録内容を確認し、［登録］ボタンをクリックします。

(5) ［閲覧画面へ］ボタンをクリックします。

　登録した内容が表示されます。

▲このページの先頭へ

4.4. 計算資源の予約

FOCUSスパコン予約システム（『予約システム　利用の手引き』(http://www.j-focus.jp/reservation/)）が使用不可の場合は、以下の手順で計算資源を予約の依頼申請をしてください。申請後、別途担当者より予約可能状況の連絡を致します。

(1) 「質問・問合せ（Q&A）」画面にて、［質問・依頼の登録］ボタンをクリックします。

(2) 質問・依頼の種別から「計算資源予約」を選択します。

(3) 各項目を入力および選択し、［次へ］ボタンをクリックします。

タイトル（要点）	（例）20140128計算資源予約
プロジェクト	課題名
利用システム	（例）A
利用開始日	（例）2014/01/30
利用終了日	（例）2014/02/28
利用日数	（例）29
ノード数	（例）1
内容・備考	（例）20140128計算資源予約

(4) 登録内容を確認し、［登録］ボタンをクリックします。

(5) ［閲覧画面へ］ボタンをクリックします。

登録した内容をご確認いただけます。

▲このページの先頭へ

4.5. 過去の質問・問合せの検索

「質問・問合せ（Q&A）」画面では、下記①~⑥の条件で過去のお問い合わせ内容を検索することが可能です。
条件を設定し、［検索］ボタンをクリックします。

①キーワード	任意のキーワードでAND、OR検索が可能です。また、「No.で検索」にチェックをつけると、お問い合わせ番号で検索が可能です。
②ソート条件	検索結果をソートして表示することが可能です。以下のソート条件に加えて、昇順、降順、10件、25件、50件の表示数を制御することが可能です。・経過時間・・・・・質問・依頼を登録してからの経過時間・No ・・・・・・・お問い合わせ番号・日時・・・・・・・質問・依頼を登録した日時・ステータス・・・・OPEN（未解決）、CLOSE（解決済み）の種別
③ステータス	すべてを表示、OPEN（未解決）、CLOSE（解決済み）で検索が可能です。
④カテゴリー	質問・依頼を登録するときに選択したカテゴリーで検索が可能です。・問合せ・・・・・・・・参照『4.1.新規お問合せ』・公開鍵登録・・・・・・参照『4.2.公開鍵の登録依頼』・ストレージ容量変更・・・参照『4.3.ストレージ容量の変更申請』・計算資源予約・・・・・参照『4.4.計算資源の予約』
⑤作成日	質問・依頼（Q&A）を登録した日時で検索が可能です。「過去6ヶ月以前の投稿も検索」にチェックをつけると、過去6ヶ月以前の登録データも検索が可能です。
⑥その他	次の指定が可能です。・最大10,000件まで検索・重複データを集約して検索・高速に検索する

画面の下方に検索結果が表示されます。

目的の問い合わせ番号をクリックすると、お問い合わせ内容をご覧いただけます。

▲このページの先頭へ

↧

【次回7/28開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)

July 2, 2014, 1:20 am

≫ Next: 【次回7/28開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編

≪ Previous: 4.質問・問合せ（Q&A）の操作手順

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　・【終了】　6月　2日（月）　15時～17時

　　・【終了】　6月30日（月）　15時～17時

　　・【受付中】　 7月28日（月）　15時～17時

　　・　 8月 4日（月）　15時～17時

　　・　 8月25日（月）　15時～17時

　　・　 9月 8日（月）　15時～17時

　　・　 9月29日（月）　15時～17時

　　・ 10月27日（月）　15時～17時

　　・ 11月25日（火）　15時～17時

　　・ 12月 8日（月）　15時～17時

　　・ 12月25日（木）　15時～17時

　　・　 1月26日（月）　15時～17時

　　・　 2月23日（月）　15時～17時

　　・　 3月　2日（月）　15時～17時

　　・　 3月　9日（月）　15時～17時

　　・　 3月23日（月）　15時～17時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

FX10実機による実習を通して、京向けのノード内チューニング手法を学習します。

内容

１．アーキテクチャ

２．並列プログミング

３．共有メモリプログラミング

４．ＯｐｅｎＭＰ

５．スレッドの同期操作

６．実行時ライブラリー

７．計算プログラム例

８．実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)」として、

以下の内容をご通知下さい。（初級編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

参加希望講習会開催日　

================================

HPCIアクセスポイント東京（東京会場）への中継：

本講習会の内容はHPCIアクセスポイント東京に生中継致します。

これまで神戸への出張をためらわれていた方は、ぜひ東京での受講をご検討下さい。

東京での受講についての申込等の情報は、RIST東京様の案内ページをご覧ください。

http://tokyo.rist.jp/ap-tokyo/events

初級編の開催：　

中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。

初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

↧

【次回7/28開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編

July 2, 2014, 1:21 am

≫ Next: 【次回7/29開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間チューニング編)

≪ Previous: 【次回7/28開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード内チューニング編)

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・【終了】　 6月　2日（月）　13時～15時

　　・【終了】　 6月30日（月）　13時～15時

　　・【受付中】　 7月28日（月）　13時～15時

　　・　 8月 4日（月）　13時～15時

　　・　 8月25日（月）　13時～15時

　　・　 9月 8日（月）　13時～15時

　　・　 9月29日（月）　13時～15時

　　・ 10月27日（月）　13時～15時

　　・ 11月25日（火）　13時～15時

　　・ 12月 8日（月）　13時～15時

　　・ 12月25日（木）　13時～15時

　　・　 1月26日（月）　13時～15時

　　・　 2月23日（月）　13時～15時

　　・　 3月　2日（月）　13時～15時

　　・　 3月　9日（月）　13時～15時

　　・　 3月23日（月）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　内　アクセスポイント神戸
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

概要 :

技術計算におけるチューニング技法の基本的な内容について講義します。

プログラム :

１．チューニングの基礎

２．コンパイルオプション

３．パフォーマンス測定方法

４．キャッシュチューニング

５．その他のチューニング

６．Ｉ／Ｏチューニング

７．チューニング手順

申し込み方法：

参加ご希望の方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編」として、

以下の内容をご通知下さい。

（中級編のノード内チューニング編、ノード間チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

================================

お名前

ご所属

ご連絡先

参加希望講習会開催日

================================

HPCIアクセスポイント東京（東京会場）への中継：

本講習会の内容はHPCIアクセスポイント東京に生中継致します。

これまで神戸への出張をためらわれていた方は、ぜひ東京での受講をご検討下さい。

東京での受講についての申込等の情報は、RIST東京様の案内ページをご覧ください。

http://tokyo.rist.jp/ap-tokyo/events

中級編の開催：

本講習会の内容を踏まえ、実習を行う

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内並列）　を開催しております。

「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間並列）　を開催しております。

こちらのご参加も合わせてご検討ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

↧

【次回7/29開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間チューニング編)

July 2, 2014, 1:21 am

≫ Next: 【次回7/17開催】FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

≪ Previous: 【次回7/28開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編

平成26年度　「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間)　を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・【終了】 6月 3日（火）　13時～16時

　　・【終了】 7月 1日（火）　13時～16時

　　・【受付中】　 7月29日（火）　13時～16時

　　・　 8月 5日（火）　13時～16時

　　・　 8月26日（火）　13時～16時

　　・　 9月 9日（火）　13時～16時

　　・　 9月30日（火）　13時～16時

　　・ 10月28日（火）　13時～16時

　　・ 11月26日（水）　13時～16時

　　・ 12月 9日（火）　13時～16時

　　・ 12月26日（金） 13時～16時

　　・　 1月27日（火）　13時～16時

　　・　 2月24日（火）　13時～16時

　　・　 3月　4日（水）　13時～16時　

　　・　 3月10日（火）　13時～16時

　　・　 3月24日（火）　13時～16時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　

　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費 :　無料

定員 :　20 名

対象者 :

・「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編受講者

・ハイブリッドモデルのプログラミング技術を取得したい方

概要 :

FX10実機による実習を通して、京向けのノード間チューニング手法を学習します。

内容

１．並列プログラム

２．メッセージ・パッシング・プログラム

３．ＭＰＩ

４．プログラム例

５．コンパイル･リンク

６．実行方法

申し込み方法：　

参加ご希望の方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「参加希望「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間チューニング編)」として、

以下の内容をご通知下さい。（初級編、ノード内チューニング編も同時に申込可能です。送付のメール内にその旨ご連絡ください）

また、実習ではFX10を利用します。利用にあたり計算資源提供元に個人情報を提示する場合がございます。

ご了承の上お申し込みください。

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

参加希望講習会開催日　

================================

HPCIアクセスポイント東京（東京会場）への中継：

本講習会の内容はHPCIアクセスポイント東京に生中継致します。

これまで神戸への出張をためらわれていた方は、ぜひ東京での受講をご検討下さい。

東京での受講についての申込等の情報は、RIST東京様の案内ページをご覧ください。

http://tokyo.rist.jp/ap-tokyo/events

初級編の開催：　

中級編である本講習会前に初級編を受講いただくことが望ましいです。

初級編の内容、申込方法等についてはこちらをご覧ください。

参加申し込み締め切り：

講習会開催 5 業務日前 AM10:00

↧

【次回7/17開催】FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

July 3, 2014, 1:24 am

≫ Next: 【次回7/17開催】FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

≪ Previous: 【次回7/29開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編(ノード間チューニング編)

平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」を月2回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

FOCUSスパコンシステムの概要説明し、受講者には
インターネット経由でFOCUSスパコンへログイン、ジョブの投入を実習していただきます。

また、「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を同日開催いたします。

あわせての参加をご検討ください。

日　時：　

　　・【終了】 4月21日（木）　13時～15時

　　・【終了】 4月24日（木）　13時～15時

　　・【終了】 5月 8日（木）　13時～15時

　　・【終了】 5月15日（木）　13時～15時

　　・【終了】 6月 5日（木）　13時～15時

　　・【終了】 6月12日（木）　13時～15時

　　・【終了】 7月 3日（木）　13時～15時

　　・【受付中】　 7月17日（木）　13時～15時

　　・ 8月 7日（木）　13時～15時

　　・ 8月14日（木）　13時～15時

　　・ 9月 4日（木）　13時～15時

　　・ 9月19日（金）　13時～15時

　　・10月 2日（木）　13時～15時

　　・10月16日（木）　13時～15時

　　・11月 6日（木）　13時～15時

　　・11月13日（木）　13時～15時

　　・12月 4日（木）　13時～15時

　　・12月19日（金）　13時～15時

　　・ 1月 8日（木）　13時～15時

　　・ 1月15日（木）　13時～15時

　　・ 2月 5日（木）　13時～15時

　　・ 2月12日（木）　13時～15時

　　・ 3月 5日（木）　13時～15時

　　・ 3月12日（木）　13時～15時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

定員 :　20名

　　※初参加者を優先とさせていただきます。

プログラム：

1 ご挨拶

2 FOCUSスパコンシステム構成
2.1 各システム(ABCDEGシステム)の特徴
2.2 各システムのノードスペック
2.3 ソフトウェア

3 システムへのログイン（実習）
3.1 鍵交換によるSSH接続
    3.1.1 TeraTermによるSSHログイン
    3.1.2 ディレクトリ構成確認
    3.1.3 クォータ確認コマンド
    3.1.4 WinSCPによるファイル転送
3.2 SSL-VPN接続
    3.2.1 cisco AnyConnect Secure Mobility Client のインストール
    3.2.2 パスワード変更
    3.3.3 TeraTermによるSSHログイン

4 ジョブ実行（実習）
4.1 環境設定
4.2 サンプルソースのコンパイル
4.3 SLURMからの逐次ジョブの投入
4.4 fjコマンドの紹介

5 利用お問合せシステムOKBizの紹介
5.1 ユーザ情報の変更
5.2 質問、作業依頼投稿方法

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

参加希望講習会開催日　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催３業務日前AM10:00

↧

【次回7/17開催】FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

July 3, 2014, 1:24 am

≫ Next: 4.7.課金確認コマンド

≪ Previous: 【次回7/17開催】FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

平成26年度　「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」を月2回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

応用コースでは、FOCUSスパコン上での並列ジョブの実行や

FOCUSスパコンとクライアント間のデータ転送について実習していただきます。

「FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）」を同日開催しております。

あわせての参加をご検討ください。

日　時：　

　　・【終了】 4月21日（木）　15時～17時

　　・【終了】 4月24日（木）　15時～17時

　　・【終了】 5月 8日（木）　15時～17時

　　・【終了】 5月15日（木）　15時～17時

　　・【終了】 6月 5日（木）　15時～17時

　　・【終了】 6月12日（木）　15時～17時

　　・【終了】 7月 3日（木）　15時～17時

　　・【受付中】　 7月17日（木）　15時～17時

　　・ 8月 7日（木）　15時～17時

　　・ 8月14日（木）　15時～17時

　　・ 9月 4日（木）　15時～17時

　　・ 9月19日（木）　15時～17時

　　・10月 2日（木）　15時～17時

　　・10月16日（木）　15時～17時

　　・11月 6日（木）　15時～17時

　　・11月13日（木）　15時～17時

　　・12月 4日（木）　15時～17時

　　・12月19日（金）　15時～17時

　　・ 1月 8日（木）　15時～17時

　　・ 1月15日（木）　15時～17時

　　・ 2月 5日（木）　15時～17時

　　・ 2月12日（木）　15時～17時

　　・ 3月 5日（木）　15時～17時

　　・ 3月12日（木）　15時～17時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

定員 :　20名

　　※初参加者を優先とさせていただきます。

プログラム：

1 ジョブ実行までの流れ(実習)
1.1 ノード内並列ジョブの実行
    1.1.1 環境設定
    1.1.2 サンプルソースのコンパイル
    1.1.3 ジョブ投入するキューの選択
    1.1.4 SLURMからのノード内並列ジョブの投入
1.2 ノード間並列ジョブの実行
    1.2.1 環境設定
    1.2.2 サンプルソースのコンパイル
    1.2.3 ジョブ投入するキューの選択
    1.2.4 SLURMからのノード内並列ジョブの投入
    1.2.5 課金確認コマンド(uacct, thismonth)

2. ディスク性能の測定(実習)
2.1 /home1, /home2, /work(演算ノード)の性能比較

3. インターネット高速転送システム
3.1 SKEED Silver Bullet の利用方法
3.2 WinSCPとの転送速度比較

4. 予約システムの利用方法

5. FOCUSスパコン利用のための各種マニュアルの紹介

6. マシンルーム見学

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

参加希望講習会開催日　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

↧

4.7.課金確認コマンド

July 4, 2014, 1:08 am

≫ Next: 平成26年度セミナー・イベントカレンダー

≪ Previous: 【次回7/17開催】FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

目次　（4.7.課金確認コマンド）

4.7.　　　課金確認コマンド
 4.7.1.　　プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth
4.7.2.　　利用者単位従量課金確認コマンド uacct
4.7.3.　　利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl

▲このページの先頭へ

4.7. 課金確認コマンド

4.7.1. プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth

基本サービスでの当月初めからの終了ジョブに対する従量課金額等の情報が得られます。
thismonth（引数無し）で当月の情報が、thismonth YYYYMM で西暦と月を与えると該当年月の情報が得られます。

【実行例１】

$ thismonth
Charge information of *** in this month.
system   njob    avg_et avg_nodes avg_procs et_nodes    charge               et_max et_np_max    np_max
A          62       0.0       5.0      60.6       9.1     641.5                  0.5      54.3      1200
B          44       0.0       1.6      20.0       1.5     152.8                  0.3       4.7        32
C          37       0.0       1.9      22.4       1.1      89.1                  0.2       5.1        48
D          44       0.1       4.4      87.7      17.2    5154.8                  2.5     202.3      1200
E          38       0.0       1.3      26.8       0.7    1806.8(    401.5)       0.2       3.1        40

TOTAL: 7845 yen

【実行例２】

$ thismonth 201404
Charge information of *** in this month.
system   njob    avg_et avg_nodes avg_procs et_nodes    charge               et_max et_np_max    np_max
A          62       0.0       5.0      60.6       9.1     641.5                  0.5      54.3      1200
B          44       0.0       1.6      20.0       1.5     152.8                  0.3       4.7        32
C          37       0.0       1.9      22.4       1.1      89.1                  0.2       5.1        48
D          44       0.1       4.4      87.7      17.2    5154.8                  2.5     202.3      1200
E          38       0.0       1.3      26.8       0.7    1806.8(    401.5)       0.2       3.1        40

TOTAL: 7845 yen

＜出力説明＞

system	システム名
njob	ジョブ数
avg_et	平均経過時間（h）
avg_nodes	平均ノード数
avg_procs	平均プロセス数
et_nodes	ノード時間（h）
charge	課金額（円） ※カッコ内はFOCUS賛助会員の価格
et_max	最大経過時間（h）
et_np_max	最大プロセスノード時間（h）
np_max	最大プロセス数

＜注意＞
トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。

▲このページの先頭へ

4.7.2. 利用者単位従量課金確認コマンド uacct

基本サービスでの終了ジョブに対する従量課金額等の情報が得られます。
uacct（引数無し）で当月の情報が、uacct YYYYMM で西暦と月を与えると該当年月の情報が得られます。

【実行例１】

$ uacct
Charge information of afse0025 in 201404 :
Computational: 7842 (Rack rate: 7842)
Items
               A:       9 nodehours, 641 yen
               B:       1 nodehours, 152 yen
               C:       1 nodehours, 89 yen
               D:      17 nodehours, 5154 yen
               E:       0 nodehours, 1806 yen (401 yen)
=====================================================
Total charge : 7842

【実行例２】

$ uacct 201404
Charge information of afse0025 in 201404 :
Computational: 7842 (Rack rate: 7842)
Items
               A:       9 nodehours, 641 yen
               B:       1 nodehours, 152 yen
               C:       1 nodehours, 89 yen
               D:      17 nodehours, 5154 yen
               E:       0 nodehours, 1806 yen (401 yen)
=====================================================
Total charge : 7842

＜出力説明＞

Computational:	演算ノード課金額
Rack rate:	演算ノード割引前課金
Items	内訳
A :	A システムノード時間、課金額
B :	B システムノード時間、課金額
C :	C システムノード時間、課金額
D :	D システムノード時間、課金額
E :	E システムノード時間、課金額　 ※カッコ内はFOCUS賛助会員の価格
Total charge	合計課金額

＜注意＞
トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。

▲このページの先頭へ

4.7.3. 利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl

Gaussian 09, MIZUHO/Biostation, Parallel CONFLEXの従量課金額等の情報が得られます。
uacct_apl（引数無し）で当月の情報が、uacct_apl YYYYMMで西暦と月を与えると該当年月の情報が得られます。

【実行例１】

$ uacct_apl
Charge information of uits0022 in 201407 :
Computational: 340 (Rack rate: 340)
Items
        Gaussian 09:       2 nodehours, 337 yen
MIZUHO/Biostation:       0 nodehours, 3 yen
   Parallel CONFLEX:       0 nodehours, 0 yen
=====================================================
Total charge : 340

【実行例２】

$ uacct_apl 201406
Charge information of uits0022 in 201406 :
Computational: 54 (Rack rate: 54)
Items
        Gaussian 09:       0 nodehours, 51 yen
MIZUHO/Biostation:       0 nodehours, 1 yen
   Parallel CONFLEX:       0 nodehours, 2 yen
=====================================================
Total charge : 54

＜出力説明＞

Computational:	課金額
Rack rate:	割引前課金
Items	内訳
Gaussian 09 :	Gaussian 09 ノード時間、課金額
MIZUHO/Biostation :	MIZUHO/Biostation ノード時間、課金額
Parallel CONFLEX :	Parallel CONFLEX ノード時間、課金額
Total charge	合計課金額

＜注意＞
トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。

▲このページの先頭へ

↧

平成26年度セミナー・イベントカレンダー

July 7, 2014, 12:33 am

≫ Next: NAMD

≪ Previous: 4.7.課金確認コマンド

実習室　：計算科学センタービル２F実習室
セミナー室　：計算科学センタービル２Fセミナー室

アクセスポイント神戸　：計算科学センタービル内アクセスポイント神戸

　　　有料セミナー　　

日付		イベント（FOCUS関係：主催、共催、後援等）
4月
4月8日	水	[第1回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（14時〜15時@アクセスポイント神戸）
4月18日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
4月21日	月	[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月22日	火	[第1回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第2回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
4月24日	木	[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月25日	金	HPCサーバーゲートウェイ『CCNV Suite1 V1.2』無料体験セミナーｂｙヴァイナス
5月
5月7日	水	[第3回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月8日	木	[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月15日	木	[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月16日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
5月20日	火	[第2回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第4回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月30日	金	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
6月
6月2日	月	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
6月3日	火	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
		[第5回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月5日	木	[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月6日	金	Abaqus無料体験セミナーby CAEソリューションズ（13時〜16時45分@実習室）
6月12日	木	[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月17日	火	[第3回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第6回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月20日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
6月25日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時30分～17時@実習室）
6月27日	金	CONFLEX&Gaussian講習会 by コンフレックス（13時～17時@実習室）
6月30日	月	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月
7月１日	火	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
7月3日	木	[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月8日	火	[第7回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
7月11日	金	OpneFOAM応用講座ｂｙ CAEソリューションズ(９時～１７時＠実習室）
7月17日	木	[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月22日	火	[第4回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第8回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
７月23日	水	XcalableMP利用講習会初級編 by 理研 AICS （10時～16時@実習室）
７月24日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
７月28日	月	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月29日	火	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室
7月31日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
8月
8月1日	金	インテル® Xeon Phi™ コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習　ｂｙ　インテル株式会社（13時～16時45分＠実習室）
8月4日	月	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS　（15時〜17時@実習室）
8月5日	火	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編）by FOCUS　（13時〜16時@実習室）
		[第9回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月6日	水	FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStation利用講習会（13時～17時＠実習室）
8月7日	木	[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月14日	木	[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月19日	火	[第5回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第10回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月22日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
8月25日	月	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月26日	火	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
9月
9月3日	水	NTChem講習会　ｂｙ　理研（＠実習室）
9月4日	木	[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月5日	金	Gaussian講習会(応用編) by コンフレックス（@実習室）
9月8日	月	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月9日	火	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第11回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月12日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
9月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（@実習室）
9月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
9月19日	金	[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月24日	水	[第6回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第12回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月29日	月	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月30日	火	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
10月
10月2日	木	[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月7日	火	[第13回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月16日	木	[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月21日	火	[第7回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第14回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月27日	月	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
10月28日	火	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
11月
11月4日	火	[第15回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月6日	木	[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月13日	木	[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月18日	火	[第8回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第16回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月25日	火	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
11月26日	水	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
12月
12月4日	木	[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月8日	月	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
12月9日	火	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第17回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時半～17時@実習室）
12月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
12月19日	金	[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月23日	火	[第9回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第18回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月25日	木	[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
12月26日	金	[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
1月
1月6日	火	[第19回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月8日	木	[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月15日	木	[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月20日	火	[第10回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第20回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月26日	月	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
1月27日	火	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
2月
2月2日	月	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
2月3日	火	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第21回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月5日	木	[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月12日	木	[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月17日	火	[第11回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第22回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月23日	月	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
2月24日	火	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
3月
3月2日	月	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
3月4日	水	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第23回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月5日	木	[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月12日	木	[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月17日	火	[第12回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第24回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月23日	月	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
3月24日	火	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）

＊スケジュールは変更になる場合があります。　

更新日2014.7.7

ＰＤＦファイル

平成26年度セミナー・イベントカレンダー

ダウンロードはこちらから

↧

NAMD

July 9, 2014, 9:26 pm

≫ Next: 【次回7/22開催】HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

≪ Previous: 平成26年度セミナー・イベントカレンダー

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク (作成日 2014/07/10)

ベンチマーク測定条件

•評価対象NAMD version 2.9

インテルコンパイラとMPIを利用

インストールパス

/home1/share/namd/2.9/intel/impi/NAMD_2.9_Linux-x86_64-MPI

サンプルスクリプト

/home1/share/namd/2.9/PARALLEL_intel_impi_fjsub_sample.sh

•測定環境

通常運用中のFOCUSスパコンA,Dシステム

他のジョブが存在するため共用資源（Ethernet、InfiniBand、共用ストレージ等）の干渉有り。

複数回の測定を行い影響を小さくした。

初回の起動時と2回目以降で実行モジュール等のディスクキャッシュインの差があるため初回起動時の測定値は除外

•ベンチマーク測定系

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/で公開されている以下を使用

ApoA1 benchmark (92,224 atoms, periodic, PME)

STMV (virus) benchmark (1,066,628 atoms, periodic, PME)

実行経過時間（秒）

実行経過時間からFOCUSの共用ディレクトリのNAMDについては

DシステムはAシステムの最大1.8倍高速、並列数が増えるにつれて差が縮小

並列速度向上率

APOA1はSTMVより系が小さいため並列速度向上率が16並列を超えた当たりから劣化

STMVでは64並列を超えた当たりから劣化

計算コスト

平成２６年度のFOCUSスパコンの課金単価により算出

コストだけならばAPOA1, STMVの両方でAシステムの方が計算コストが低い

コストパフォーマンスという点では12並列〜64並列の範囲が良好

コスト比・速度比

計算が早く終わることを評価：cost(A)/cost(D) *et(A)/et(D)

赤枠の中がＤシステムが良好なコストパフォーマンスを示す。

PDFファイル

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク(PDFファイル）

↧

【次回7/22開催】HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

July 10, 2014, 7:45 pm

≫ Next: 【8/6開催】MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（Iｎ　FOCUSスパコン）

≪ Previous: NAMD

平成25年度　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会を
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

日　時：　

　　・【終了】　４月　８日（火）　１４時～１５時

　　・【終了】　４月２２日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月　７日（水）　１６時～１７時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月　３日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　６月１７日（火）　１６時～１７時

　　・【終了】　７月　８日（火）　１６時～１７時

　　・【受付中】　　７月２２日（火）　１６時～１７時

　　・　８月　５日（火）　１６時～１７時

　　・　８月１９日（火）　１６時～１７時

　　・　９月　９日（火）　１６時～１７時

　　・　９月２４日（水）　１６時～１７時

　　・１０月　７日（火）　１６時～１７時

　　・１０月２１日（火）　１６時～１７時

　　・１１月　４日（火）　１６時～１７時

　　・１１月１８日（火）　１６時～１７時

　　・１２月　９日（火）　１６時～１７時

　　・１２月２３日（火）　１６時～１７時

　　・　１月　６日（火）　１６時～１７時

　　・　１月２０日（火）　１６時～１７時

　　・　２月　３日（火）　１６時～１７時

　　・　２月１７日（火）　１６時～１７時

　　・　３月　４日（水）　１６時～１７時

　　・　３月１７日（火）　１６時～１７時

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

参加費：　無料

概要：

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会では、スーパーコンピュータ「京」及び
「京」以外のHPCIの産業利用拠点として整備されたHPCIアク セスポイント神戸
の概要紹介と利用手続きの流れ、利用方法について簡潔にご紹介致します。
 1回の講習会での最大定員は１０名とし、可能な限り５名以下の受講者を対象と
した手厚い講習を心がけております。「京」やHPCIのアカウントをお持ちの方に
は2室の作業用個室で実際に10ギガビットイーサネット経由で毎秒1ギガバイトの
データ転送を実現するにはどう言った点に注意すれば良いか等を実習しながら学
んでいただきます。

HPCIアクセスポイント神戸利用講習会プログラム
１）HPCIアクセスポイント神戸の概要
　1.1 設置目的
　1.2 紹介・申請・予約状況Webページ
　1.3 ネットワークと機器概要
　1.4 データ転送性能例
２）利用の流れ
　2.1 利用者登録申請
　2.2 利用許可申請　
３）ネットワークと機器と利用方法
　3.1 機器の特徴
　3.2 ネットワークの種類と特徴
　3.3 機器とデータ転送方法
　3.4 プリポストソフトウェアの起動方法
　　3.4.1 AVS/Express PCE
　　3.4.2 Pointwise
　　3.4.3 FieldView
　　3.4.3 Ensight DR
４）質疑応答

申し込み方法:

参加ご希望の方は、　request@j-focus.or.jp まで、

件名を「参加希望　HPCIアクセスポイント神戸利用講習会」として、

以下の内容をご通知下さい。

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

参加希望講習会開催日　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催2業務日前AM10:00

↧

【8/6開催】MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（Iｎ　FOCUSスパコン）

July 16, 2014, 12:42 am

≫ Next: 【7/23開催】XcalableMP利用講習会　初級編 by 理研AICS

≪ Previous: 【次回7/22開催】HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

「MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナ（In　FOCUSスパコン）」を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

==================================================================

MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナ（In　FOCUSスパコン）

==================================================================

【日時】　８月６日(水）　13時～17時

【場所】　公益財団法人　計算科学振興財団　

　　　　　　〒650-0047　兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28　計算科学センタービル　2F実習室

　　　 http://www.j-focus.or.jp/access.html　

【主催】　　公益財団法人　計算科学振興財団

【受講料】　無料

【定員】　　20 名

【概要】

　MIZUHO/BioStationは、フラグメント分子軌道（FMO）法に基づいてタンパク質などの大規模分子

の電子状態計算や相互作用解析を可能にした量子化学計算プログラムパッケージであり、

計算エンジンABINIT-MPと専用可視化プログラムBioStation Viewerから構成されています。

FMO法により計算された電子状態計算結果を可視化して直感的に用いることが可能であり、

リガンド化合物とタンパク質との相互作用を官能基単位で定量的に評価することができるため、

創薬における分子設計に有用な知見を得ることができます。

　FOCUSスパコンではMIZUHO/BioStationを商用アプリケーションとして導入し、2014年6月より

従量制サービスを開始致しました。本セミナーでは、FOCUSスパコンを用いてMIZUHO/BioStaionの

計算条件設定から計算実行、計算結果の評価までの一連の解析を実際に体験していただけます。

【プログラム】

13:00-14:00 　　　MIZUHO/BioStationの概要説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）MIZUHO/BioStation 機能紹介

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）MIZUHO/BioStation 解析事例紹介

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　塚本　貴志

14:00-17:00　　　MIZUHO/BioStationの操作説明と演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　（1）一連の作業手順、操作方法、計算結果の評価方法についての説明

　　　　　　　　　　　　　　　　（2）FOCUSスパコンを用いた演習課題の実践

　　　　　　　　　　　　　　　　　・FMO計算の条件設定から実行、結果解析までの一連の作業手順

　　　　　　　　　　　　　　　　　・タンパク質とリガンド複合体のIFIE解析

　　　　　　　　　　　　　　　　　・ユーザー指定の手動フラグメントの分割方法

　　　　　　　　　　　　　　　　　・PIEDA解析による相互作用エネルギーの分解

　　　　　　　　　　　-講師-

　　　　　　　　　　　　　　　みずほ情報総研株式会社

　　　　　　　　　　　　　　　サイエンスソリューション部　バイオエンジニアリングチーム

　　　　　　　　　　　　　　　コンサルタント　北川　さや香

【申し込み方法】　

参加を希望される方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナ（In　FOCUSスパコン）」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

================================

参加申し込み締め切り：

８月１日（金）AM10:00

↧

【7/23開催】XcalableMP利用講習会　初級編 by 理研AICS

July 16, 2014, 11:50 pm

≫ Next: 【次回8/19開催】FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

≪ Previous: 【8/6開催】MIZUHO/BioStation ハンズオンセミナー（Iｎ　FOCUSスパコン）

第1回　XcalableMP利用講習会初級編を下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主　催：　理化学研究所　計算科学研究機構（AICS）

日　時：　7月23日（水） 10:00～16:00　

場　所： 　公益財団法人　計算科学振興財団　

　　　　　　　　〒650-0047　兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28　計算科学センタービル 2F実習室

　　　 http://www.j-focus.or.jp/access.html　

参加費： 無料

定　員：　20名

対象者：　逐次プログラムから並列プログラムへの移行を検討されている方
                  　並列プログラム開発の生産性向上に関心のある方
                  　並列プログラミング言語に関心のある方
                  　但し、対象者の方は以下の条件を満たす必要あり。
                 　 FortranもしくはC言語について、ある程度の知識とプログラミング経験を有すること。
                     UNIX環境の利用経験があること。

概　要： 分散並列システム向けの新しい並列プログラミング言語XcalableMPの講習会を行います。
               XcalableMPは、C、Fortranで書かれた逐次プログラムにコメントによる指示文を加えることにより、
               プログラムを並列化できる言語です。
               本講習会では、XcalableMPを使った簡単な並列プログラム作成と実行まで行い、XcalableMPによる
               並列プログラム開発の容易さを体験していただきます。
               hands-onの題材には、並列計算で典型的な計算手法であるステンシル計算と、不規則なデータ分散
               にも対応可能なCoarray機能を使用した計算を扱います。

プログラム：

10:00 - 10:10 イントロダクション

10:10 - 11:30　XcalableMPの概要説明

11:30 - 11:45　受講者環境の準備

11:45 - 13:00　昼休憩

13:00 - 14:15　計算機実習1

　-- ラプラス方程式を例としたステンシル計算に対する

　　　　　　　　XcalableMPプログラムの作成と実行--

14:15 - 14:30　休憩

14:30 - 15:45　計算機実習2

-- 行列積を例にXcalableMPのCoarray機能を用いた

　　　　　　　　XcalableMPプログラムの作成と実行--

15:45 - 16:00　Q & A

申込方法：

参加ご希望の方は、　aics-soft-seminar@riken.jp まで、

件名を「参加希望　XcalableMP利用講習会初級編 by 理研AICS」として、

以下の内容をご通知下さい。

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

--以下では該当するものだけ残してください--

利用経験のある言語：

C, Fortran, 他

利用経験のある並列プログラミング：

MPI, OpenMP, OpenACC, CUDA, 他

Focusスパコンの利用経験：有　無

================================

↧

【次回8/19開催】FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

July 17, 2014, 5:39 pm

≫ Next: 4.4.ジョブ投入スクリプトの作成

≪ Previous: 【7/23開催】XcalableMP利用講習会　初級編 by 理研AICS

平成26年度　「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」を月1回
下記の内容にて催しますのでご案内いたします。

主催 :　公益財団法人　計算科学振興財団 (FOCUS)

日　時：　

　　・【終了】　４月２２日（火）　１４時～１６時

　　・【終了】　５月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・【終了】　６月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・【受付終了】　７月２２日（火）　１４時～１６時　

　　・【受付中】　８月１９日（火）　１４時～１６時　

　　・　９月２４日（水）　１４時～１６時　

　　・１０月２１日（火）　１４時～１６時　

　　・１１月１８日（火）　１４時～１６時　

　　・１２月２３日（火）　１４時～１６時　

　　・　１月２０日（火）　１４時～１６時　

　　・　２月１７日（火）　１４時～１６時　

　　・　３月１７日（火）　１４時～１６時　

場　所：　高度計算科学研究支援センター(計算科学センタービル)　2F 実習室
　　　　http://www.j-focus.or.jp/access.html

受講料:

　　　　　賛助会員　　　10,500円

　　　　　一般　　　　　　21,000円

※　受講料は、講習会終了後に請求書をお送りいたしますので、指定の口座にお振込みをお願いいたします。

定員 :　20 名

概要:

　FOCUSスパコンを実際に利用しながら、より少ない計算時間で正しい Gaussian 09 の計算結果を得るためのノウハウを身につけていただくことを目的とします。

　一例として、CacheSize オプションの指定では最良と最悪のケースで実行時間が3割異なる場合がありました。

　これらのノウハウを身につけることでFOCUS スパコンと Gaussian 09 の利用料を受講料以上節約していただけるようになることを期待しております。

プログラム:

0. SLURMを利用したGaussian 09 の実行方法

1. ノード内並列の効率的実行方法

1-1 並列数（%Nprocshared=）とメモリ指定（%mem=）

1-2 CacheSizeオプション

1-3 構造最適化からの振動数計算の手続き

2. Linda を用いたノード間並列の効率的実行方法

2-1 Linda 並列を実行する際のLSF スクリプト

2-2 プロセス数の %LindaWorker の指定と %Nprocshared の指定への割り振り

2-3 Model・property による Linda 並列の有効性

3. SCF が収束しない場合の対処法

4. 構造最適化が収束しない場合の対処法

5. 質疑応答

講習会資料サンプル

申し込み方法：　

参加を希望される方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名を「FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会」として、

以下の内容をご通知下さい。　

================================

お名前　

ご所属　

ご連絡先　

参加希望講習会開催日　

================================

参加申し込み締め切り：

講習会開催3業務日前AM10:00

H24年度の講習会開催報告

【7月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【6月26日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【5月22日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

【4月24日】　FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

↧

4.4.ジョブ投入スクリプトの作成

July 17, 2014, 7:52 pm

≫ Next: 平成26年度 FOCUS主催講習会の申込に関して

≪ Previous: 【次回8/19開催】FOCUSスパコンでのGaussian 09 利用講習会

目次　（4.4.ジョブ投入スクリプトの作成）

4.4.　　　ジョブ投入スクリプトの作成
 4.4.1.　　処理方法の指定
 4.4.2.　　sbatchオプション
 4.4.3.　　環境変数
 4.4.4.　　逐次ジョブを実行する場合
 4.4.5.　　スレッド並列ジョブを実行する場合
 4.4.6.　　MPIプログラム（openMPI）を実行する場合
 4.4.7.　　MPIプログラム（Intel MPI）を実行する場合
 4.4.8.　　MPIプログラム（mpich2）を実行する場合

▲このページの先頭へ

4.4. ジョブ投入スクリプトの作成

ジョブ投入のためのジョブ投入スクリプトを作成します。

4.4.1. 処理方法の指定

ジョブ投入スクリプトの中で“#SBATCH”で始まる行にsbatch オプションを記述すると、処理方法を指定することができます。

▲このページの先頭へ

4.4.2. sbatch オプション

主なsbatch オプションを次に示します。
表 4.4.2 sbatch オプション

ジョブ投入スクリプトのディレクティブ	#SBATCH
キュー（パーティション）指定	-p [queue]
実行ノード数（並列数の指定）	-N [minnodes[-maxnodes]], --nodes=[minnodes[-maxnodes]]
CPU 数の指定（プロセス数の指定）	-n [number], --ntasks=[number]
実行時間の上限指定（wall time）	-t [minutes], --time=[minutes] -t [minutes:seconds], --time=[minutes:seconds] -t [hours:minutes:seconds], --time=[hours:minutes:seconds] -t [days-hours], --time=[days-hours] -t [days-hours:minutes], --time=[days-hours:minutes] -t [days-hours:minutes:seconds], --time=[days-hours:minutes:seconds]
出力ファイル指定	-o [filename], --output=[filename]
エラー出力指定	-e [filename], --error=[filename]
出力・エラー出力の総合出力	（-e 指定無しで-o を使用）
イベント通知	--mail-type=[type] ※type はBEGIN, END, FAIL, REQUEUE, ALL のいずれか
メールアドレス指定	--mail-user=[address]
ジョブ再投入	--requeue または --no-requeue（未指定時は--no-requeue）
実行ディレクトリ指定	--workdir=[dir_name]
メモリサイズ指定	--mem=[mem][M\|G\|T] OR --mem-per-cpu=[mem][M\|G\|T]
ノード当たりのタスク数指定	--tasks-per-node=[count]
CPU 当たりのタスク数指定	--cpus-per-task=[count]
依存ジョブ	--dependency=[type:job_id] type には次の依存タイプを指定できます。 after 指定したジョブが開始された後に、このジョブが実行されます。 afterany 指定したジョブが終了した後に、このジョブが実行されます。 afternotok 指定したジョブが異常終了した後に、このジョブが実行されます。 afterok 指定したジョブが正常終了した後に、このジョブが実行されます。同じ依存タイプに複数のジョブID を紐付ける場合は、コロン（:）で区切ります。 #SBATCH --dependency=type:job_id: job_id 複数の依存関係（依存タイプとジョブID の組み合わせ）を指定する場合は、依存関係の間をカンマ（,）で区切ります。 #SBATCH --dependency=type:job_id,type:job_id
ジョブのプロジェクト化	--wckey=[name]
ジョブ実行ホストの詳細	--nodelist=[nodes] AND/OR --exclude=[nodes]
アレイジョブ	--array=[array_spec]
開始時間指定	--begin=YYYY-MM-DD[THH:MM[:SS]]

▲このページの先頭へ

4.4.3. 環境変数

sbatch コマンド実行時、ジョブ実行時に環境変数が設定されます。設定される主な環境変数を示します。
表 4.4.3 環境変数

環境変数	内容
SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE	ジョブ実行に使用されるホストとプロセス数のリスト
SLURM_JOB_ID	ジョブID
SLURM_JOB_NAME	fjsub –N やsbatch -J で指定したジョブ名。ジョブ名を指定していない場合は、実際に指定されたコマンド列が格納されます。
SLURM_JOB_NODELIST	ジョブが実行されるホスト名のリスト
SLURM_NTASKS	sbatch –n(または ––ntasks)で指定したプロセス数
SLURM_SUBMIT_DIR	ジョブが投入されたカレントディレクトリ

▲このページの先頭へ

4.4.4. 逐次ジョブを実行する場合

逐次（並列計算を行わない方式）で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash #SBATCH -p d024h ･･････････ (1) #SBATCH -n 1 ･･････････ (2) #SBATCH -J test_serial ･･････････ (3) #SBATCH -o stdout.%J ･･････････ (4) #SBATCH -e stderr.%J ･･････････ (5) ./a.out ･･････････ (6)

(1) パーティション名（キュー名）を指定します。
(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。
逐次ジョブの場合、プロセス数は1 となりますので、指定値は“-n 1”を指定します。
(3) ジョブ名を指定します。
(4) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。
(5) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。
(6) プログラム（a.out）を実行します。

▲このページの先頭へ

4.4.5. スレッド並列ジョブを実行する場合

スレッド並列（単体ノードで並列計算を行う方式）でジョブを実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash #SBATCH -p d024h ･･････････ (1) #SBATCH -n 20 ･･････････ (2) #SBATCH -N 1 ･･････････ (3) #SBATCH -J test_openmp ･･････････ (4) #SBATCH -o stdout.%J ･･････････ (5) #SBATCH -e stderr.%J ･･････････ (6) export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_NTASKS} ･･････････ (7) ./a.out ･･････････ (8) RETCODE=$? exit ${RETCODE} ･･････････ (9)

(1) パーティション名（キュー名）を指定します。
(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。
上記の例では、20 プロセスで実行するために-n 20 を指定しています。
(3) 20 プロセスを1 ノード上で確保する必要があるため、“-N 1”を指定します。これにより、1 ノード上で20 プロセスを確保できるノードにジョブが割り当てられます。
(4) ジョブ名を指定します。
(5) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。
(6) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。
(7) 環境変数 OMP_NUM_THREADS にスレッド数を指定します。
(8) プログラム（a.out）を実行します。
(9) プログラムの戻り値をSLURM に戻します。

▲このページの先頭へ

4.4.6. MPI プログラム（openMPI）を実行する場合

プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式）のジョブをOpenMPI で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

下記スクリプトでは、Dシステムにて2ノード（1ノードあたり2プロセス）のジョブが生成されます。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h ･･････････ (1)
#SBATCH -n 40 ･･････････ (2)
#SBATCH -J test_openmpi ･･････････ (3)
#SBATCH -o stdout.%J.log ･･････････ (4)
#SBATCH -e stderr.%J.log ･･････････ (5)
module load gnu/openmpi165 ･･････････ (6)
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out ･･････････ (7)
RETCODE=$?
exit ${RETCODE} ･･････････ (8)

(1) パーティション名（キュー名）を指定します。
(2) ジョブで使用するプロセス数（-n もしくは--ntasks=<number>）を指定します。
(3) ジョブ名を指定します。
(4) 標準出力ファイルを指定します。％J はジョブID に変換されます。
(5) 標準エラー出力ファイルを指定します。%J はジョブID に変換されます。
(6) MPI 環境変数をセットします。
(7) プログラム（a.out）を実行します。
(8) プログラムの戻り値をSLURM に戻します。

上記(6)については、次の実行方法があります。

標準GNU コンパイラー (GNU 4.4.7)	OpenMPI	module load gnu/openmpi165
	MPICH2	module load gnu/mpich2141p1
	IntelMPI	module load impi411
GNU4.8.2 コンパイラー	OpenMPI	module load PrgEnv-gnu482 module load gnu/openmpi165
	MPICH2	module load PrgEnv-gnu482 module load gnu/mpich2141p1
	IntelMPI	module load PrgEnv-gnu482 module load impi411
Intel コンパイラー	OpenMPI	module load PrgEnv-intel module load intel/openmpi165
	MPICH2	module load PrgEnv-intel module load intel/mpich2141p1
	IntelMPI	module load PrgEnv-intel module load impi411
PGI コンパイラー	OpenMPI	module load PrgEnv-pgi module load pgi/openmpi165
PGI コンパイラー	MPICH2	module load PrgEnv-pgi module load pgi/mpich2141p1

▲このページの先頭へ

4.4.7. MPI プログラム（Intel MPI）を実行する場合

プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式）のジョブをIntelMPI で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash #SBATCH -p d024h #SBATCH -n 40 #SBATCH -J test_intelmpi #SBATCH -o stdout.%J.log #SBATCH -e stderr.%J.log module load PrgEnv-intel module load impi411 mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out

(注) インテルコンパイラで作成された実行ファイルを実行する場合、ジョブ投入スクリプト内に

module load PrgEnv-intel
module load impi411

の行を記載する必要があります。

▲このページの先頭へ

4.4.8. MPI プログラム（mpich2）を実行する場合

プロセス並列（複数のノードで並列計算を行う方式)のジョブをPGI コンパイラで作成したMPI プログラム(mpich2)で実行する時に作成するジョブ投入スクリプトの例を示します。

#!/bin/bash
#SBATCH -p d024h
#SBATCH -n 40
#SBATCH -J test_pgi
#SBATCH -o stdout.%J.log
#SBATCH -e stderr.%J.log
module load PrgEnv-pgi
module load pgi/mpich2141p1
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ./a.out

(注) PGI コンパイラが用意するmpich2 環境を利用し、PGI コンパイラで作成された実行ファイルを実行する場合、ジョブ投入スクリプト内に

module load PrgEnv-pgi
module load pgi/mpich2141p1

の行を記載する必要があります。

▲このページの先頭へ

↧

平成26年度 FOCUS主催講習会の申込に関して

July 21, 2014, 7:45 pm

≫ Next: 4.7.課金確認コマンド

≪ Previous: 4.4.ジョブ投入スクリプトの作成

計算科学振興財団にて開催の以下の講習会に参加を希望される方は、request@j-focus.or.jp まで、

件名に講習会タイトルをご記入いただき、参加者情報をご通知下さい。　

================================

フリガナ：

お名前：　

ご所属：　

ご連絡先：　

参加希望講習会開催日：　

================================

１、FOCUSスパコン利用講習会（基本コース）

　　（毎月2回、第1、第3週木曜日開催、無料）

２、FOCUSスパコン利用講習会（応用コース）

　　（毎月2回、第1、第3週木曜日開催、無料）

３、HPCIアクセスポイント神戸利用講習会

　　（毎月2回、第2、第4火曜日開催、無料）

４、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　初級編

　　　　（年16回、第5週月曜日び６、９、１２、３月第2月曜日開催、無料）

５、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　中級編（ノード内チューニング編）

　　　（年16回、第5週月曜日及び６、９、１２、３月第2月曜日開催、無料）

６、「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会　中級編（ノード間チューニング編）

　　　　（年16回、第5週火曜日び６、９、１２、３月第2火曜日開催、無料）

７、FOCUSスパコンでのGaussian利用講習会

　　（毎月1回、第４火曜日開催、有料）

８、MIZUHO/BioStationハンズオンセミナー（In　FOCUSスパコン）

　　(８月６日（水）１３時～１７時開催、無料)

開催日は変更になっている場合がございます。詳しい日程については　イベント・セミナーカレンダー　または各講習会のリンクにてご確認ください。

講習会の内容については過去の講習会の開催報告をご覧ください。

↧

4.7.課金確認コマンド

July 22, 2014, 7:27 pm

≫ Next: NAMD

≪ Previous: 平成26年度 FOCUS主催講習会の申込に関して

目次　（4.7.課金確認コマンド）

4.7.　　　課金確認コマンド
 4.7.1.　　プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth
4.7.2.　　利用者単位従量課金確認コマンド uacct
4.7.3.　　利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl
4.7.4.　　課金確認コマンドの情報反映タイミング

▲このページの先頭へ

4.7. 課金確認コマンド

4.7.1. プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth

【実行例１】

$ thismonth Charge information of *** in this month. system njob avg_et avg_nodes avg_procs et_nodes charge et_max et_np_max np_max A 62 0.0 5.0 60.6 9.1 641.5 0.5 54.3 1200 B 44 0.0 1.6 20.0 1.5 152.8 0.3 4.7 32 C 37 0.0 1.9 22.4 1.1 89.1 0.2 5.1 48 D 44 0.1 4.4 87.7 17.2 5154.8 2.5 202.3 1200 E 38 0.0 1.3 26.8 0.7 1806.8( 401.5) 0.2 3.1 40 TOTAL: 7845 yen

【実行例２】

$ thismonth 201404 Charge information of *** in this month. system njob avg_et avg_nodes avg_procs et_nodes charge et_max et_np_max np_max A 62 0.0 5.0 60.6 9.1 641.5 0.5 54.3 1200 B 44 0.0 1.6 20.0 1.5 152.8 0.3 4.7 32 C 37 0.0 1.9 22.4 1.1 89.1 0.2 5.1 48 D 44 0.1 4.4 87.7 17.2 5154.8 2.5 202.3 1200 E 38 0.0 1.3 26.8 0.7 1806.8( 401.5) 0.2 3.1 40 TOTAL: 7845 yen

＜出力説明＞

system	システム名
njob	ジョブ数
avg_et	平均経過時間（h）
avg_nodes	平均ノード数
avg_procs	平均プロセス数
et_nodes	ノード時間（h）
charge	課金額（円） ※カッコ内はFOCUS賛助会員の価格
et_max	最大経過時間（h）
et_np_max	最大プロセスノード時間（h）
np_max	最大プロセス数

＜注意＞
トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。

▲このページの先頭へ

4.7.2. 利用者単位従量課金確認コマンド uacct

【実行例１】

$ uacct Charge information of afse0025 in 201404 : Computational: 7842 (Rack rate: 7842) Items A: 9 nodehours, 641 yen B: 1 nodehours, 152 yen C: 1 nodehours, 89 yen D: 17 nodehours, 5154 yen E: 0 nodehours, 1806 yen (401 yen) ===================================================== Total charge : 7842

【実行例２】

$ uacct 201404 Charge information of afse0025 in 201404 : Computational: 7842 (Rack rate: 7842) Items A: 9 nodehours, 641 yen B: 1 nodehours, 152 yen C: 1 nodehours, 89 yen D: 17 nodehours, 5154 yen E: 0 nodehours, 1806 yen (401 yen) ===================================================== Total charge : 7842

＜出力説明＞

Computational:	演算ノード課金額
Rack rate:	演算ノード割引前課金
Items	内訳
A :	A システムノード時間、課金額
B :	B システムノード時間、課金額
C :	C システムノード時間、課金額
D :	D システムノード時間、課金額
E :	E システムノード時間、課金額　 ※カッコ内はFOCUS賛助会員の価格
Total charge	合計課金額

＜注意＞
トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。

▲このページの先頭へ

4.7.3. 利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl

【実行例１】

$ uacct_apl Charge information of uits0022 in 201407 : Computational: 340 (Rack rate: 340) Items Gaussian 09: 2 nodehours, 337 yen MIZUHO/Biostation: 0 nodehours, 3 yen Parallel CONFLEX: 0 nodehours, 0 yen ===================================================== Total charge : 340

【実行例２】

$ uacct_apl 201406 Charge information of uits0022 in 201406 : Computational: 54 (Rack rate: 54) Items Gaussian 09: 0 nodehours, 51 yen MIZUHO/Biostation: 0 nodehours, 1 yen Parallel CONFLEX: 0 nodehours, 2 yen ===================================================== Total charge : 54

＜出力説明＞

Computational:	課金額
Rack rate:	割引前課金
Items	内訳
Gaussian 09 :	Gaussian 09 ノード時間、課金額
MIZUHO/Biostation :	MIZUHO/Biostation ノード時間、課金額
Parallel CONFLEX :	Parallel CONFLEX ノード時間、課金額
Total charge	合計課金額

＜注意＞
トライアルユース額は反映されておりません。また、実行中のジョブは結果に反映されません。

▲このページの先頭へ

4.7.4. 課金利用コマンドの情報反映タイミング

課金確認コマンドは、ジョブ実行履歴データを利用して課金計算を行っています。
ジョブ実行履歴データは毎日0時の時点で終了しているジョブを反映します。
その為、課金コマンドを実行するタイミングにより課金計算に含まれないジョブが存在する場合があります。

（例1）7月9日14:00に終了したジョブは、7月10日0:00以降に課金確認コマンドに反映されます。
（例2）7月10日0:00時点で実行中のジョブは7月10日の課金確認コマンドには未反映となります。

課金コマンドで利用するジョブ実行履歴データは、下記のディレクトリに保存されます。
/home1/[利用グループ]/AccountingLog

アカウント毎に日付、実行システムのファイルが存在します。
[日付(YYYYMMDD)]_[ユーザーアカウント]_[システム名]_acct.log

【実行例１】

$ cat /home1/gxxx/AccountingLog/20140721_uxxx0001_ABC_acct.log JobId YYYYMMDDhhmmss WaitTime ElapsedTime NumNodes NumProcs UserName Queue 38422 20140721103930 29 5 1 12 uxxx0001 a024h 38492 20140721155016 21 31 3 36 uxxx0001 a024h 38493 20140721155148 5 33 3 36 uxxx0001 a024h 38507 20140721161147 7 32 2 24 uxxx0001 a024h

【実行例２】

$ cat /home1/gxxx/AccountingLog/20140721_uxxx0001_DEG_acct.log JobId YYYYMMDDhhmmss WaitTime ElapsedTime NumNodes NumProcs UserName Queue 38662 20140721080010 0 9 1 12 uxxx0001 debug6m 38667 20140721120010 0 9 1 12 uxxx0001 debug6m 38687 20140721160010 0 9 1 12 uxxx0001 debug6m 38699 20140721200010 0 9 1 12 uxxx0001 debug6m

＜ファイル内容説明＞

JobId	: ジョブID
YYYYMMDDhhmmss	: ジョブ完了日時
WaitTime	: CPU待ち時間（秒）
ElapsedTime	: 実行時間（秒）
NumNodes	: ノード数
NumProcs	: プロセス数
UserName	: ユーザーアカウント
Queue	: 利用キュー名

▲このページの先頭へ

↧

NAMD

July 9, 2014, 9:26 pm

≫ Next: 平成26年度セミナー・イベントカレンダー

≪ Previous: 4.7.課金確認コマンド

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク (作成日 2014/07/10)

ベンチマーク測定条件

•評価対象NAMD version 2.9

インテルコンパイラとMPIを利用

インストールパス

/home1/share/namd/2.9/intel/impi/NAMD_2.9_Linux-x86_64-MPI

サンプルスクリプト

/home1/share/namd/2.9/PARALLEL_intel_impi_fjsub_sample.sh

•測定環境

通常運用中のFOCUSスパコンA,Dシステム

他のジョブが存在するため共用資源（Ethernet、InfiniBand、共用ストレージ等）の干渉有り。

複数回の測定を行い影響を小さくした。

初回の起動時と2回目以降で実行モジュール等のディスクキャッシュインの差があるため初回起動時の測定値は除外

•ベンチマーク測定系

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/で公開されている以下を使用

ApoA1 benchmark (92,224 atoms, periodic, PME)

STMV (virus) benchmark (1,066,628 atoms, periodic, PME)

実行経過時間（秒）

実行経過時間からFOCUSの共用ディレクトリのNAMDについては

DシステムはAシステムの最大1.8倍高速、並列数が増えるにつれて差が縮小

並列速度向上率

APOA1はSTMVより系が小さいため並列速度向上率が16並列を超えた当たりから劣化

STMVでは64並列を超えた当たりから劣化

計算コスト

平成２６年度のFOCUSスパコンの課金単価により算出

コストだけならばAPOA1, STMVの両方でAシステムの方が計算コストが低い

コストパフォーマンスという点では12並列〜64並列の範囲が良好

コスト比・速度比

計算が早く終わることを評価：cost(A)/cost(D) *et(A)/et(D)

赤枠の中がＤシステムが良好なコストパフォーマンスを示す。

PDFファイル

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク(PDFファイル）

↧

平成26年度セミナー・イベントカレンダー

July 27, 2014, 11:59 pm

≫ Next: 【次回8/4開催】「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編

≪ Previous: NAMD

実習室　：計算科学センタービル２F実習室
セミナー室　：計算科学センタービル２Fセミナー室

アクセスポイント神戸　：計算科学センタービル内アクセスポイント神戸

　　　有料セミナー　　

日付		イベント（FOCUS関係：主催、共催、後援等）
4月
4月8日	水	[第1回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（14時〜15時@アクセスポイント神戸）
4月18日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
4月21日	月	[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第1回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月22日	火	[第1回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第2回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
4月24日	木	[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
4月25日	金	HPCサーバーゲートウェイ『CCNV Suite1 V1.2』無料体験セミナーｂｙヴァイナス
5月
5月7日	水	[第3回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月8日	木	[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第3回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月15日	木	[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第4回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
5月16日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
5月20日	火	[第2回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第4回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
5月30日	金	SolidWorks Plastics 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（10時〜12時半@実習室）
		SolidWorks & SolidWorks Simulation 無料体験セミナー by CAEソリューションズ（13時半〜17時@実習室）
6月
6月2日	月	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
6月3日	火	[第1回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
		[第5回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月5日	木	[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月6日	金	Abaqus無料体験セミナーby CAEソリューションズ（13時〜16時45分@実習室）
6月12日	木	[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第6回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
6月17日	火	[第3回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第6回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
6月20日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
6月25日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時30分～17時@実習室）
6月27日	金	CONFLEX&Gaussian講習会 by コンフレックス（13時～17時@実習室）
6月30日	月	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月
7月１日	火	[第2回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
7月3日	木	[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第7回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月8日	火	[第7回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
7月11日	金	OpneFOAM応用講座ｂｙ CAEソリューションズ(９時～１７時＠実習室）
7月17日	木	[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第8回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月22日	火	[第4回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第8回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
７月23日	水	XcalableMP利用講習会初級編 by 理研 AICS （10時～16時@実習室）
７月24日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
７月28日	月	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
7月29日	火	[第3回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室
7月31日	木	Salome-Mecaではじめる構造解析ｂｙ CAE懇話会（10時～16時半＠実習室）
8月
8月1日	金	インテル® Xeon Phi™ コプロセッサー向け最適化・プログラミング実習　ｂｙ　インテル株式会社（13時～16時45分＠実習室）
8月4日	月	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS　（15時〜17時@実習室）
8月5日	火	[第4回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編）by FOCUS　（13時〜16時@実習室）
		[第9回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月6日	水	FOCUSスパコンを利用したMIZUHO/BioStationハンズオンセミナー（13時～17時＠実習室）
8月7日	木	[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第9回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月14日	木	[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第10回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月19日	火	[第5回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第10回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
8月22日	金	OpenFOAM基礎講座 by CAEソリューションズ（9時〜17時@実習室）
8月25日	月	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
8月26日	火	[第5回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS（13時〜16時@実習室）
9月
9月3日	水	NTChem講習会　ｂｙ　理研（＠実習室）
9月4日	木	[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第11回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月5日	金	Gaussian講習会(応用編) by コンフレックス（@実習室）
9月8日	月	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月9日	火	[第6回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第11回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月12日	金	OpenFOAM応用講座 by CAEソリューションズ（10時〜17時@実習室）
9月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（@実習室）
9月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
9月19日	金	[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第12回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
9月24日	水	[第6回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第12回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
9月29日	月	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
9月30日	火	[第7回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
10月
10月2日	木	[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第13回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月7日	火	[第13回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月16日	木	[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第14回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
10月21日	火	[第7回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第14回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
10月27日	月	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
10月28日	火	[第8回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
11月
11月4日	火	[第15回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月6日	木	[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第15回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月13日	木	[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第16回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
11月18日	火	[第8回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第16回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
11月25日	火	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
11月26日	水	[第9回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
12月
12月4日	木	[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第17回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月8日	月	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
12月9日	火	[第10回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第17回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月17日	水	分子モデリングソフトWinmostarを用いた量子化学計算／分子動力学計算講習会 by クロスアビリティ（13時半～17時@実習室）
12月18日	木	Xcalable MP利用講習会 by 理研 AICS（10時～16時@実習室）
12月19日	金	[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第18回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
12月23日	火	[第9回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第18回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
12月25日	木	[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
12月26日	金	[第11回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
1月
1月6日	火	[第19回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月8日	木	[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第19回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月15日	木	[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第20回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
1月20日	火	[第10回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第20回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
1月26日	月	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
1月27日	火	[第12回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
2月
2月2日	月	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
2月3日	火	[第13回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第21回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月5日	木	[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第21回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月12日	木	[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第22回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
2月17日	火	[第11回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第22回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
2月23日	月	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
2月24日	火	[第14回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
3月
3月2日	月	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編 by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編） by FOCUS(15時～17時@実習室）
3月4日	水	[第15回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）
		[第23回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月5日	木	[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第23回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月12日	木	[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（基本コース） by FOCUS（13時〜15時@実習室）
		[第24回] FOCUSスパコン利用講習会（応用コース） by FOCUS（15時〜17時@実習室）
3月17日	火	[第12回] Gaussian 09利用講習会 by FOCUS（14時〜16時@実習室）
		[第24回] HPCIアクセスポイント神戸利用講習会 by FOCUS（16時〜17時@アクセスポイント神戸）
3月23日	月	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会初級編by FOCUS(13時～15時@実習室）
		[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード内チューニング編）by FOCUS(15時～17時@実習室）
3月24日	火	[第16回] 「京」を中核とするHPCI活用を見据えたチューニング講習会中級編（ノード間チューニング編） by FOCUS(13時～16時@実習室）

＊スケジュールは変更になる場合があります。　

更新日2014.7.28

ＰＤＦファイル

平成26年度セミナー・イベントカレンダー

ダウンロードはこちらから

↧

4.質問・依頼（Q&A）の操作手順

4.1.新規お問合せ

4.1.1.回答の受取り

4.1.2. 補足記事の追加

4.2. 公開鍵の登録依頼

4.3. ストレージ容量の変更申請

4.4. 計算資源の予約

4.5. 過去の質問・問合せの検索

目次 （4.7.課金確認コマンド）

4.7. 課金確認コマンド

4.7.1. プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth

4.7.2. 利用者単位従量課金確認コマンド uacct

4.7.3. 利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク (作成日 2014/07/10)

ベンチマーク測定条件

実行経過時間（秒）

並列速度向上率

計算コスト

コスト比・速度比

PDFファイル

H24年度の講習会開催報告

目次 （4.4.ジョブ投入スクリプトの作成）

4.4. ジョブ投入スクリプトの作成

4.4.1. 処理方法の指定

4.4.2. sbatch オプション

4.4.3. 環境変数

4.4.4. 逐次ジョブを実行する場合

4.4.5. スレッド並列ジョブを実行する場合

4.4.6. MPI プログラム（openMPI）を実行する場合

4.4.7. MPI プログラム（Intel MPI）を実行する場合

4.4.8. MPI プログラム（mpich2）を実行する場合

目次 （4.7.課金確認コマンド）

4.7. 課金確認コマンド

4.7.1. プロジェクト単位従量課金確認コマンド thismonth

4.7.2. 利用者単位従量課金確認コマンド uacct

4.7.3. 利用者単位アプリケーション課金確認コマンド uacct_apl

4.7.4. 課金利用コマンドの情報反映タイミング

FOCUSスパコンでのNAMDベンチマーク (作成日 2014/07/10)

ベンチマーク測定条件

実行経過時間（秒）

並列速度向上率

計算コスト

コスト比・速度比

PDFファイル

目次　（4.7.課金確認コマンド）

目次　（4.4.ジョブ投入スクリプトの作成）

目次　（4.7.課金確認コマンド）